面積計算在醫(yī)學(xué)圖像分析中十分重要，許多分析參數(shù)的實質(zhì)均為計算面積，例如分析Masson染色膠原容積分?jǐn)?shù)、腦缺血體積百分比、劃痕實驗傷口愈合百分比以及血管密度分析等。
分析面積的基本思路是先選定后測量，選定是指準(zhǔn)確選定待測量的目標(biāo)，測量指設(shè)置測量參數(shù)進(jìn)行測量。今天給大家分享如何使用ImageJ計算醫(yī)學(xué)圖像處理中的面積！

1. 劃痕實驗傷口愈合百分比

關(guān)于劃痕實驗面積分析我曾經(jīng)分享過一個30秒搞定劃痕實驗面積分析的方法，詳情點這里，有興趣的童鞋可以去看看！該方法不僅可以快速分析單張劃痕圖片，還可以對多張劃痕圖片進(jìn)行批處理：

除上述快速方法外，還可對劃痕圖片進(jìn)行Process -> Smooth平滑后進(jìn)行Process -> Find Edges尋找邊緣進(jìn)行劃痕面積分析。

2. 腦缺血體積百分比

大腦中動脈栓塞法(middle cerebral artery occlusion,MACO)制備腦缺血再灌注模型后，灌注取腦切片后進(jìn)行TTC染色可評價腦缺血體積。缺血區(qū)體積比例計算公式為：缺血區(qū)體積比=（各切片白色缺血區(qū)面積之和）/（各切片腦片面積之和）x 100%因此，我們需要分別計算每個切片缺血區(qū)面積和腦片面積。

分析步驟：1. ImageJ軟件File -> Open打開待分析TTC染色圖片：

2. 計算各腦片面積

Image -> Type -> 8 bit將圖片轉(zhuǎn)換為8 bit灰度圖片：

Image -> Adjust -> Threshold,調(diào)節(jié)閾值使腦片被選中（紅色代表選中）：

Analyze -> Set Measurements，檢查Area與Limit to threshold是否被選中，Limit to threshold后僅測量閾值選定范圍的面積，否則測量的為整張圖片的面積。

Analyze -> Analyze particles，選擇顯示結(jié)果及匯總，Display results，Summarize。Show選擇顯示腦片輪廓，點擊OK：

得到每個腦片的ROI與對應(yīng)的面積：

3. 檢測腦缺血區(qū)面積
重新打開TTC染色圖片，Image -> Adjust -> Threshold,調(diào)節(jié)Hue（色度）、Saturation（飽和度）與Brightness（亮度）使腦缺血白色被選中（紅色代表選中）：

Analyze -> Analyze particles可得到各腦片缺血區(qū)面積，代入公式計算腦缺血體積百分比即可。

3.?傷口愈合面積計算

下圖是ACS Applied Materials & Interfaces（IF：8.45）文獻(xiàn)有關(guān)中傷口愈合面積計算的圖，除統(tǒng)計圖外作者還將不同時間點傷口創(chuàng)面疊加在以此來顯示CD-F-R處理促進(jìn)傷口愈合的效應(yīng)（圖b所示）。

該文獻(xiàn)中傷口愈合的面積該如何分析？如何作出圖b的效果？

分析步驟：1. ImageJ軟件File -> Open打開傷口圖片：

2. Process -> Enhance Contrast增強對比度：

得到如下效果：

3、Process -> Smooth進(jìn)行三次平滑：

Image -> Adjust -> Threshold,調(diào)節(jié)Hue（色度）、Saturation（飽和度）與Brightness（亮度）使窗口被選中（紅色代表選中）：

使用魔棒工具

選中創(chuàng)口，Analyze –> Tools –> ROI Manager –> Add（快捷鍵t）,依次添加將選定創(chuàng)口：

重新打開剛剛分析的圖片，在ROI Manager中點擊Show All即可顯示分析創(chuàng)口大?。?br>

ROI Manager下點擊Measure可獲得各個時間點創(chuàng)口的面積、Feret直徑等：

4. 繪制不同時間點傷口創(chuàng)面疊加圖File –> New –> Image，創(chuàng)建一個RGB格式、填充為白色、邊長為159pixels的正方形：

ROI Manager下點擊D0對應(yīng)的ROI，使其在新建圖片上顯示：

雙擊Color picker

，選擇一個顏色，Edit –> Fill即可將D0創(chuàng)口ROI填充為對應(yīng)顏色：

對剩余不同時間點ROI進(jìn)行同樣操作即可得到不同時間點傷口創(chuàng)面疊加圖：

4.血管密度分析

VesselJ可用來定量血管和淋巴血管密度，是一種基于動態(tài)閾值算法的新型ImageJ插件。該方法排除了人為選擇閾值帶來的誤差，還可以同時自動處理多個圖像。

VesselJ下載地址：

https://imagej.nih.gov/ij/plugins/vesselj/index.html。將下載插件插件放置Plugins文件夾下，重啟ImageJ軟件即可。Plugins -> VesselJ處可見。

分析步驟：

1. ImageJ軟件File -> Open打開待分析血管圖片（綠色）

2. Plugins -> VesselJ選擇CD31-green，點擊OK。彈出Advice窗口，僅打開需要分析的圖片，點擊OK。

使用矩形選框熒光圖片背景中畫一個小矩形，點擊OK：

分析完成后顯示提示框：

可得到分析結(jié)果，總面積是1392562，非血管的面積是887330，血管的面積是505232，血管占總面積的比例是0.363，即血管密度為36.3%：

對于批處理多個圖像方法與前大致相同，不同的時需要使用矩形選框給每張打開的圖片選擇背景即可，可同時快速計算多張圖片血管密度：

5.?Masson染色膠原容積分?jǐn)?shù)分析

Masson染色用于顯示組織中纖維的染色方法之一，Masson染色通常分析膠原容積分?jǐn)?shù)(Collagen volume fraction，CVF)，即膠原陽性的藍(lán)色面積與組織總面積的百分比。

分析步驟：1. ImageJ軟件File -> Open打開待分析Masson染色圖片：

2. Process -> Enhance Contrast增強對比度，增強對比度前后效果如下：

3. Image -> Adjust -> Threshold,調(diào)節(jié)Hue（色度）、Saturation（飽和度）與Brightness（亮度）使藍(lán)色被選中（紅色代表選中）：

點擊Threshold Color菜單下Select后，Analyze -> Measure，得到膠原面積:

4. 分析組織總面積

Image -> Adjust -> Threshold,調(diào)節(jié)閾值使組織全部被選中（紅色代表選中）：

Analyze -> Measure，得到面積:

膠原容積分?jǐn)?shù)=119257/219861 x 100% =54.2%。

今天給大家分享ImageJ計算面積就到此為止了，希望對大家有所幫助！對科研繪圖有需要的小伙伴可以掃碼免費領(lǐng)取課程哦~

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