帶你玩?zhèn)€SCI找茬游戲

春天，遍地的桃李櫻杏都在爭相綻放，努力展示自己所有的魅力。

正如我們每一個科研工作者，都會盡力讓自己所有的努力在論文中開出絢麗的花。

有的文章讀起來確實讓人如沐春風(fēng)受益匪淺，可有的，真的一言難盡狗屁不通（bushi）。

大家好，今天給大家分享一篇令（處）人（處）深（疑）思（問）的文章。

接下來，請帶著疑問來學(xué)習(xí)一下這篇文章，在尋找漏洞的過程中學(xué)習(xí)如何規(guī)避錯誤，提高自己寫文章的連貫性和科學(xué)性，千萬別給編輯和審稿人提出質(zhì)疑你文章內(nèi)容的機(jī)會。

請一定看到最后哦，文末有你一定不能錯過的寫作經(jīng)驗。

文章題目為：

“Apigenin Inhibits the Growth of Hepatocellular Carcinoma Cells by Affecting the Expression of microRNA Transcriptome”，即“芹菜素通過影響 microRNA 轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)來抑制肝細(xì)胞癌細(xì)胞的生長”，2021年發(fā)表于Frontiers Oncology，影響因子6.244。

這影響因子可真是令人羨慕呢，祝福它可以一直保持下去，千萬不要是第二個Oncotarget。

研究背景

Backgrounds

肝細(xì)胞癌（HCC）是肝癌中比較重要的一種，在中國每年造成30萬人死亡。
HCC預(yù)后較差，而多數(shù)化療藥物為西藥，具有很大的毒性，且靶向治療治療費用較高。
因而，人們轉(zhuǎn)而尋求一種新的可被普遍接受的治療方法。
芹菜素，一種黃酮類化合物，已被證明在癌癥中具有抑制癌細(xì)胞增殖、引發(fā)細(xì)胞凋亡、減少細(xì)胞侵襲和轉(zhuǎn)移等的作用。
但芹菜素抑制HCC的潛在分子機(jī)制尚不清楚，仍需進(jìn)行進(jìn)一步的研究。
MiRNA是一種高度保守的單鏈非編碼RNA，參與很多細(xì)胞活動，如細(xì)胞增殖、凋亡、分化、炎性反應(yīng)、侵襲等，在腫瘤發(fā)生方面具有極其重要的調(diào)控作用。
本文通過體內(nèi)外實驗驗證芹菜素在HCC中的抑癌作用，并進(jìn)一步分析相關(guān)miRNA及其靶基因的調(diào)控作用。

研究思路

Study design

本文研究思路如下圖（圖我自己畫的，別嫌丑）。

當(dāng)然了，我是有實力的科研作圖小能手（比如流程圖、示意圖、技術(shù)路線圖、TOC等等），如果找我?guī)兔^對讓您滿意。（有需要了解的可點擊此處鏈接查看AI基礎(chǔ)科研繪圖實操教程，批處理一鍵搞定，看完立即上手或者教你用AI繪制磷脂雙分子層盡享SCI論文配圖高級感學(xué)會AI在科研作圖中的常規(guī)操作，提升科研效率）
好了，原諒我的跑題吧，我們回歸正題！
根據(jù)本研究的目的，首先通過體內(nèi)體外研究證明芹菜素在HCC中的抑癌作用，然后通過轉(zhuǎn)錄組分析和qRT-PCR鑒定差異表達(dá)的miRNA及其靶基因。最后通過生信分析探究芹菜素在HCC中通過miRNA調(diào)控抑癌作用的機(jī)制。

功能+機(jī)制的干濕結(jié)合研究模式

主要結(jié)果

Results

1、芹菜素抑制Huh7和Hep3B肝癌細(xì)胞生長
本研究用濃度分別為0、5、10、20μM的芹菜素處理Huh7和Hep3B細(xì)胞，結(jié)果表明芹菜素以劑量依賴的方式抑制HCC的生長。
同時，克隆實驗結(jié)果顯示芹菜素以劑量依賴的方式顯著降低克隆形成細(xì)胞的數(shù)量和大小。

2、芹菜素影響細(xì)胞周期和凋亡
細(xì)胞周期結(jié)果表明，Huh7細(xì)胞系中，芹菜素處理顯著增加G2/M期細(xì)胞數(shù)量，降低G0/G1期細(xì)胞數(shù)量；
而在Hep3B細(xì)胞系中，結(jié)果剛好相反，芹菜素處理顯著增加G0/G1期細(xì)胞數(shù)量，降低G2/M期細(xì)胞數(shù)量。
這表明芹菜素的抑制作用與細(xì)胞周期相關(guān)。
雙染實驗表明芹菜素處理后Huh7和Hep3B細(xì)胞凋亡率顯著增加，表明芹菜素以劑量依賴的方式引發(fā)細(xì)胞凋亡。
小鼠實驗中Tunnel分析也表明芹菜素處理顯著增加腫瘤組織的凋亡。

3、芹菜素抑制Huh7和Hep3B細(xì)胞侵襲
細(xì)胞侵襲研究結(jié)果表明，對照組細(xì)胞侵襲數(shù)量增多，而芹菜素處理組（5、10、20μM）細(xì)胞侵襲數(shù)量顯著變少。該結(jié)果表明，芹菜素抑制Huh7和Hep3B細(xì)胞侵襲與芹菜素濃度有關(guān)。
此處，第一個明顯的bug已現(xiàn)身。
文章中右邊的柱狀圖肯定是放錯了的，這個柱狀圖不符合文章中的文字描述，且與上面的細(xì)胞凋亡結(jié)果不能說很像吧，簡直就是一模一樣（一定是不小心貼錯了，畢竟老虎也有打盹的時候嘛，情有可原）。
因為這里我查了一下作者提供的附表3，與文章描述是一致的，可以看出來細(xì)胞侵襲數(shù)量隨濃度的升高而降低。

4、芹菜素抑制裸鼠Huh7細(xì)胞的致癌性
與體外研究的結(jié)果相似，體內(nèi)注射芹菜素可造成小鼠內(nèi)腫瘤體積和重量的降低，再次證明了芹菜素對HCC的抑制作用。
免疫組化分析也證明了芹菜素處理后出現(xiàn)Bax的增加及Bcl2和Ki67的降低。
此處，驚現(xiàn)本文第二個bug。
上面的研究都是基于三個芹菜素的濃度，到這里你會發(fā)現(xiàn)只出現(xiàn)了一個！但是文章正文從頭到尾沒有說明這個濃度是什么（本文方法部分寫的比較簡單，只寫了不同濃度），我是查附件才知道這個濃度為10μM，而且文章未提及為何選擇這個濃度。
一般我們寫作中對濃度的篩選要做一個明確的解釋，這樣文章更為合理也更連貫。

5、芹菜素影響miRNA的差異表達(dá)
接下來，作者從芹菜素處理過的細(xì)胞中篩選得到了130個上調(diào)和9個下調(diào)miRNA。
通過進(jìn)一步的篩選（篩選條件log2FC≥2.0且P≤0.001），得到30個上調(diào)、2個下調(diào)的miRNA。

6、qRT-PCR鑒定差異表達(dá)的miRNA和靶基因
為驗證RNA測序的結(jié)果，此處挑選12種差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行qRT-PCR分析。
qRT-PCR分析的結(jié)果與RNA測序具有一致性，即便有些基因的表達(dá)差異不顯著。
在miRNA差異表達(dá)水平上，hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-663a、hsa-miR-1273g-3p、hsa-miR-619-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-5787和hsa-let-7i-5p在芹菜素處理后高表達(dá)；
hsa-miR-1260b、hsa-miR-760、hsa-miR-215-3p、hsa-miR-181a-5p和hsa-miR-148a-3p在芹菜素處理后低表達(dá)。
在基因差異表達(dá)水平上，僅CCND1在芹菜素處理后顯著高表達(dá)；
MAPK1、PIK3R5、CCND1、ADCY1、ADCY3、GNAQ和EGF在芹菜素處理后低表達(dá)。

此處，本文第三個bug出現(xiàn)。
我出于好奇想知道作者是按照什么標(biāo)準(zhǔn)從上文中的32個miRNA中篩選出12個的，就去找了一下方法和附件中的內(nèi)容，發(fā)現(xiàn)可能是通過附表6中的Degree value篩選出來的，但是附表6中的12個Degree>16的miRNA與正文中提及的也不完全相同（不知道審稿人看到這里是啥想法呢）。

我們自己寫作中一定要注意這些細(xì)節(jié)，保證審稿人提不出一絲質(zhì)疑。

怎么樣？敢不敢把你要投稿的文章拿過來讓我們給你找找茬呢？保準(zhǔn)你在投稿前解決掉大部分問題，可以去順利投稿。

7、芹菜素對差異表達(dá)miRNA及相關(guān)靶基因的影響(KEGG-上調(diào)miRNA)
這里對芹菜素處理后上調(diào)的miRNA進(jìn)行KEGG分析，結(jié)果表明這些miRNA富集于多種癌癥相關(guān)通路。
圖中也列出了每種通路的占比，其中FoxO占20.3%。
此外，還列出了這些上調(diào)miRNA相關(guān)的靶基因：MAPK1、PIK3CD、HRAS、CCND1、CDKN1A、E2F2、MYC、CDK4、MTOR、CDK2、STAT3、PTEN、CDKN1、BIGF1、MAPK14、TGFB1、CDKN2A、VEGFA、WNT4、CCNA2、MET、VAV3、APC2和APC。
8、芹菜素對差異表達(dá)miRNA及相關(guān)靶基因的影響(KEGG-下調(diào)miRNA)

下調(diào)miRNA與癌癥中microRNA、蛋白聚酶等通路相關(guān)。（PS：小編其實一直很好奇，這個miRNA富集到癌癥中的miRNA通路是表示什么呢？精通生信的老師們可以給指點一二不。因為有時候我們拿到別人給的分析報告也會有這情況）
其中癌癥中蛋白聚酶占67.27%，microRNA占12.7%。
同樣列出來相關(guān)的靶基因為：MAPK1、HRAS、STAT3、FOS、BCL2、SMAD2、PPP3CA、IFNG、MET和VAV2。

9、芹菜素對差異表達(dá)miRNA及相關(guān)靶基因的影響(GO-上調(diào)miRNA和下調(diào)miRNA)
這些上調(diào)的miRNA總共富集到88個GO-BP相關(guān)通路（下圖A）、18個GO-MF相關(guān)功能（下圖B）和18個GO-CC相關(guān)功能（下圖C）。
下調(diào)的miRNA總共富集到82個GO-BP相關(guān)通路（下圖D）和2個GO-MF相關(guān)功能，沒有富集到GO-CC相關(guān)功能。

細(xì)心的朋友可能發(fā)現(xiàn)了，這里出現(xiàn)了本文第四個小bug。
我們一般展示KEGG和GO分析的結(jié)果都是用條形圖或者氣泡圖，再簡單一點，直接上表格。本文呢，是通過這個餅圖（百分比）展示的，個人感覺這個好處就是能夠很直觀地觀察到哪個通路或者功能起到的作用最大，這是一個很大的優(yōu)點。
我要說的bug是，文中沒有明確這些百分比代表什么，我們大概猜測，它指的可能是與這個通路相關(guān)的miRNA/基因占所有miRNA/基因的比例。
大家有什么其他見解，歡迎評論區(qū)留言討論。畢竟思想的碰撞迸發(fā)智慧的花火！百花齊放、百家爭鳴,才應(yīng)該成為我國發(fā)展科學(xué)、繁榮文學(xué)藝術(shù)的方針。

討論

Discussions

本文討論部分相對來說比較詳細(xì)，這里簡單列一下本文討論部分是如何著手的，感興趣的可以查看原文學(xué)習(xí)一下這個討論部分的規(guī)劃和寫作。
第一段對體內(nèi)體外研究結(jié)果進(jìn)行討論，證明芹菜素的抑癌作用。
第二段結(jié)合既往研究對本研究中鑒定的上調(diào)miRNA進(jìn)行討論。
第三段結(jié)合既往研究對本研究中鑒定的下調(diào)miRNA進(jìn)行討論。
第四段結(jié)合既往研究對本研究中鑒定的上調(diào)miRNA靶基因進(jìn)行討論。
第五段結(jié)合既往研究對本研究中鑒定的上調(diào)miRNA靶基因進(jìn)行討論。
這里我要重點強調(diào)的一點是本文在對相關(guān)基因進(jìn)行討論中發(fā)現(xiàn)，MAPK1這個基因即與上調(diào)相關(guān)，又與下調(diào)相關(guān)，而本研究的實驗結(jié)果并未發(fā)現(xiàn)這個基因在芹菜素處理前后的差異表達(dá)。出現(xiàn)這個現(xiàn)象的原因可能就是它的上調(diào)和下調(diào)功能相互抵消。
我們平時在寫論文時也要注意這些有矛盾的點，然后盡量地討論全面，給出可能科學(xué)合理的解釋。

第六段是對本研究的總結(jié)和展望，我就不再去重復(fù)啦。

總結(jié)

Conclusion

這個研究除了以上提及的幾個比較明顯的bug外，其實還有一點，不算什么缺點，但我個人寫作中可能做其他處理。
就是本文把很多可以寫到方法部分的內(nèi)容融合到結(jié)果里了（比如為了檢測/確定……，我們進(jìn)行了……），導(dǎo)致結(jié)果有些長，而方法部分過于簡單。簡單到什么地步呢，看下圖：

除此以外，本文整體的研究思路還是比較暢通的，討論部分也相當(dāng)充分。
另外萬一遇到雜志有字?jǐn)?shù)限制但你怎么也刪不到要求的時候，可以像本文一樣從方法部分入手，具體描述放到附件（千萬別刪引言和討論，那可都是我們辛辛苦苦寫的，刪了多肉疼）

今天的分享就到這里了，怎么樣，有沒有從這些bug中學(xué)會怎么規(guī)避錯誤，提升文章連貫性？
如果你有需要投稿的文章，那就來找我給你玩玩找茬游戲吧，我玩開心了，你投稿也就更順暢了。
我們自己寫文章時一定要仔細(xì)仔細(xì)再仔細(xì)，盡最大可能保持文章落實暢通，不給審稿人一點兒提出質(zhì)疑的機(jī)會。
感謝閱讀，各位朋友，看在我這么辛苦碼了這么多字的份兒上，辛苦關(guān)注轉(zhuǎn)發(fā)或點贊唄~

我們下次再見，更多優(yōu)質(zhì)內(nèi)容正在快馬加鞭趕來~