代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析及網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究技術(shù)與實踐

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1、代謝組學(xué)簡介及樣本的采集與制備關(guān)鍵問題探討

代謝組學(xué)概述、操作流程、樣本采集、儲存及制備問題

2、代謝組學(xué)數(shù)據(jù)采集與預(yù)處理，決定數(shù)據(jù)統(tǒng)計結(jié)果的準(zhǔn)確性

2.1 常用技術(shù)平臺介紹（NMR和LC-MS）

2.2 常用軟件和數(shù)據(jù)庫介紹（代謝物鑒定、數(shù)據(jù)預(yù)處理與分析）

2.3 數(shù)據(jù)預(yù)處理（歸一化、標(biāo)準(zhǔn)化、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化、缺失值評估）

3、基于SIMCA-P軟件的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)多元統(tǒng)計分析與實操

3.1 樣本分類（無監(jiān)督和監(jiān)督模式）

3.2 差異變量篩選（S-plot、S+V-plot、VIP、biplot等）

3.3 常見圖形結(jié)果解讀

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究技術(shù)與實踐

4、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究思路和流程

5、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)分析與實操

5.1 化學(xué)成分的獲取與篩選

5.2 中藥化學(xué)成分靶點獲取

5.3 疾病靶點富集數(shù)據(jù)庫

5.4 化合物與疾病靶點映射（韋恩圖）

5.5 PPI網(wǎng)絡(luò)分析（PPI網(wǎng)站的構(gòu)建、PPI核心網(wǎng)絡(luò)的篩選）

5.6 富集分析（DAVID數(shù)據(jù)庫、Metascape 數(shù)據(jù)庫）

5.7 網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建—Cytoscape（數(shù)據(jù)導(dǎo)入、節(jié)點關(guān)系的建立、節(jié)點屬性計算、調(diào)整網(wǎng)絡(luò)樣式、篩選及過濾、網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)出）

代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合研究技術(shù)與實踐

6、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合研究思路

7、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分析技術(shù)

7.1 代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取

7.2 代謝組學(xué)功能分析（富集分析、通路分析等）

7.3 小分子網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)分析（Metscape軟件、KEGG數(shù)據(jù)庫等）

7.4 代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)功能層次關(guān)聯(lián)分析

核心技術(shù)實戰(zhàn)

8、實例操作

8.1 TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取與篩選化學(xué)成分

8.2 Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫預(yù)測成分靶點

8.3 DisGeNET數(shù)據(jù)庫獲取疾病靶點

8.4 化合物與疾病靶點映射

8.5 PPI網(wǎng)絡(luò)繪制

8.6 DAVID軟件進行富集分析

8.7 Cytoscape工具繪制成分-靶點圖

8.8 Metscape繪制代謝-酶網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)圖

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9、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合的文章分析流程和套路

9.1 中藥化學(xué)成分靶點與代謝小分子網(wǎng)絡(luò)分析實例（Food Res Int. 2020, 136:109503）

目標(biāo)：采用Metscape軟件對代謝組學(xué)發(fā)現(xiàn)的差異代謝物和中藥成分的藥物靶點關(guān)聯(lián)，聚焦關(guān)鍵蛋白。

9.2代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)功能層次關(guān)聯(lián)分析實例（J Ethnopharmacol. 2021，264:113281. ）

目標(biāo)：采用功能富集工具分別對網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和代謝組學(xué)數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)，聚焦關(guān)鍵通路。

9.3代謝組學(xué)和網(wǎng)絡(luò)藥理關(guān)聯(lián)分析實例（Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013）

目標(biāo)：整合代謝組學(xué)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)揭示羥基紅花黃色素A抗急性腦外傷的作用機制損傷。

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