隨著技術(shù)的快速發(fā)展，使用多組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合來解析動(dòng)植物和人類遺傳科學(xué)問題已成為趨勢(shì)，同時(shí)為科研發(fā)展提供了新機(jī)遇。為了推動(dòng)多組學(xué)聯(lián)合新方法發(fā)展，貼合廣大研究生與青年教師的科研需求，青蓮百奧從即日起至11月1日提供購買蛋白組學(xué)贈(zèng)送代謝組學(xué)+聯(lián)合分析的活動(dòng)，滿足廣大科研工作者多層次組學(xué)的需求。

PART.1文章一

浙江中醫(yī)藥大學(xué)孫秋華教授發(fā)表題為“Multi-omics Analysis at Serum Proteomic and Metabolomic Levels Reveals Mechanisms of Moxibustion for a Mouse Model of Ankylosing Spondylitis”的研究性論文。這項(xiàng)研究的目的是確定艾灸改善強(qiáng)直性脊柱炎(AS)癥狀的潛在分子機(jī)制。

在本研究中，研究人員對(duì)蛋白多糖誘導(dǎo)的脊柱炎(pisp)小鼠特定穴位或非穴位進(jìn)行4周的艾灸干預(yù)，此后評(píng)估關(guān)節(jié)炎嚴(yán)重程度、組織病理學(xué)檢查、細(xì)胞因子和成骨細(xì)胞(OB)相關(guān)基因。采用基于LC-MS/MS的代謝組學(xué)技術(shù)和基于LC-MS/MS的DIA蛋白質(zhì)組學(xué)方法檢測(cè)小鼠血清的代謝產(chǎn)物譜和蛋白表達(dá)譜。采用多組學(xué)聯(lián)合分析將單一蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)的結(jié)果進(jìn)行整合。終通過酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)方法驗(yàn)證了在富集顯著的整合通路中一些新蛋白的水平，為艾灸改善強(qiáng)直性脊柱炎(AS)癥狀的分子機(jī)制的研究提供了支持。

PART.2文章二

北京蛋白質(zhì)組學(xué)

目前，COVID-19依舊是科學(xué)家們關(guān)心的問題，本研究中研究人員采用質(zhì)譜法對(duì)COVID-19患者的不同樣本進(jìn)行了蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)以及脂質(zhì)組學(xué)，從不同的層面提供了評(píng)估COVID-19嚴(yán)重程度的生物標(biāo)志物。

首先是基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)研究COVID-19?；趯?duì)COVID-19大流行的蛋白質(zhì)組分析而開發(fā)的工作流。為了研究SARS CoV-2病毒的不同癥狀患者情況或感染細(xì)胞模型，通常選擇來自血液、尿液、唾液和鼻拭子的血清、血漿和PBMCs用于靶向或非靶向定量蛋白質(zhì)組分析。多元統(tǒng)計(jì)分析可用于不同程度COVID-19嚴(yán)重程度的蛋白生物標(biāo)志物分析。

此外，基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)研究COVID-19也很有意義。研究者開發(fā)利用代謝組學(xué)和脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究SARS-CoV-2病毒感染的不同癥狀患者或感染細(xì)胞模型的方法流程。通常，來自血液和其他生物指標(biāo)(如尿液、唾液、拭子和呼吸標(biāo)本)的血清、血漿和PBMCs可用于COVID-19患者的靶向或非靶向代謝組學(xué)或脂質(zhì)組學(xué)分析。比較后再進(jìn)行多元統(tǒng)計(jì)分析，可用于研究不同COVID-19嚴(yán)重程度的代謝物或脂質(zhì)生物標(biāo)志物。

通過綜合“組學(xué)”方法發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)志物和調(diào)查改變的分子網(wǎng)絡(luò)，可能是能用于更好地了解COVID-19的有利工具，蛋白質(zhì)組學(xué)、糖組學(xué)、脂組學(xué)和代謝組學(xué)是上游基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)活動(dòng)的產(chǎn)物，未來的研究應(yīng)聚焦于整合組學(xué)在COVID-19中的應(yīng)用，這有助于更好地理解感染、發(fā)病機(jī)制和治療靶點(diǎn)的分子機(jī)制。

PART.3文章三

結(jié)直腸癌(CRC)因其高死亡率而日益成為公眾健康關(guān)注的焦點(diǎn)。目前，CRC治療缺乏有效的診斷生物標(biāo)志物和治療策略，特別是對(duì)于潛在致病性的晚期CRC，人們對(duì)其機(jī)制仍知之甚少。中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)發(fā)表的題為“Molecular Characterization of Advanced Colorectal Cancer Using Serum Proteomics and Metabolomics .”研究成果。

在本研究中，作者使用基于數(shù)據(jù)非依賴性采集模式(DIA)的蛋白質(zhì)組學(xué)和基于很高的液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀的非靶向代謝組學(xué)，研究了20例III或IV期晚期CRC患者血清樣本的蛋白組和代謝組。共鑒定出551個(gè)蛋白和719個(gè)代謝物。

此外，層次聚類分析顯示，晚期CRC的血清蛋白質(zhì)組比代謝組更多樣化，癌癥相關(guān)的蛋白質(zhì)和代謝產(chǎn)物參與了細(xì)胞代謝，包括糖酵解/糖異生、氨基酸生物合成、谷胱甘肽代謝和花生四烯酸代謝等。作者構(gòu)建了晚期CRC血清的蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)。作者選擇了三種代謝物(氫醌、亮氨酸和鞘磷脂)和兩種蛋白(凝血因子XIII A鏈和血漿激肽酶)作為晚期CRC的潛在生物標(biāo)志物。

本研究中的結(jié)果對(duì)晚期結(jié)直腸癌生理病理的理解起到了推動(dòng)作用，并發(fā)現(xiàn)了新的潛在生物標(biāo)志物，用于進(jìn)一步驗(yàn)證和應(yīng)用，以改善晚期結(jié)直腸癌的診斷和監(jiān)測(cè)。

從《Nature Methods》年度關(guān)注技術(shù)到癌癥登月計(jì)劃，Data-independent Acquisition(DIA)數(shù)據(jù)非依賴型采集模式，突破了傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)采集模式，實(shí)現(xiàn)了無偏向性地全息采集樣本中所有分子信息，在覆蓋度、準(zhǔn)確性、穩(wěn)定性上實(shí)現(xiàn)了多方面提升，是當(dāng)下蛋白質(zhì)組學(xué)研究領(lǐng)域的熱門技術(shù)。

蛋白組學(xué)領(lǐng)域期刊Molecular & Cellular Proteomics發(fā)表了一篇社論，題為“Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data independentAcquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis”，也在為DIA技術(shù)站臺(tái)發(fā)聲。

對(duì)于較小的樣本個(gè)數(shù)，TMT等同位素標(biāo)記定量有著很好的表現(xiàn)，但是對(duì)于大的樣本量，比如大隊(duì)列的臨床樣本、FFPE樣本，非標(biāo)記定量的方法變顯現(xiàn)出了優(yōu)勢(shì)，DIA為DDA的升級(jí)款采集方法，在數(shù)據(jù)采集方面有著很好的表現(xiàn)，專為大隊(duì)列樣本而生，并且能夠很好的與大隊(duì)列代謝組學(xué)數(shù)據(jù)相匹配。

PART.4青蓮DIA項(xiàng)目技術(shù)流程

青蓮DIA技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

1.每年持續(xù)更新新版本的數(shù)據(jù)檢索軟件，保證數(shù)據(jù)解析能力很好，更高的數(shù)據(jù)解析性能，采用深度建庫方式使得數(shù)據(jù)解析率更高。

2.豐富的儀器使用經(jīng)驗(yàn)和平臺(tái)維護(hù)經(jīng)驗(yàn)，大項(xiàng)目數(shù)據(jù)經(jīng)驗(yàn)。

大隊(duì)列樣本蛋白鑒定數(shù)量維持在一個(gè)比較平穩(wěn)的高水平，證明從樣本的前處理到上機(jī)操作以及質(zhì)譜儀的狀態(tài)都保持在一個(gè)穩(wěn)定的狀態(tài)。

3.青蓮的項(xiàng)目都能免費(fèi)使用biolader云平臺(tái)進(jìn)行數(shù)據(jù)個(gè)性化處理，是一個(gè)專業(yè)的生物信息在線分析和可視化平臺(tái)，為廣大的科研工作者提供方便、快捷的數(shù)據(jù)處理、功能分析和可視化作圖服務(wù)。