自然界中發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)大小從5kDa到400kDa不等。蛋白質(zhì)水解過(guò)程將蛋白質(zhì)切成較短片段，即肽段，蛋白質(zhì)水解是肽質(zhì)譜鑒定分析之前至關(guān)重要的一步，是蛋白質(zhì)鑒定和表征、生物標(biāo)記物的發(fā)現(xiàn)成功進(jìn)行的基礎(chǔ)。盡管質(zhì)譜可以研究完整的蛋白質(zhì)，但是較小的肽更容易進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定。且可提高蛋白質(zhì)的覆蓋率，因?yàn)榈鞍踪|(zhì)覆蓋率由于溶解性和異質(zhì)性可能會(huì)降低。因此，最常見(jiàn)的蛋白質(zhì)組學(xué)方法往往會(huì)利用位點(diǎn)特異性酶切位點(diǎn)來(lái)產(chǎn)生較小的多肽片段。質(zhì)量較小的肽段更容易通過(guò)高效液相色譜（HPLC）和HPLC偶聯(lián)質(zhì)譜進(jìn)行分離和表征。

蛋白質(zhì)水解的流程

1. 制備裂解液；
   2. 溶液內(nèi)或凝膠內(nèi)進(jìn)行酶切;
   3. 使用離液劑（如尿素和胍）使蛋白質(zhì)變性；
   4. 使用DTT還原二硫鍵；
   5. 使用碘乙酸或碘乙酰胺將半胱氨酸烷基化；
   6. 去除試劑和交換緩沖液；
   7. 在適當(dāng)?shù)膒H和溫度下，用胰蛋白酶或其他蛋白酶在碳酸氫銨緩沖液中過(guò)夜變性約18小時(shí)；
   8. 加入酸類(lèi)物質(zhì)終止酶切。
   9. 蛋白質(zhì)富集/清洗。