無論是百萬噸級(jí)別的超級(jí)龐大的艦隊(duì)，還是由2艘軍艦組成的最小特遣艦隊(duì)，總要有指揮中心，一般艦隊(duì)中司令部所在的艦艇，就叫做司令艦或者是旗艦。旗艦設(shè)在哪里，是不是一定在本艦隊(duì)噸位最大的艦艇上？這個(gè)還真不一定，如何設(shè)置旗艦，關(guān)鍵是看最佳實(shí)戰(zhàn)效能。

瀚海狼山認(rèn)為，中國第一支近代化的海軍，即北洋艦隊(duì)，在旗艦的選擇上，一開始就出了問題。作為艦隊(duì)司令，海軍提督丁汝昌把自己的坐艦選擇在了噸位最大、裝甲最強(qiáng)的定遠(yuǎn)艦上。但是在1894年9月17日中午開始的黃海大東溝海戰(zhàn)中，作為定遠(yuǎn)的旗艦一開始就連續(xù)出現(xiàn)重大不利事件。

第一，定遠(yuǎn)艦的司令艦橋，居然設(shè)在305毫米主炮炮口正上方，過去北洋艦隊(duì)的演習(xí)往往當(dāng)演戲，居然沒有發(fā)現(xiàn)這是一個(gè)重大的設(shè)計(jì)缺陷。到了實(shí)戰(zhàn)中，定遠(yuǎn)艦主力巨炮發(fā)射的第一發(fā)炮彈，其強(qiáng)大沖擊波和炮口焰，就直接將正在司令橋上觀察敵情，指揮作戰(zhàn)的提督丁汝昌和多名隨員震的人仰馬翻。丁汝昌被嚴(yán)重的震傷和燒傷，此后持續(xù)了大半天的海戰(zhàn)，丁汝昌都不能再指揮，這是北洋艦隊(duì)海戰(zhàn)失利的第一個(gè)重大不利。

定遠(yuǎn)發(fā)射的第一炮沒有擊中日本艦隊(duì)，反倒把自己的司令部全打倒了。而日艦開炮后，卻一發(fā)就擊毀了定遠(yuǎn)艦的信號(hào)旗系統(tǒng)，這也是國運(yùn)走下坡路時(shí)，戰(zhàn)場具體運(yùn)氣也差的典型事件。司令受傷，信號(hào)旗又被毀，整個(gè)北洋艦隊(duì)的指揮頓時(shí)失靈，隊(duì)形大亂，自然越打越不利。

看到定遠(yuǎn)信號(hào)旗被打掉后，致遠(yuǎn)艦主動(dòng)升起了司令旗，但是事先似乎并無此約定，致遠(yuǎn)艦的司令旗不但沒有整理好北洋混亂的隊(duì)形，反倒立即招來了日本聯(lián)合艦隊(duì)實(shí)力最強(qiáng)的游擊分隊(duì)4艦的圍攻，最終致遠(yuǎn)艦想撞擊吉野，不成而壯烈沉沒。

大東溝海戰(zhàn)后，各海軍強(qiáng)國總結(jié)勝敗雙方的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)。認(rèn)為將司令艦放在噸位最大，裝甲最厚的主力戰(zhàn)列艦上，未必是最佳選擇。因?yàn)橹髁?zhàn)列艦的噸位大，目標(biāo)也大，最容易招惹對(duì)方艦隊(duì)的集火射擊和魚雷攻擊，因而可能最先損失，很容易出現(xiàn)一開戰(zhàn)就像定遠(yuǎn)艦一樣被打掉指揮能力；而且戰(zhàn)列艦的運(yùn)動(dòng)速度一般較低，很難現(xiàn)場觀察戰(zhàn)場形勢(shì)，指揮全艦隊(duì)去搶占最有利的T字頭位置。因此很多國家艦隊(duì)的司令部，開始設(shè)置在運(yùn)動(dòng)更快的裝甲巡洋艦上。這種艦艇在整個(gè)大艦隊(duì)中往往不起眼，不容易引來集火攻擊，運(yùn)動(dòng)速度也快，有利于戰(zhàn)場機(jī)動(dòng)指揮。

不過裝甲巡洋艦的抗打擊能力遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如正規(guī)戰(zhàn)列艦，這種隱蔽的司令艦在戰(zhàn)場上上躥下跳，自然也免不了挨上幾發(fā)重型炮彈，一旦被命中司令塔，也有直接被干掉指揮部的嫌疑。

因此后來有的大國海軍，又多選擇將艦隊(duì)司令部設(shè)在戰(zhàn)列巡洋艦這類艦艇上。以求提高綜合生存率。

美國海軍在二戰(zhàn)中打過規(guī)模最大的激烈海戰(zhàn)，在這方面的經(jīng)驗(yàn)最多。后來美國海軍形成制度，一般的特遣艦隊(duì)，實(shí)行雙司令部體制，艦隊(duì)司令和副司令分別處以不同的兩艦，司令一旦重傷或者陣亡，則副司令立即接替指揮權(quán)。若艦隊(duì)中有大型航母，則實(shí)行三司令部制度，第一司令一般不在最大的航母上，在激烈的海戰(zhàn)中依次按順序指揮和互為備份。

在當(dāng)代一艘軍艦?zāi)芊癞?dāng)司令艦，其先進(jìn)程度也非常重要。比如8400噸的現(xiàn)代級(jí)會(huì)受系統(tǒng)更先進(jìn)4500噸的054A指揮。隨著我軍先進(jìn)的055和國產(chǎn)航母越來越多，自然也會(huì)實(shí)行艦隊(duì)雙司令部甚至是3司令部制度。