序列比對是許多組學分析人員日常生活中經(jīng)常需要面對。但是這一簡單的任務卻因為blast使用的不便捷而令許多人苦惱。明明是一件非常簡單的事情，卻需要看教程，寫腳本去處理。雖然，現(xiàn)如今已經(jīng)有不少軟件能夠輔助人們使用調用Blast程序，但是操作起來總是不夠簡便，亦或者在結果解讀方便過于復雜，不夠直白。因此，本軟件基于這一痛點，希望能夠開發(fā)一個極簡本地Blast功能，方便用戶在不需要深度解讀序列比對結果的前提下，快讀整理Blast結果，并作為初步參考幫助濕實驗人員快速切入接下來的實驗安排中。

一?數(shù)據(jù)準備與本地Blast安裝

在開始本軟件的使用教程前，需要按照Blast程序要求的格式將查詢文件和數(shù)據(jù)庫文件準備好。而本地Blast的安裝可以直接從https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下載，并安裝到指定目錄?；蛘?，讀者可以將安裝路徑添加到系統(tǒng)路徑，這樣本軟件在調用該程序的時候就無需指定makeblastdb和blast這兩個命令所在路徑?；蛟S會有讀者想到，為什么不重寫一個Blast方法而需要調用其他軟件呢。的確，重寫是避免一個軟件重復操作的方法，但是這需要基于這一重寫至少還能夠等于（重復造輪子）或優(yōu)于現(xiàn)如今存在的軟件。但是，現(xiàn)如今NCBI上的Blast程序已經(jīng)非常好了，是經(jīng)歷了各種bug后的最優(yōu)版本了，所以無重寫意義。

二?軟件調用

介紹完上述功能需要準備的事項后，下面便介紹如何通過軟件完成相關分析。

2.1?我們需要先打開‘Blast->blast_visual’選項，如圖1所示。

那么，我們就可以看見我們的blast_visual對話框了（圖2）。這一對話框運算部分提供了三個選項，分別是‘is nucl’、‘is short’和‘is save’選項。如果復選框勾選了‘is nucl’選項，表明查詢序列和查詢的數(shù)據(jù)庫均是核酸序列。如果復選框勾選了‘is short’選項，表明查詢序列是短序列。這一功能的實現(xiàn)是為了幫助用戶能夠在數(shù)據(jù)庫中檢索短序列（如引物或者小片段RNA等）。注意：這兩個對話框如果直接將文件拖入，則會直接讀取文件的內容，并展示前100行的數(shù)據(jù)。而結果文件對話框則只會顯示文件的路徑。因為，已經(jīng)提供了結果預覽部分。最后，最重要的選項就是‘start’選項了，點擊后即可構建數(shù)據(jù)庫并進行比對。除了上述選項外，本軟件的其他界面部分也將以行為主進行逐一介紹。

Blast method：Blast結果展現(xiàn)的方法（目前僅有blast_result_visual這一個選項，后續(xù)考慮添加相關內容）。

Query files：需要查詢的序列。

Background file：用于查詢的數(shù)據(jù)庫序列。

Xml file：以xml格式輸出的結果文件。

Xml file preview: 對xml格式輸出的結果文件進行預覽。

output file：整理Blast結果后輸出的文件位置。

Visualfile preview: 整理Blast結果后輸出的文件內容的預覽。

outputitem Type: 需要整理Blast結果的條目。其中條目包括：0(Iteration_query-def)，1(Hit_num)，2(Hit_id)，3(Hit_def)，4(Hsp_bit-score)，5(Hsp_evalue)，6(Hsp_query-from)，7(Hsp_query-to)，8(Hsp_hit-from)，9(Hsp_hit-to)，10(Hsp_identity)，11(Hsp_positive)，12(Hsp_gaps)，13(Hsp_qseq)，14(Hsp_midline)，15(Hsp_hseq)。這些條目對應xml結果文件中數(shù)據(jù)整理格式。

makeblastdb comand path: 調用指定路徑上makeblastdb程序對查詢數(shù)據(jù)庫進行格式化處理（如果已將命令添加到系統(tǒng)路徑，則該文本框為空）。

Formatting file prefiexs: 數(shù)據(jù)格式化后的輸出文件的后綴，比如file_ prefiexs .ndb、file_ prefiexs .nhr、file_ prefiexs .nin等格式文件。

blast comand path: 調用指定路徑上blast程序進行blast比對（如果已將命令添加到系統(tǒng)路徑，則該文本框為空）。

Output sequence number: 單個序列所能輸出的滿足條件的最多序列（本文為5）。

E value: 滿足于查詢序列比較后的比值小于該e值（本文為0.05）才會輸出相關結果。

介紹完blast_visual對話框中的布局含義之后，用戶可以將查詢序列文件Query file拖入到相應的文本框中（拖入后，軟件會自動讀取其中內容，并展現(xiàn)在該文本框中），如下圖3所示。

需要指出的是，查詢序列的文件格式也是固定的。如果讀者的查詢文件的格式有所不同，可以按照這篇推文《Multi-omics Hammer軟件之fasta格式整理和保守結構域查找》對格式進行再整理。下文為查詢文件的格式：

接下來，讀者需要將數(shù)據(jù)庫文件拖入到指定的文本框中（拖入后，軟件會自動讀取其中內容，并展現(xiàn)在該文本框中）。

查詢數(shù)據(jù)庫的文件格式為（篇幅有限，這里僅僅展示部分）：

隨后，點擊‘start’選項后，本軟件會首先調用makeblastdb程序對查詢所用的數(shù)據(jù)庫進行格式化以便blast程序調用，并將結果冠以指定的后綴，如下圖5所示。

格式化數(shù)據(jù)之后，調用blast(n/p)程序會輸出的結果共包含兩個文件，其中一個是blast的結果文件xml file，如下圖6所示。

輸出結果的另一個文件即是對blast結果進行整理后的文件（通過本軟件所帶的小腳本整理），如下圖7所示。

整理后的文件內容如下所示：

整理后的文件內容的前兩行即為本軟件所調用的系統(tǒng)命令。如上文所示，本軟件調用了makeblastdb和blast兩個命令。整理后的文件的后續(xù)內容即為對blast結果整理后的數(shù)據(jù)。

三 慣例小結

雖然，現(xiàn)在也有一些軟件提供了類似的功能，但是本軟件所提供的這一功能無疑是最簡便的，更無過多復雜的內容，方便各位用戶快速上手。

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另外，怎么說呢，投幣也可，不強求，但奢求