發(fā)文章不會(huì)畫圖?-R語言醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)可視化實(shí)戰(zhàn)教程
如何將自己的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)用清晰且優(yōu)美的圖形展示出來對(duì)于SCI論文的發(fā)表是至關(guān)重要的。無論是臨床醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的展示或者是生物信息學(xué),都需大量的圖型來進(jìn)行數(shù)據(jù)展示和說明。

盡管有spss,stata和graphpad prism等繪圖及統(tǒng)計(jì)軟件,但總體而言靈活性較差,目前大部分生物醫(yī)學(xué)SCI論文中較為復(fù)雜且精美的圖形大多數(shù)使用R語言繪制。
ggplot繪圖系統(tǒng)是R語言獨(dú)具特色的繪圖模塊,是目前個(gè)人認(rèn)為最為強(qiáng)大的繪圖系統(tǒng)。盡管python等語言中也有不錯(cuò)的繪圖功能模塊,但總體性能及易用性及拓展性仍舊無法超越R語言的ggplot繪圖系統(tǒng)。

ggplot2可以對(duì)于展示臨床數(shù)據(jù)及生物信息學(xué)的數(shù)據(jù)都有著不錯(cuò)的支持,有相當(dāng)多的第三方基于ggplot系統(tǒng)開發(fā)自己的繪圖模塊。比如在ggplot拓展應(yīng)用庫(kù)里有各種開源的繪圖組件庫(kù)(https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/)
盡管目前網(wǎng)絡(luò)上可以找到大部分的圖形繪制的ggplot2代碼,但如何看懂別人的繪圖代碼并將其使用在自己數(shù)據(jù)上,這對(duì)于剛開始熟悉繪圖的同學(xué)來說的確是個(gè)令人頭疼的問題。主要會(huì)遇到有以下幾個(gè)問題:
對(duì)于圖形的原始數(shù)據(jù)了解不足,不清楚原圖型是用什么數(shù)據(jù)做出來的。因此即便拿到繪圖代碼仍舊不會(huì)針對(duì)的自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行修改。
2.對(duì)ggplot繪圖系統(tǒng)細(xì)節(jié)了解不夠,搜索或閱讀文檔有一定困難,因此對(duì)于圖像細(xì)節(jié)的調(diào)整有一定困難。
3.對(duì)于完整實(shí)戰(zhàn)繪圖經(jīng)驗(yàn)不足,而多數(shù)繪圖視頻教程過于冗長(zhǎng),實(shí)質(zhì)內(nèi)容不多,浪費(fèi)了學(xué)習(xí)時(shí)間。
針對(duì)上述問題,我們錄制了R語言醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)可視化的教程
該教程主要基于真實(shí)的醫(yī)學(xué)SCI文章的圖像案例來進(jìn)行模仿和解析,是一套實(shí)戰(zhàn)型課程。我們搜索一些常見的生物醫(yī)學(xué)論文中常見的圖形來進(jìn)行繪圖。

如骨質(zhì)疏松折線圖案例及實(shí)戰(zhàn)模仿:


印度死亡率誤差棒疊柱狀圖及實(shí)戰(zhàn)模仿:


土壤細(xì)菌分布森林圖柱狀圖復(fù)合及實(shí)戰(zhàn)模仿:

當(dāng)然還有更多案例在本套課程當(dāng)中,對(duì)于每一個(gè)案例都有從數(shù)據(jù)到圖形描述到R語言ggplot2代碼實(shí)戰(zhàn)的完整講解。做到舉一反三的效果。以為網(wǎng)絡(luò)上各種圖形太多,因此:
繪圖代碼是永遠(yuǎn)學(xué)不完的?。?br>
繪圖代碼是永遠(yuǎn)學(xué)不完的??!
繪圖代碼是永遠(yuǎn)學(xué)不完的!!
重要的事說三遍,學(xué)會(huì)如何使用別人的代碼來應(yīng)用到自己的數(shù)據(jù)來作圖才是繪制一切圖形的解決之道。做到這點(diǎn)就是依靠上述的:
理解數(shù)據(jù)+讀懂代碼?。。?/p>
同時(shí)包含tidyverse模塊數(shù)據(jù)整理,清晰,過濾等講解。
這套課程中包含一下內(nèi)容,總時(shí)長(zhǎng)5小時(shí):
ggplot2基礎(chǔ)(包含映射關(guān)系,圖形描述,數(shù)據(jù)理解,配色,坐標(biāo)及文本調(diào)整,復(fù)合圖形拼接,圖片導(dǎo)出為SCI論文要求)
ggplot2臨床醫(yī)學(xué)及生物學(xué)數(shù)據(jù)案列實(shí)戰(zhàn)分析
tidyverse數(shù)據(jù)清晰及整合模塊講解
ggplot2進(jìn)階繪圖部分(更復(fù)雜,細(xì)節(jié)更多的ggplot繪圖實(shí)戰(zhàn)內(nèi)容)
ggplot2拓展庫(kù)的學(xué)習(xí)應(yīng)用。

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