從戰(zhàn)術層面來看，MS本就適合用于偵察任務。有著比主戰(zhàn)坦克更強大的裝甲防御力，超越宇宙戰(zhàn)機的機動性，以及裝備了高精度的光學相機，在米諾夫斯基粒子散步環(huán)境下生存性強，因此特別適合被用于搜集情報。

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而在對上述優(yōu)點進行評測后，吉翁在一年戰(zhàn)爭開戰(zhàn)以前就開始著手進行偵察用MS的開發(fā)，并以以MS-06C 扎古II C型為基礎進行設計，開發(fā)出了MS-06E 強行偵察型扎古Ⅱ。不過在設計完成后，吉翁就將MS-06F 扎古II F型作為主力量產(chǎn)機。所以之后也用阿巴瓦空和所羅門的扎古II F型的產(chǎn)線進行了制造。

光學系統(tǒng)的增強是通過增設光學相機和采用手持式照相槍來完成的。強行偵察型扎古Ⅱ去除了扎古II極富特征的盾牌和肩甲，并將其替換為肩部的光學相機，除此之外還在股部增設了光學相機，但依舊保留了兵裝運用能力。

頭部也換裝了大口徑高精度的單眼式相機，不僅將其大型化，還增設了頭頂方向的擴大版掃描軌道。此外還在頭部左側增設了短距離通信用天線。而改造后的強行偵察型扎古Ⅱ以極高的信息處理能力為傲。

這樣的改裝也導致成本水漲船高，造價不低。據(jù)說MS-06E的產(chǎn)量不足100臺。但從一年戰(zhàn)爭初期開始就反復進行整修，并持續(xù)運用至今。另外當初的型號編號為RMS-06，但由于為了型號編號的統(tǒng)一而變更為MS-06E。

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強行偵察型扎古Ⅱ的預想任務除了通常的警戒/偵察任務外，還設想過突入敵人中進行強行偵察。因此其機體的推力必然不小，其推進背包是以MS-06S 扎古II S型為基礎改進而來了新型推進背包，其總推力約為13噸。

而為了讓機體能從敵陣中幸存下來，還在胸部還設置了緊急逃生用火箭。和常用的雙肩推進器不同，緊急脫離時額外的火箭推進器可以和推進背包一起發(fā)揮出驚人的推力，而這驚人的G力似乎也是機師必須身穿重型標準服的原因之一。

另外由于機體削減了武裝，因此多出了其燃料搭載量多出了10%，并在脛部設置了內置式燃料箱和姿態(tài)控制噴口。

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該機在開戰(zhàn)后不久就開始投入使用，在戰(zhàn)爭后期被擊墜的例子并不多，各方面表現(xiàn)都很不錯。當然也有在戰(zhàn)爭初期于月神II被擊墜、繳獲的強行偵察型扎古Ⅱ。但據(jù)說對地球聯(lián)邦軍實施了強行偵察，甚至侵入了設施內。

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在戰(zhàn)后被聯(lián)邦軍接收后，只對駕駛艙周圍進行了近現(xiàn)代化改裝，配備了全周天駕駛艙和線性座椅，手部還增設了固定器等。并被地球聯(lián)邦軍和提坦斯投入到了實戰(zhàn)中，由此可見，即使戰(zhàn)爭結束了7年之久，其性能仍然十分強大。

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該機在UC 0085年10月時，還曾使用飛行踏板在大氣環(huán)境下記錄海茲爾測試運用的相關數(shù)據(jù)。

而在格林普斯戰(zhàn)爭中，被派出去監(jiān)視月面上的進入安曼港的亞伽瑪，有著帽子店的呼號。而當亞歷山大號對亞伽瑪展開艦炮射擊式，也結合了該機的信息處理能力進行了瞄準修正。不過最終被百式發(fā)現(xiàn)并被擊破。

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