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CRISPR/Cas9助力攻克癌癥腫瘤“大魔王”——KRAS

2022-10-31 14:12 作者:源井生物  | 我要投稿


KRAS基因是人體內(nèi)的一個正常基因,但其突變常發(fā)生在各種類型的腫瘤中,大約有30%的癌癥患者基因組中都存在KRAS基因突變,其中包括90%的胰腺癌,50%的結(jié)腸癌和25%的肺癌。

Figure 1: KRAS突變在不同類型癌癥中的突變比例,數(shù)據(jù)來源于AACR GENIE 9.0公共數(shù)據(jù)庫[1]

KRAS缺乏經(jīng)典的藥物結(jié)合位點,且活化的KRAS蛋白與GTP的結(jié)合具有皮摩爾級親和力,相關(guān)的小分子藥物需要擁有比傳統(tǒng)阻滯劑更強(qiáng)的結(jié)合力才能競爭成功,故用藥物靶向KRAS突變體是件極具挑戰(zhàn)的事。

到目前為止,科學(xué)家針對KRAS做出了很多努力,隨著Amgen公司的KRAS G12C抑制劑(AMG-510)獲得FDA批準(zhǔn)上市,終結(jié)了KRAS不可靶向的“魔咒”,并揭開了KRAS抑制劑研發(fā)的序幕,尋找新的癌癥治療靶點成為越來越多研究者們的課題。當(dāng)然,設(shè)計直接針對KRAS的抑制劑較難,所以許多科學(xué)家將精力放在了研究KRAS上游調(diào)控因子或下游效應(yīng)因子靶向藥的靶點

靶向KRAS突變的新藥開發(fā)離不開疾病模型的構(gòu)建,點突變細(xì)胞模型的構(gòu)建能揭示KRAS基因相關(guān)的細(xì)胞生物學(xué)原理,促進(jìn)人類進(jìn)行疾病預(yù)防、新藥開發(fā)和臨床治療,為人類生命健康發(fā)展保駕護(hù)航。下面我們將從目前KRAS靶向藥研發(fā)思路、點突變細(xì)胞在KRAS突變研究上的應(yīng)用案例2個方面展開討論,希望能給大家的研究帶來一些思路。

KRAS基因突變的癌癥治療藥物研究思路

上文有提到用藥物直接靶向KRAS是十分困難的,因此研究人員在過去40年里一直努力找尋相關(guān)間接途徑,并摸索出幾種可行性高的研究思路:包括減少KRAS?的表達(dá)、中斷?KRAS?的膜定位、干擾?KRAS與其效應(yīng)器之間的相互作用,抑制上游和下游信號,以及合成致死方法等,下面就簡單介紹一下目前KRAS靶向藥研發(fā)的常見思路:

1選擇性抑制KRAS突變

設(shè)計針對KRAS突變具有良好特異性的抑制劑,從而降低KRAS突變體的表達(dá),從源頭上抑制持續(xù)激活狀態(tài)的KRAS突變體帶來的癌變

2)抑制法呢?;D(zhuǎn)移酶活性

KRAS蛋白的生物激活需要膜結(jié)合,通過抑制法呢?;D(zhuǎn)移酶活性以抑制KRAS蛋白的法呢?;M(jìn)而減少KRAS蛋白定位到細(xì)胞膜上,達(dá)到中斷KRAS膜定位的目的,因此法呢?;D(zhuǎn)移酶也是開發(fā)KARS突變相關(guān)的癌癥治療靶點。

3)設(shè)計針對KRAS-SOS結(jié)合區(qū)域的抑制劑

KRAS的正常激活,需要SOS蛋白參與。因此,另一個靶向藥物的設(shè)計思路是:針對KRAS-SOS結(jié)合區(qū)域設(shè)計靶向抑制劑。

Figure 2: KRAS (G12C)抑制劑的研究進(jìn)展及化學(xué)結(jié)構(gòu)

基于“間接途徑”這一突破點,近年陸續(xù)有KRAS抑制劑研發(fā)的好消息——AMG-510的上市,用于治療至少經(jīng)過一次系統(tǒng)治療的KRAS G12C突變的非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)患者;Mirati Therapeutics公司有2款KRAS抑制劑的效用分別在臨床和癌癥模型中得到印證;Revolution Medicines公司也有1款KRAS抑制劑在癌癥模型中表現(xiàn)出良好的抗癌活性。所以科研人員對KRAS的研究熱情也持續(xù)上漲。

KRAS點突變細(xì)胞應(yīng)用案例分析

細(xì)胞模型是人類疾病研究中最常用的工具,可應(yīng)用于靶點驗證、靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)以及藥物篩選等研究,有助于全面認(rèn)識疾病的本質(zhì),為人類戰(zhàn)勝惡性腫瘤以及開展更深入的研究提供有效手段。下面將分享一些KRAS點突變細(xì)胞在靶點研究上的應(yīng)用案例。

1KRASG12C突變對不同信號通路介導(dǎo)的翻譯機(jī)制的影響

在肺癌中檢測到的EGFR(15-50%)或KRAS(20-30%)致癌突變通過激活MAPK和/或PI3K/AKT/mTOR信號通路,這些激活的信號通路靶向重要基因翻譯起始因子。KRAS主要通過G12、G13和Q61位點的突變導(dǎo)致出現(xiàn)即使在沒有胞外刺激的情況下也發(fā)生異常的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。KRASG12C是肺腺癌中最常見的致癌突變之一,是一個很有前途的小分子抑制劑治療靶點。KRAS致癌信號通路負(fù)責(zé)調(diào)節(jié)腫瘤微環(huán)境,其中翻譯因子是最顯著的下調(diào)靶點之一。有研究報道,對整合了可誘導(dǎo)的KRASG12C表達(dá)系統(tǒng)EGFR野生型CL1-5和A549細(xì)胞進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),CL1-5細(xì)胞mTORC2和NF-κB參與cap依賴性翻譯功能受損。含有KRASG12S突變的A549細(xì)胞通過招募mTORC1、c-MYC和eIF4F復(fù)合體促進(jìn)cap依賴性翻譯[2]。通過mTORC1/ p70s6k非依賴性的方式延長KRASG12C的誘導(dǎo)后,CL1-5細(xì)胞的翻譯率得到了恢復(fù)。研究結(jié)果表明KRASG12C信號在不同程度上影響著翻譯機(jī)制的調(diào)節(jié)。這些點突變細(xì)胞株的構(gòu)建以及研究結(jié)果可以KRAS基因突變的分子機(jī)制和下游表型事件提供更多的參考,并促進(jìn)當(dāng)前KRAS特異性靶向藥開發(fā)提供新的思路。

Figure 3: A549和CL1-5 KRASG12C tet誘導(dǎo)點突變細(xì)胞株的表型[2]

2)驗證KRASG12C-G12V雙突變及KRASG12FG12C特異性抑制劑的抗性[3]

?????KRASG12C共價抑制劑的誕生是RAS突變癌癥治療的重要里程碑,故其對于非小細(xì)胞癌(NSCLC)的治療也意義重大。Vaclova等人對非小細(xì)胞癌中是否存在與G12C突變共發(fā)生的其他KRAS突變、這種共突變是否會影響細(xì)胞對G12C特異性抑制劑(AZ?8037)的敏感性展開了研究。經(jīng)過對SELECT-1 3期研究(NCT01933932)的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,他們發(fā)現(xiàn)在非小細(xì)胞癌中常與G12C突變(c.34G>T)共發(fā)生的突變?yōu)閏.35G>T,而這種共突變有順式和反式兩種情況——順式的共突變會產(chǎn)生G12F突變KRAS蛋白,反式的共突變會產(chǎn)生G12C、G12V兩種突變KRAS蛋白。

Figure 4. KRAS G12C(c.34G>T)與NSCLC患者中其他KRAS突變共發(fā)生情況分析

而后,為驗證共突變是否會影響G12C特異性抑制劑的效用,Vaclova等人使用CRISPR/Cas9技術(shù)在NSCLC細(xì)胞系中引入c.35G>T突變,構(gòu)建出KRASG12C-G12V雙突變及KRASG12F點突變NCI-H358細(xì)胞,并研究這兩種細(xì)胞對G12C特異性抑制劑的敏感性。結(jié)果顯示,相比于KRAS G12C細(xì)胞系,上述兩種存在共突變情況的細(xì)胞對G12C特異性抑制劑AZ8037的敏感性顯著下降。

該研究提示人們要對KRAS雙突變的頻率有所重視,應(yīng)進(jìn)行多區(qū)域腫瘤測序避免遺漏KRAS亞克隆突變體,也表明KRAS G12C抑制劑的不足,提示我們KRAS抑制劑研發(fā)仍有一段艱難的路需要走。

Figure 5. AZ’8037對KRAS突變細(xì)胞模型活力影響及免疫印跡分析

盡管幾十年來的研究一直強(qiáng)調(diào)KRAS突變是腫瘤發(fā)生和臨床耐藥的核心因素,但尚未找到KRAS突變的有效治療方法,對KRAS突變進(jìn)行研究變得迫在眉睫。同樣與癌癥腫瘤相關(guān)且容易突變的熱門激酶基因還有EGFR、BRAF、PIK3CA、MET、NRAS等,目前已經(jīng)有許多研究人員選擇構(gòu)建點突變細(xì)胞模型用于還原基因突變疾病模型,進(jìn)行新藥靶點篩選及驗證。

源井生物獨家研發(fā)的CRISPR- U?能大大提高同源重組效率,搭配4套點突變方法(RNP法/質(zhì)??剐苑?單堿基編輯器/AAV-Donor法)及紅棉CRISPR點突變方案智能設(shè)計系統(tǒng)輕松實現(xiàn)點突變細(xì)胞模型構(gòu)建,現(xiàn)在針對上述熱門激酶基因位點,僅需即可構(gòu)建點突變(PM)細(xì)胞株,優(yōu)質(zhì)純合子交付快至8周,歡迎進(jìn)入我們官網(wǎng)了解更多點突變細(xì)胞定制詳情>>https://www.ubigene.com/

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參考文獻(xiàn):

[1]?Huang L, Guo Z, Wang F, Fu L. KRAS mutation: from undruggable to druggable in cancer. Signal Transduct Target Ther. 2021;6(1):386.

[2]?Kyriakopoulos, George et al. “KRASG12C Can Either Promote or Impair Cap-Dependent Translation in Two Different Lung Adenocarcinoma Cell Lines.” International journal of molecular sciences vol. 22,4 2222. 23 Feb. 2021, doi:10.3390/ijms22042222

[3]?Vaclova, T., Chakraborty, A., Sherwood, J.?et al.?Concomitant?KRAS?mutations attenuate sensitivity of non-small cell lung cancer cells to KRAS G12C inhibition.?Sci Rep?12, 2699 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-06369-3


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