抑郁癥最有可能是下丘腦的或者腦干的環(huán)路異常。下丘腦是控制情緒和一些本能行為的重要腦區(qū)，下丘腦里面有很多核團(tuán)，其中一些高度激活可能造成了抑郁癥。下丘腦可通過有下丘腦-垂體-腎上腺的軸影響血液中的激素水平，長期抑郁癥患者下丘腦中產(chǎn)生CRH（促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素）的細(xì)胞的數(shù)目是大大上升的。CRH的增多造成抑郁癥這一說法有相當(dāng)?shù)膶嶒炞C據(jù)：在動物身上注射CRH，可以產(chǎn)生抑郁癥狀，進(jìn)食欲望下降、運動異常、睡眠異常、出現(xiàn)懼怕的行為。下丘腦也產(chǎn)生其他激素，如抗利尿激素（也叫血管加壓素），它的量增多，在腎上腺產(chǎn)生皮質(zhì)醇。它又叫壓力激素，壓力大的時候激素水平上升，進(jìn)而影響內(nèi)分泌系統(tǒng)。（其會導(dǎo)致焦慮）

除激素之外，有調(diào)質(zhì)系統(tǒng)。調(diào)質(zhì)是神經(jīng)細(xì)胞釋放的一種小分子，去甲腎上腺素、5-羥色胺、多巴胺，這些小分子會改變神經(jīng)系統(tǒng)信號傳導(dǎo)的效率，可以調(diào)節(jié)很多腦區(qū)，這些調(diào)質(zhì)都發(fā)現(xiàn)跟抑郁癥直接相關(guān)。一種很受歡迎的假說認(rèn)為去甲腎上腺素和5-羥色胺水平太低導(dǎo)致抑郁病發(fā)（快要被更新迭代了）。新發(fā)現(xiàn)氯胺酮藥物。多巴胺與獎賞系統(tǒng)有關(guān)，多巴胺水平高可以使人體會到生活的樂趣。抑郁影響節(jié)律環(huán)路。抑郁癥患者主管晝夜節(jié)律的核團(tuán)（視交叉上核）活動異常，導(dǎo)致跟節(jié)律相關(guān)的各種激素的水平發(fā)生變化。皮質(zhì)醇的含量隨時間有起伏變化，白天高，夜晚低，如果一直處于高水平狀態(tài)，就會導(dǎo)致失眠現(xiàn)象，并且通過基因編輯技術(shù)產(chǎn)生的皮質(zhì)準(zhǔn)保持在高水平的猴子具有非常強的抑郁的現(xiàn)象。