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生信沒頭緒?不如從Nature文章找找靈感吧!新熱點“巨噬細胞吞噬”~

2022-11-17 10:28 作者:爾云間  | 我要投稿

你是否曾想過發(fā)表一篇Natrue級別的文章?

即使不能立即實現(xiàn),也可以向著這個目標努力。

比如從Natrue文章衍生出一篇生信分析思路!

想必資深粉絲都知道,小云的公司不僅具有專業(yè)的云生信團隊,還有一系列培訓(xùn)課程,教大家了解最新的科研熱點和課題設(shè)計思路。也就是說你們從生信分析角度入手了一篇文章,還可以知道如何延伸形成后續(xù)的課題。那么如果反向操作是否可行呢?當(dāng)然可以!如果生信沒思路,可以多看看CNS級別的文章,沒準靈感就來了呢!


小云今天發(fā)現(xiàn)的這個生信潛在熱點,要從兩篇Nature級別的文章說起:這兩篇文章利用CRISPR篩選了調(diào)控巨噬細胞吞噬的調(diào)節(jié)因子,也就是調(diào)控巨噬細胞吞噬腫瘤的一些關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。

那么既然有了巨噬細胞吞噬調(diào)節(jié)因子相關(guān)基因,生信分析的思路不就來了嘛,我們可以做巨噬細胞吞噬調(diào)節(jié)因子相關(guān)的生信思路呀!于是小云搜索后,發(fā)現(xiàn)了一篇最近發(fā)表的巨噬細胞吞噬調(diào)節(jié)因子相關(guān)的生信文章:?


發(fā)表時間:2022年9月

發(fā)表雜志:Oxidative medicine and cellular longevity

影響因子:IF=7.31

文章題目:膀胱癌巨噬細胞吞噬介導(dǎo)氧化磷酸化的預(yù)后特征研究


數(shù)據(jù)來源


研究思路

基于GEO和TCGA數(shù)據(jù)集,分析膀胱癌(BCa)和正常組織中巨噬細胞吞噬調(diào)節(jié)因子表達差異(DE-MPR)。采用單變量和Lasso Cox回歸分析篩選預(yù)后相關(guān)的DE-MPR。進行GO/KEGG富集分析和腫瘤免疫微環(huán)境分析。采用多變量Cox回歸分析獲得4個巨噬細胞吞噬介導(dǎo)的氧化磷酸化(MPOP)相關(guān)基因,構(gòu)建預(yù)后特征,建立預(yù)測諾姆圖。


主要研究結(jié)果

總結(jié)

怎么樣?看完了這篇文章,你是否也學(xué)會了從CNS文章找靈感,思考并形成我們自己的生信分析思路了呢?沒事多看看CNS級別的文章,沒準就靈感大爆發(fā)了呢!也可以考慮巨噬細胞吞噬調(diào)節(jié)因子這個分析思路,畢竟相關(guān)的生信文章很少。不做跟風(fēng)者,才能一直走在前面哦!如果你還苦惱于生信沒有思路,或者嫌分析方法太過簡單、太過老套,想要創(chuàng)新思路的,或者對新的熱點方向感興趣的小伙伴快來聯(lián)系小云吧。


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