神器序章的開頭，收到袁天罡的書信之后，我們火急火燎的趕回了長安城。在一番交談之下得知，三界因?yàn)樯衿髦疇幰呀?jīng)大亂，黑化的軒轅為了破壞神器再也不顧昔日情誼，對阻擋他的人通通痛下殺手，各大門派弟子為了保護(hù)本門神器死傷無數(shù)?，F(xiàn)如今軒轅與各大派勢同水火，不死不休。
陳瀟然和周幽作為第二次神器之爭的主角，現(xiàn)在卻不知所蹤，袁天罡也不清楚他們的下落。此時(shí)的軒轅已經(jīng)破壞了數(shù)件神器，三界危矣。調(diào)查的任務(wù)也只好交給冤種來做了。
跟大唐官府的守衛(wèi)交流得知，其實(shí)程咬金發(fā)現(xiàn)大唐劍冢里面并沒有軒轅劍之后，就已經(jīng)知曉當(dāng)初在軒轅劍之隕里面出現(xiàn)的軒轅是大唐官府神器所化。只是軒轅早前所為一直都是行俠仗義，大唐官府便沒有深究。其實(shí)也打不過?？扇缃竦能庌@已然瘋魔，甚至衛(wèi)凝風(fēng)也因他而死。
祭奠完衛(wèi)凝風(fēng)之后，我們再去魔王寨和天宮打探消息，無一例外的是，只要提到軒轅的名字，各大門派的弟子就直接與我們交起手來，不問緣由。
軒轅已然成為各大派死敵，大戰(zhàn)在所難免。在將結(jié)論告知袁天罡后，袁天罡又給我們帶來了個(gè)更勁爆的消息。軒轅蹤跡泄露，各大派恐怕已經(jīng)集結(jié)進(jìn)發(fā)圍剿軒轅。
跟隨袁天罡的指引到達(dá)大唐劍冢后，各門派的精英已經(jīng)或死或傷，余下陳瀟然與軒轅對峙。軒轅告知陳瀟然其實(shí)自己是故意泄露行蹤將眾人引至此處，目的不言而喻。而陳瀟然在周幽死后早已意志消沉，無力更無意阻擋軒轅的計(jì)劃，但求取他一人性命，切莫再傷及無辜。
眼見軒轅竟然真對陳瀟然痛下殺手，就知道又又又又要我們?nèi)ソo他收拾爛攤子。此時(shí)能上前阻止的也就只有我們了。
軒轅劍本就鋒芒睥睨，失去劍鞘溫養(yǎng)的軒轅出招更是霸道凌厲。一番惡戰(zhàn)之下雖然我打贏了，但是他動畫里非要說我打輸了，那就輸一下吧。
軒轅最后還是殺死了陳瀟然，軒轅劍重歸一體。此時(shí)卻出來了個(gè)叫巫禮的人，他上來就說我們是廢物，你有本事你來星斗盤里面跟我碰一碰。
巫禮將我們與軒轅傳送到了境外，軒轅也認(rèn)出了眼前之人的身份。傳說古神離去前將三界眾生托付給了十巫之一。隨著人類克服了惡劣的自然環(huán)境，村落逐漸發(fā)展成了部族、國家，而貪嗔癡恨欲也隨著人類族群的壯大不斷滋養(yǎng)，最后滋生出了蚩尤這種恐怖存在。
巫禮將自己的隨身器物投擲于三界，用自身之力凈化濁氣。卻被有心之人發(fā)現(xiàn)這些器物其中蘊(yùn)含著強(qiáng)大的力量，將其奉為神器，曠日持久的神器爭奪由此爆發(fā)。
連續(xù)數(shù)百年的流血戰(zhàn)爭；三界不斷滋生的貪念惡欲；因神器爭奪而慘遭橫禍的怨憤都成為了滋養(yǎng)蚩尤的養(yǎng)料。過度依賴神器之力終會遭到反噬，蚩尤雖然被成功封印，但參戰(zhàn)者近乎團(tuán)滅，更有靈魂于神器內(nèi)不得脫困，只有凌雨露依靠華光玉殘存的神力活了下來。
蚩尤之戰(zhàn)的結(jié)果巫禮談不上滿意，但也合格，眾人力量卑微，卻勇氣可嘉，三界還有被期待的價(jià)值。于是巫禮并沒有過多插手，讓三界眾生自行其道。
不過人的貪念總是無窮無盡的，一開始人們會將封印蚩尤的勇士奉為英雄。久而久之，蚩尤變成了遠(yuǎn)古傳說，人們回憶里不再有蚩尤降臨世間時(shí)的絕望，也不再記得打敗蚩尤所要付出的代價(jià)，只剩下對神器無盡的貪戀與追逐，封建王朝每次權(quán)力更迭的背后都是兵連禍結(jié)。

機(jī)緣巧合也好，陰差陽錯(cuò)也罷。在蚩尤一戰(zhàn)中靈力散盡的軒轅劍消失不見了，從此世間多了一位俠客，大唐官府多了一個(gè)小師弟。經(jīng)歷了上一次神器大戰(zhàn)，軒轅發(fā)現(xiàn)神器是存在反噬之力的，只是不知道是巫禮為了避免眾生過度依賴神器所設(shè)下的禁制。軒轅一開始也是神器守護(hù)者，幫助各門派尋找并守護(hù)本門神器，防止神器落入別有用心之人手中。
只是在這個(gè)過程中有太多的意外，失去劍鞘的軒轅劍本就比往日多了一份殺伐果決，少了一絲俠骨柔情，玲瓏結(jié)和四神鼎器靈死前所言更是如雷貫耳。在經(jīng)歷了一系列的神器亂事與好友離世之后，軒轅認(rèn)定禍亂之源就是神器本身。決意收集毀滅所有神器，獨(dú)身承受因果。
在最后的神器合劍膽鑄軒轅中，軒轅殺死了陳瀟然，控制和毀滅了大部分神器。巫禮看不下去了，他覺得這三界眾生沒有存在的必要，不如將世間的一切抹掉重來。
其實(shí)這已經(jīng)不是巫禮第一次看見這個(gè)結(jié)局了，巫禮在無盡的輪回中看過了無數(shù)次的神器之爭，他每一次都是看著軒轅殺死陳瀟然，毀滅神器，然后現(xiàn)身。等到軒轅記起來眼前之人是誰時(shí)，大錯(cuò)已然鑄成。最后每次都是軒轅散盡神力逆轉(zhuǎn)神器之書回到過去，然后每次又是軒轅殺掉陳瀟然毀掉神器。
巫禮自覺對軒轅有足夠的耐心，給了他所有的機(jī)會，只是此刻已經(jīng)厭倦。
我們面對巫禮的控訴反駁，你說的自相殘殺什么的，到底什么時(shí)候發(fā)生過！如果我在，就不會坐視這種事情發(fā)生！其實(shí)這就是沒有玩家參與時(shí)，巫禮所看見的神器之爭的結(jié)局。
在神器序章的最后，巫禮與軒轅的賭約，變成了與我們的賭約。軒轅散盡神力逆轉(zhuǎn)神器之書，將我們帶回了命殞軒轅劍之后，萬怨出四神之前。希望我們能阻止他，改變神器之戰(zhàn)的結(jié)局。他則變成了靈體留在了大唐境外。
不同的是，巫禮給了軒轅無數(shù)次機(jī)會。給我們的，只有這一次。
巫禮既然可以給軒轅這么多次機(jī)會，也可以給玩家機(jī)會。那么滅世這種操作就不太可能是他的目標(biāo)。所謂的第二次神器大戰(zhàn)，可能已經(jīng)在無盡的輪回里循環(huán)了數(shù)萬萬次，結(jié)局無一例外都是軒轅犧牲自己將三界送回過去。整個(gè)三界一直在重復(fù)神器-合中間的故事，陷入無法向前的死循環(huán)，如果沒有冒險(xiǎn)者改寫第二次神器大戰(zhàn)的結(jié)局，三界就走到了盡頭，也許這才是巫禮真正的考驗(yàn)吧。