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R語(yǔ)言中的block Gibbs吉布斯采樣貝葉斯多元線性回歸|附代碼數(shù)據(jù)

2022-11-14 14:50 作者:拓端tecdat  | 我要投稿

全文鏈接:http://tecdat.cn/?p=11617

在這篇文章中,我將對(duì)多元線性回歸使用block的Gibbs采樣,得出block的Gibbs采樣所需的條件后驗(yàn)分布。然后,對(duì)采樣器進(jìn)行編碼,并使用模擬數(shù)據(jù)對(duì)其進(jìn)行測(cè)試?(?點(diǎn)擊文末“閱讀原文”獲取完整代碼數(shù)據(jù)?)。

?貝葉斯模型

假設(shè)我們有一個(gè)樣本量的主題。貝葉斯多元回歸假設(shè)該向量是從多元正態(tài)分布中提取的 ,通過(guò)使用恒等矩陣,我們假設(shè)獨(dú)立的觀察結(jié)果。

到目前為止,這與多元正態(tài)回歸相同。則將概率最大化可得出以下解 :

貝葉斯模型是通過(guò)指定為一個(gè)先驗(yàn)分布得到 。在此示例中,我將在以下情況下使用 先驗(yàn)值?

block Gibbs

在對(duì)采樣器進(jìn)行編碼之前,我們需要導(dǎo)出Gibbs采樣器的 每個(gè)參數(shù)的后驗(yàn)條件分布。

條件后驗(yàn)取更多的線性代數(shù)。

這是一個(gè)非常漂亮和直觀的結(jié)果。條件后驗(yàn)的協(xié)方差矩陣是協(xié)方差矩陣的估計(jì),

還要注意,條件后驗(yàn)是一個(gè)多元分布。因此,在Gibbs采樣器的每次迭代中,我們從后驗(yàn)繪制出一個(gè)完整的矢量?。

模擬

我模擬的 結(jié)果向量

。?

運(yùn)行 Gibbs采樣器 會(huì)生成對(duì)真實(shí)系數(shù)和方差參數(shù)的估計(jì)。運(yùn)行了500,000次迭代。周期為100,000次,10次迭代。

以下是MCMC鏈的圖,其中真實(shí)值用紅線表示。

#?計(jì)算后驗(yàn)摘要統(tǒng)計(jì)信息post_dist?%>% ??group_by(para)?%>% ??summarise(median=median(draw), ????????????lwr=quantile(.025), ????????????upr=quantile(.975))?%>% ?#?合并匯總統(tǒng)計(jì)信息post_dist?<-?post_dist?%>% ??left_join(post_sum_stats,?by='param') ?#?繪制MCMC鏈ggplot(post_dist,aes(x=iter,y=dra))?+ ??geom_line()?+ ??geom_hline(aes(yintercept=true_vals))

這是修整后參數(shù)的后驗(yàn)分布:

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Python用MCMC馬爾科夫鏈蒙特卡洛、拒絕抽樣和Metropolis-Hastings采樣算法

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ggplot(post_dist,aes(x=draw))?+ ??geom_histogram(aes(x=draw),bins=50)?+ ??geom_vline(aes(xintercept?=?true_vals))

似乎能夠獲得這些參數(shù)的合理后驗(yàn)估計(jì)。為了確保貝葉斯估計(jì)器正常工作,我對(duì)1,000個(gè)模擬數(shù)據(jù)集重復(fù)了此過(guò)程。

這將產(chǎn)生1,000組后驗(yàn)均值和1,000組95%置信區(qū)間。平均而言,這1000個(gè)后驗(yàn)均值應(yīng)以真實(shí)值為中心。平均而言,真實(shí)參數(shù)值應(yīng)在95%的時(shí)間的置信區(qū)間內(nèi)。

以下是這些評(píng)估的摘要。

“估計(jì)平均值”列是所有1,000個(gè)模擬中的平均后驗(yàn)平均值。偏差百分比均小于5%。對(duì)于所有參數(shù),95%CI的覆蓋率約為95%。

擴(kuò)展?

我們可以對(duì)該模型進(jìn)行許多擴(kuò)展。例如,可以使用除正態(tài)分布外的其他分布來(lái)擬合不同類型的結(jié)果。?例如,如果我們有二元數(shù)據(jù),則可以將其建模為:

然后在上放一個(gè)先驗(yàn)分布。這個(gè)想法將貝葉斯線性回歸推廣到貝葉斯GLM。

在本文中概述的線性情況下,可以更靈活地對(duì)協(xié)方差矩陣建模。相反,假設(shè)協(xié)方差矩陣是對(duì)角線且具有單個(gè)公共方差。這是多元線性回歸中的同方差假設(shè)。如果數(shù)據(jù)是分類的(例如,每個(gè)受試者有多個(gè)觀察結(jié)果),我們可以使用反Wishart分布來(lái)建模整個(gè)協(xié)方差矩陣。

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本文選自《R語(yǔ)言中的block Gibbs吉布斯采樣貝葉斯多元線性回歸》。

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