我們知道在代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)鑒定后，原始數(shù)據(jù)經(jīng)軟件解析后將得到代謝離子以及二級(jí)碎片離子的譜圖信息，如：離子的質(zhì)荷比（m/z）、保留時(shí)間（Retention time）及在信號(hào)強(qiáng)度值（intensity）等，通過(guò)與數(shù)據(jù)庫(kù)中一二級(jí)代謝物的譜圖信息進(jìn)行匹配，來(lái)確定檢測(cè)到哪些代謝物。

但在譜圖匹配中一定少不了數(shù)據(jù)庫(kù)，繼上期小編分享了四連發(fā) | 新鮮出爐!同一期刊連發(fā)4篇，鹿明LC-MS非靶向代謝“大有可觀”，很多老師對(duì)于LC-MS平臺(tái)測(cè)下來(lái)的數(shù)據(jù)搜庫(kù)及分析比較感興趣，本期小鹿分享LC-MS常用的代謝物譜圖庫(kù)有METLIN、MassBank、mzCloud、HMDB、KEGG、MetaCyc、Lipidmaps、MS-Dial等；助力您代謝組學(xué)的研究??！

mzCloud數(shù)據(jù)庫(kù)

mzCloud數(shù)據(jù)庫(kù)由Thermo 公司隆重推出的云端質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)，可以直接通過(guò)二維碼掃描進(jìn)行質(zhì)譜圖的云端檢索。收集了數(shù)量龐大的高質(zhì)量精度高分辨的多級(jí)質(zhì)譜圖，同時(shí)支持高、低分辨率質(zhì)譜圖（Spectrum）和質(zhì)譜樹(shù)（Spectral Tree）的在線檢索與匹配，從而進(jìn)行未知化合物的鑒定。

目前已涉及5千多種化合物，近15萬(wàn)張圖譜，數(shù)量每天還在不斷增加，而且每張圖譜都是源于賽默飛的質(zhì)譜儀，以一系列不同碰撞能量及碎裂方式等條件打碎后采集而來(lái)，重現(xiàn)性和匹配度非常高。

mzCloud

HMDB數(shù)據(jù)庫(kù)

人類(lèi)代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)(Human Metabolome Database，HMDB)是加拿大代謝組學(xué)創(chuàng)新中心（TMIC）創(chuàng)立的人體代謝組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，是最常用的代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)之一。HMDB數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)源，可免費(fèi)訪問(wèn)下載，目前已更新至4.0版本，收錄內(nèi)容包括物質(zhì)的化學(xué)信息、臨床數(shù)據(jù)分子生物學(xué)數(shù)據(jù)等超過(guò)11萬(wàn)種代謝物的信息。諸如：DrugBank（常用藥物數(shù)據(jù)庫(kù)，包含約2280種藥物代謝物信息）、T3DB（專門(mén)的毒物數(shù)據(jù)庫(kù)，包含約3670種常見(jiàn)毒素和環(huán)境污染物代謝物信息）、SMPDB（常用的小分子代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)，包含3萬(wàn)多個(gè)人類(lèi)代謝物和疾病通路信息，通路圖片很精美）和FooDB（專門(mén)的食品研究數(shù)據(jù)庫(kù)，包含約28000種食品成分和食品添加劑代謝物信息）HFMDB（專門(mén)的糞便代謝物數(shù)據(jù)庫(kù)，包含有關(guān)人類(lèi)糞便中發(fā)現(xiàn)的許多小分子代謝物和許多濃度值的詳細(xì)信息）等數(shù)據(jù)庫(kù)都屬HMDB旗下。

HMDB

DrugBank

T3DB

SMPDB

FooDB

HFMDB

mzCloMetaCyc數(shù)據(jù)庫(kù)LUMINGBIO

與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)相同，MetaCyc也是一款通路數(shù)據(jù)庫(kù)，只包含非冗余且通過(guò)實(shí)驗(yàn)手段闡明過(guò)的代謝通路！MetaCyc 包含參與初級(jí)和次級(jí)代謝的途徑，以及相關(guān)的代謝物、反應(yīng)、酶和基因，在植物代謝組學(xué)中使用較為普遍。MetaCyc 目前包含 2937 條途徑、17,780 種反應(yīng)和 18,124 種代謝物，且在實(shí)時(shí)更新中。

MetaCyc

Lipidblast數(shù)據(jù)庫(kù)

Lipidblast數(shù)據(jù)庫(kù)由Fiehn實(shí)驗(yàn)室整理的一款開(kāi)源數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了約10萬(wàn)種代謝物的20多萬(wàn)張MS2質(zhì)譜圖，LipidBlast還包含了許多沒(méi)有被LMSD數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的細(xì)菌和植物脂質(zhì)信息。該數(shù)據(jù)庫(kù)使用計(jì)算機(jī)生成了78314個(gè)正離子模式數(shù)據(jù)和134202個(gè)負(fù)離子數(shù)據(jù)，同時(shí)也包含了多種加合離子的類(lèi)型?？勺鳛長(zhǎng)ipidmaps分析的補(bǔ)充，Lipidmaps和Lipidblast是目前最常用的脂質(zhì)組鑒定數(shù)據(jù)庫(kù)。

Lipidblast

METLIN數(shù)據(jù)庫(kù)

METLIN數(shù)據(jù)庫(kù)由美國(guó)斯克里普斯研究院（Scripps Research Institute）開(kāi)發(fā)的，包含超過(guò)96萬(wàn)種化合物，這些數(shù)據(jù)來(lái)自多個(gè)QTOF質(zhì)譜檢測(cè)平臺(tái)，包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters。METLIN現(xiàn)在擁有超過(guò)500,000種分子標(biāo)準(zhǔn)品，具有多種能量和正/負(fù)模式的MS/MS數(shù)據(jù)。

METLIN包括脂質(zhì)、類(lèi)固醇、小肽、碳水化合物、外源性藥物/代謝物、中心碳代謝物和有毒物質(zhì)等。

由于METLIN網(wǎng)站已商業(yè)化，其檢索功能在國(guó)內(nèi)無(wú)法使用。為了給科研工作者提供更全面更準(zhǔn)確的代謝物數(shù)據(jù)信息，鹿明生物購(gòu)買(mǎi)了METLIN網(wǎng)站的商業(yè)版數(shù)據(jù)庫(kù)用于LC-MS/MS非靶代謝組學(xué)的代謝物鑒定研究

METLIN

MassBank數(shù)據(jù)庫(kù)

MassBank數(shù)據(jù)庫(kù)主MassBank是一個(gè)高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在公開(kāi)分享從代謝物的化學(xué)標(biāo)準(zhǔn)品得到的質(zhì)譜圖以方便用戶進(jìn)行代謝物的鑒定，包含了代謝物的質(zhì)譜信息以及采集情況。

MassBank有三個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫(kù)：MassBank of North America (MoNa) 、the European MassBank 、the Japanese MSSJ MassBank，其中MoNa整合了更多來(lái)源的數(shù)據(jù)，因此相比其他兩個(gè)更加受到科研工作者群體的偏好。

MassBank

KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)

KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）全稱是京都基因和基因組百科全書(shū)，目前發(fā)展為一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)，含有18個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，分為三大類(lèi)(系統(tǒng)信息、基因組信息、化學(xué)信息)。其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數(shù)據(jù)庫(kù)。

KEGG

Lipidmaps數(shù)據(jù)

Lipidmaps數(shù)據(jù)庫(kù)由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH) 創(chuàng)立的脂質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，是目前權(quán)威的脂質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄超過(guò)4萬(wàn)種脂質(zhì)的結(jié)構(gòu)、譜圖和分類(lèi)信息。Lipidmaps根據(jù)脂質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，將脂質(zhì)分為8大類(lèi)，脂肪酸類(lèi)（Fatty Acyls），甘油脂類(lèi)（Glycerolipids），甘油磷脂類(lèi)（Glycerophospholipids），鞘脂類(lèi)（Sphingolipids），固醇類(lèi)（Sterol Lipids），異戊烯醇類(lèi)（Prenol Lipids），糖酯類(lèi)（Saccharolipids），多聚乙烯類(lèi)（Polyketides）。該分類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)被廣泛沿用。Lipidmaps數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)源，可免費(fèi)訪問(wèn)下載。

Lipidmaps

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標(biāo)簽：合集數(shù)據(jù)庫(kù)代謝LC-MS