常用的通路富集分析的原理

GO富集分析 (gene ontology)

• 分類（把基因注釋到不同水平）

MF(molecular function)

CC(cellular component)

BF(biological process)

三者相互獨(dú)立

• 分析過程

① 差異分析選擇變化具有顯著性的差異基因P<0.05, I logfc I >1。

② input 導(dǎo)入基因名，程序比對到三個(gè)層級的通路。

③ 超幾何檢驗(yàn)（推導(dǎo)）

KEGG富集分析

由于實(shí)驗(yàn)變量的作用使得實(shí)驗(yàn)個(gè)體或者組發(fā)生了較大的基因表達(dá)變化，導(dǎo)致通路有較大變化。

• 分析過程

① 差異分析選擇變化具有顯著性的差異基因P<0.05, I logfc I >1。from DEG

② input 導(dǎo)入基因名，程序比對到三個(gè)層級的通路。

③ 超幾何檢驗(yàn)

GSEA富集分析

特點(diǎn)：不需要使用差異分析，不需要人為設(shè)定一個(gè)閾值。 從而保留了基因表達(dá)變化較小，但是仍然能導(dǎo)致通路發(fā)生較大改變的對象。

• 分析過程

① 導(dǎo)入：基因表達(dá)矩陣/ logfc 全部的基因

② 排序：根據(jù)基因表達(dá)量對基因進(jìn)行排序

③ 打分：在通路中/不在通路中

峰值之前 (核心基因)