發(fā)表標(biāo)題：MHA, an interactive website for scRNA-seq data of male genitourinary development and disease

發(fā)表期刊：?Andrology（IF:4.456）

網(wǎng)站鏈接：http://malehealthatlas.cn/

合作單位：中山大學(xué)附屬第五醫(yī)院/上海市人民第一醫(yī)院

中科普瑞提供服務(wù)：協(xié)助網(wǎng)站搭建

網(wǎng)站介紹:

MHA（Male Health Atlas）數(shù)據(jù)庫是首個(gè)針對(duì)男性泌尿生殖系統(tǒng)特有器官發(fā)育與疾病的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站，提供了簡(jiǎn)單快捷式的交互式、可視化、易于操作的在線基因表達(dá)數(shù)據(jù)查詢網(wǎng)站，以更好地幫助泌尿外科、男科、生殖醫(yī)學(xué)科等領(lǐng)域的研究人員。

樣本情況：

MHA數(shù)據(jù)庫的當(dāng)前版本包括兩個(gè)物種(人和小鼠)，五個(gè)男性特異性組織和器官(睪丸、附睪、輸精管、陰莖海綿體和前列腺)和八個(gè)主要細(xì)胞類型。

數(shù)據(jù)收集及分析方法：

該數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)從已發(fā)表的研究中下載，基于Seurat R軟件包進(jìn)行處理，包括質(zhì)量控制、細(xì)胞聚類、降維及可視化圖生成，并根據(jù)相關(guān)論文或識(shí)別的細(xì)胞標(biāo)記區(qū)分細(xì)胞類型標(biāo)注。輸入和可視化結(jié)果通過Shiny包輸出。

網(wǎng)站功能：細(xì)胞聚類和基因展示

在聚類中，訪問者可以自由改變細(xì)胞降維(tSNE或UMAP)、調(diào)色板和標(biāo)注(細(xì)胞類型或樣本類型);基因表達(dá)部分包括降維散點(diǎn)圖、小提琴圖和氣泡圖。參觀者可以很容易地查看單個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)特征，并比較不同細(xì)胞類型或群體之間的表達(dá)差異

使用方法：