1.有沒(méi)有推薦的期刊呀？針對(duì)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接，不需要實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的？

答：期刊：可通過(guò)相關(guān)網(wǎng)絡(luò)公眾號(hào)推文了解。如云生信學(xué)生物信息學(xué)公眾號(hào)有一些推薦，其次網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)文章其中的一些對(duì)應(yīng)期刊等。也可以去小木蟲(chóng)上問(wèn)問(wèn)，上面交流投稿的有很多。

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2.請(qǐng)問(wèn)GO分析怎么看有多少生物學(xué)過(guò)程，多少細(xì)胞組分，多少分子功能呀？

答：數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)出后的數(shù)據(jù)篩選P值后看有多少條BP/CC/MF。

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3.這個(gè)2倍degree值的中位數(shù)怎么找，不太理解這個(gè)意思？

答：是在degree值那一列，使用median函數(shù)篩的意思。選將數(shù)據(jù)導(dǎo)出使用Excel在Degree值那一列用median函數(shù)篩選。不一定取2倍，取中位數(shù)基因數(shù)達(dá)到也可以。

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4.用david還是metascape做富集分析更好呀？

答：Meatascape數(shù)據(jù)庫(kù)更新快，覆蓋面普遍，整合了GO、KEGG、Uniport和Drugbank等多個(gè)權(quán)威的數(shù)據(jù)庫(kù)，使其不僅僅完成通路富集和生物過(guò)程注釋?zhuān)€可以作基因相關(guān)的蛋白網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析，使用meatascape數(shù)據(jù)庫(kù)，其可生成一個(gè)簡(jiǎn)單明了的報(bào)告，圖文并茂，而且能夠下載excel表，ppt和zip文件。對(duì)于DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)操作過(guò)程簡(jiǎn)單和meatascpe差不多，數(shù)據(jù)庫(kù)近幾年也有所更新，但DAVID的富集結(jié)果沒(méi)有可視化，沒(méi)有很直觀的圖文描述，需要自己點(diǎn)擊基因列表分析的BP、CC查看基因詳細(xì)情況。按自己需求選取各有優(yōu)勢(shì)。

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5.string導(dǎo)出的圖有的點(diǎn)不連接是什么意思，需要怎么處理？

答：不連接的點(diǎn)是該蛋白與其它蛋白之間沒(méi)產(chǎn)生一定聯(lián)系，一般為了美觀可以刪掉。

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6.請(qǐng)問(wèn)一下度中心性（Degree?Centrality，DC）和接近中心性（Closeness?Centrality,CC）怎么知道，在cytoscape中用cytoNCA分析可以知道靶點(diǎn)的中介中心性（Betweenness?Centrality,BC）值，這個(gè)和上面的兩個(gè)有關(guān)系嗎，但是藥物的這兩個(gè)值又該怎么獲取呢？

答：cytoNCA里都有并且可以進(jìn)行相應(yīng)數(shù)據(jù)分析。然后可以看一下https://mbd.baidu.com/ma/s/lOkaapGM網(wǎng)站介紹的內(nèi)容，就可以知道它們之間的關(guān)系。

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7.要做的是藥物作用于疾病的相關(guān)靶點(diǎn)通路，那如果想要探究藥物與細(xì)胞之間的靶點(diǎn)通路，應(yīng)該怎么做？

答：查閱文獻(xiàn)看看有無(wú)細(xì)胞的基因，有了基因分析方法與藥物疾病相關(guān)靶點(diǎn)通路是一樣的。另外補(bǔ)充兩個(gè)查詢基因在細(xì)胞、組織中表達(dá)的數(shù)據(jù)庫(kù)、ENA?Browser?(ebi.ac.uk)、NCBI、the?human?protein?atlas數(shù)據(jù)庫(kù)。