一、傳染病蟲害

　　牲畜糞便含有細菌和害蟲，如大腸桿菌和線蟲。直接使用會導致病蟲害和農(nóng)作物病害的傳播，影響食用農(nóng)產(chǎn)品的人體健康。未成熟的雞糞在土壤中發(fā)酵，容易滋生病菌和害蟲。

　　二、施入土壤二次發(fā)酵導致燒苗

　　發(fā)酵不充分的畜禽糞便施入地面后，當當?shù)販囟壬仙桨l(fā)酵條件時就會開始發(fā)酵。如果發(fā)酵部分的根比較近，作物比較小，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會影響作物的生長，造成燒苗，嚴重時甚至造成植株死亡。

　　三、導致中國果樹爛根，黑根

　　畜禽糞肥是一種強酸性肥料(PH = 3.6 ~ 4.7) ，施用酸性畜禽糞肥容易引起果園根腐病、黑根病、黃葉病、過早衰老和黃化病，嚴重者植株死亡。

　　四、易產(chǎn)生毒氣危害

　　在生料肥料的分解過程中，容易產(chǎn)生甲烷、氨氣等有害氣體，對土壤和作物造成酸害和根害。更重要的是，產(chǎn)生的乙烯氣體具有抑制根系生長的作用，也是造成根系灼傷的主要原因。

　　五、土壤缺氧

　　生肥中的有機質(zhì)在分解過程中容易消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時處于缺氧狀態(tài)，從而抑制作物的生長。

　　六、肥效緩慢

　　在未發(fā)酵和腐熟的畜禽糞便中，大部分養(yǎng)分是有機的或緩效的，不能被作物直接吸收利用，只有分解成速效形式才能被作物吸收利用。因此，不經(jīng)發(fā)酵直接施用會降低肥效。

　　七、重金屬超標危害

　　重金屬是指比重明顯大于5的金屬，約有45種，包括鉛(Pb)、鎘(Cd)、汞(Hg)、鉻(Cr)、銅(Cu)、鋅(Zn)、鎳(Ni)等。砷(As)雖不屬于一種重金屬，但因其數(shù)據(jù)來源問題以及社會危害國家都與重金屬具有相似，故通?？梢粤腥胫亟饘兕愡M行分析研究主要討論。重金屬在畜禽糞便中的積累量與畜禽的種類很多有關(guān)，同一產(chǎn)品種類中，重金屬技術(shù)含量又與中國畜禽的年齡、畜禽糞便的處理生活方式等因素影響有關(guān)，但最終實現(xiàn)取決于飼料食品添加劑發(fā)展以及在防治畜禽病害中一些微量營養(yǎng)元素的使用量。

　　隨著集約化、規(guī)模化農(nóng)業(yè)的迅速發(fā)展，一些重金屬被廣泛用作飼料添加劑。此外，動物體內(nèi)微量元素的生物有效性很低，大部分微量元素與畜禽糞便一起排放到環(huán)境中，對生態(tài)環(huán)境造成巨大壓力。

　　這種含有大量重金屬的畜禽糞便長期施用于農(nóng)田，會造成土壤中重金屬的污染，并使其中的重金屬在土壤-水-植物系統(tǒng)中積累和轉(zhuǎn)化，最終通過食物鏈對人類健康造成威脅。激素殘留量仍然較多，導致農(nóng)產(chǎn)品中重金屬超標、食品安全、農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展的隱患。

　　八、存在使用不便、效率低等問題

　　生糞未經(jīng)處理，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質(zhì)轉(zhuǎn)化的時間較長，養(yǎng)分流失嚴重。

　　九、氯化鈉(食鹽)過量

　　據(jù)估計，每立方米牲畜糞便中含有5公斤氯化鈉(食鹽) ，如果一英畝的氯化鈉含量超過10公斤，農(nóng)作物將很難生長。