只能基于外泌體數(shù)據(jù)才能進(jìn)行外泌體相關(guān)的生信分析嗎？?

當(dāng)然不是！沒有數(shù)據(jù)也能做。

可以基于外泌體相關(guān)基因進(jìn)行分析！

自從2013年外泌體獲得諾貝爾獎(jiǎng)之后，關(guān)于外泌體的相關(guān)研究就駛?cè)肓丝燔嚨?。從pubmed上看，外泌體相關(guān)的文章數(shù)量逐年遞增。

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而且外泌體涉及的疾病多種多樣，功能也很廣，比如疾病診斷、藥物遞送載體、組織再生修復(fù)、腫瘤微環(huán)境和免疫治療。。。

小云之前給大家分享過(guò)基于公共數(shù)據(jù)分析外泌體的生信思路。就是從ExoCarta 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載外泌體數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

但是如果沒有外泌體數(shù)據(jù)還能進(jìn)行外泌體相關(guān)的生信分析嗎？當(dāng)然可以，還可以基于外泌體相關(guān)基因進(jìn)行分析哦！小云就用一篇5分+的文章帶你看看具體是如何進(jìn)行分析的。

（文末還有外泌體其他生信思路，不要錯(cuò)過(guò)哦）

發(fā)表時(shí)間：2022年6月

發(fā)表雜志：Frontiers in pharmacology

影響因子：IF=5.988

文章題目：一種新的外泌體相關(guān)分子分類揭示胃癌中獨(dú)特的免疫逃逸機(jī)制和基因組改變

數(shù)據(jù)信息

研究思路

基于預(yù)后外泌體相關(guān)基因的表達(dá)譜，采用無(wú)監(jiān)督共識(shí)聚類方法對(duì)胃癌患者進(jìn)行聚類，針對(duì)兩個(gè)外泌體相關(guān)表型進(jìn)行分析，包括預(yù)后、免疫微環(huán)境和基因突變等。通過(guò)LASSO回歸分析開發(fā)了一個(gè)基于外泌體基因的signature，并進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。針對(duì)高、低評(píng)分組評(píng)估免疫特征、對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的反應(yīng)和遺傳改變。

主要研究結(jié)果

總結(jié)

看完這篇文章是不是發(fā)現(xiàn)，原來(lái)沒有外泌體的數(shù)據(jù)也能做外泌體的生信分析！可以基于外泌體相關(guān)基因進(jìn)行分析。那么以此為套路，換一種疾病進(jìn)行分析，豈不又是一篇文章？

而且?guī)缀跛械募?xì)胞都能分泌外泌體，腫瘤和非腫瘤疾病都能做哦，這樣能做的分析思路有多了一種選擇！

當(dāng)然，也可以從exobase數(shù)據(jù)庫(kù)下載外泌體測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，比如這篇文章：

還可以分析外泌體相關(guān)的lncRNA：

也可以將單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)+bulk RNA-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析外泌體相關(guān)基因：