注：第一次發(fā)布時(shí)，自定義函數(shù)的代碼塊被吞了，2月15日補(bǔ)上了。

GWAS分析得到QTN后，需要鑒定已知基因和挖掘候選基因。單倍型分析可以用于驗(yàn)證所得到的的候選基因是否可靠。

單倍型分析的大致思路是：遍歷候選基因表，對于其中的每一行，提取該基因范圍內(nèi)的SNP，結(jié)合其對應(yīng)的表型數(shù)據(jù)集，進(jìn)行方差分析。

提取SNP這一步可以用plink進(jìn)行，以提取1號染色體的10000到15000位點(diǎn)之間的SNP為例，指令如下。

plink處理只適用于候選基因較少且有plink格式基因型文件的情況。（或許也可以批量處理，但我不會(huì)）

候選基因很多，或者不能轉(zhuǎn)換得到plink格式時(shí)，可以直接使用R處理。

下面演示可用于單倍型分析的兩個(gè)函數(shù)內(nèi)容以及使用方法。

已經(jīng)得到候選基因?qū)?yīng)的SNP數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)時(shí)，可只使用haplo1_single或haplo1_meja函數(shù)，然后對得到的數(shù)據(jù)框使用aov函數(shù)即可；如果沒有，可以使用haplo2函數(shù)來處理得到上述數(shù)據(jù)，將直接輸出多個(gè)包含方差分析結(jié)果的列表。

single為單環(huán)境分析，meja為多環(huán)境聯(lián)合分析（Multi-environment joint analysis）。