服務(wù)器終于給開通外網(wǎng)連接功能了，先下載Conda，用來解決我最近安裝軟件的問題，之前在醫(yī)院工作時(shí)安裝的Conda，在卸載時(shí)遇見了問題，污染了我的conda環(huán)境，導(dǎo)致后來我在安裝Conda時(shí)，總是報(bào)錯(cuò)不斷，用root權(quán)限都刪不干凈，就一直沒能使用，這也是我記錄我所有操作過程的的主要目的之一，通過記錄我的安裝使用過程，有問題時(shí)也好和老師進(jìn)行復(fù)盤。為了不出現(xiàn)在醫(yī)院工作時(shí)那種災(zāi)難性的工作錯(cuò)誤，這一次安裝Conda，每一步都小小心翼翼，每一步在運(yùn)行前都是查了又查不同的學(xué)習(xí)材料，又和課題組生信大咖姬老師進(jìn)行了學(xué)習(xí)，這篇文章，可謂良心之作。

一、Conda下載及安裝

Conda的介紹太多了，簡單來說Conda 是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系。首先是官網(wǎng)下載地址：

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers

我下載的Python3.8的，最新版本安裝時(shí)容易出問題，建議不要追新。

chmod 775 Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh

sh Miniconda3-py38_4.11.0-Linux-x86_64.sh

在安裝過程中，需要按回車鍵（Enter）來閱讀并確認(rèn)同意miniconda的服務(wù)條款，該過程中還要手動(dòng)輸入“yes”，明確表示同意該條款之后，miniconda才能正式進(jìn)入安裝過程，如下圖：

Miniconda3的默認(rèn)安裝路徑是“/home/<username>/miniconda3”。這里的<username>表示用戶名，不同的Linux用戶名，安裝路徑稍有不同,我本想安裝到我目錄software目錄下，結(jié)果沒注意到這點(diǎn)，還是安到了我的用戶名下。

在安裝尾聲，程序會(huì)詢問是否通過conda來初始化miniconda3”，實(shí)際上就是將Anaconda的環(huán)境變量導(dǎo)入到PATH中，輸入“yes”。這樣一來，以后就可以直接在終端使用諸如ipython、spyder等命令了（這些好用的命令，均來自conda環(huán)境）。

最后，當(dāng)屏幕輸出“Thank you for installing Miniconda3!”字樣時(shí)，就表明Miniconda3安裝完畢了。

再次重啟終端以后，你會(huì)發(fā)現(xiàn)每次打開終端默認(rèn)都會(huì)自動(dòng)進(jìn)入到miniconda的base環(huán)境中，這樣會(huì)拖慢終端運(yùn)行的速度，而且有可能干擾到其它軟件的安裝。要退出的話，必須每次打開終端以后先執(zhí)行conda deactivate命令，麻煩。執(zhí)行以下命令，即可以解決終端每次打開都進(jìn)入conda的base環(huán)境的問題：

conda config --set auto_activate_base false?

二、Conda配置鏡像

默認(rèn)的源訪問速度有些慢，可以增加國內(nèi)的源；另外還可以增加幾個(gè)源，以便于安裝更多的軟件，尤其是bioconda安裝生信類工具。

1、先生成 ~/.condarc配置文件

conda config --setshow_channel_urls yes

2、添加清華鏡像，下面網(wǎng)址是清華官方提供的說明，進(jìn)入網(wǎng)站后，按照官網(wǎng)(下圖)編輯~/.condarc這個(gè)配置文件的內(nèi)容：

https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

3、運(yùn)行 conda clean -i清除索引緩存，保證用的是鏡像站提供的索引。

3、查看鏡像：

conda config --show channels

4、修改為清華鏡像其它鏡像相關(guān)知識(shí)

1、恢復(fù)默認(rèn)鏡像：

conda config--remove-key channels

2、增加一條鏡像：

conda config --addchannels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

三、conda安裝軟件：

?????? 1、Conda的一些小命令，如下圖：

2、創(chuàng)建獨(dú)立虛擬環(huán)境:

不能將需要用的軟件或者其他要用的東西裝在base環(huán)境中；

創(chuàng)建一些獨(dú)立的環(huán)境會(huì)比較方便我們做項(xiàng)目管理；

建議： base環(huán)境中不要安裝任何的包，保持干凈，除非你知道這個(gè)包會(huì)對(duì)原生的環(huán)境造成什么樣的影響.

盡量用conda安裝不同功能的軟件各個(gè)env，免得它污染環(huán)境變量，使用某些軟件，就激活某些env。

conda create -n genomescope2??#創(chuàng)建genomescope2小環(huán)境；

conda create -ndatabase python=3.7.3 ?#指定環(huán)境中需要帶的python的版本;

需要注意兩點(diǎn)：

=的前后不要有空格，否則命令無法被正常解析;

不輸入python版本號(hào)，虛擬環(huán)境也能新建成功，但是沒有python解釋器，不能直接使用！

查看小環(huán)境并激活，如下圖：

3、搜索哪些軟件可以用conda下載

網(wǎng)站查詢:

https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/

關(guān)鍵詞搜索:

?????? conda search XXX

4．Conda安裝GenomeScope2:?

然后安裝genoemescope2，這個(gè)時(shí)候就會(huì)安裝在小環(huán)境中：

安裝成功。

四、Conda其它命令：

1、指定安裝軟件的版本（以fastqc為例）

在不指定版本的情況下，conda默認(rèn)安裝該軟件的最新版，如果要安裝舊的版本方法：

先看看有哪些可以安裝的版本conda search fastqc

安裝指定版本的軟件

conda install fastqc=0.11.7

2、查看conda中已經(jīng)安裝的軟件

conda list???? #查看當(dāng)前環(huán)境下用conda安裝的軟件

conda list fast*?? # 查看符合正則表達(dá)式的軟件

conda list -n base??? # 查看指定環(huán)境下用conda安裝的軟件

3、刪除軟件

conda remove fastqc?? # 刪除該環(huán)境中的軟件

conda remove -n rnaseq fastqc?? # 刪除指定環(huán)境下的軟件

4、升級(jí)軟件

conda update fastqc? #升級(jí)指定的軟件

conda update conda??? #升級(jí)conda本身

補(bǔ)充：

conda可以一次安裝多個(gè)軟件包；

有時(shí)候只要軟件比如說我們的conda不影響我們的使用就不需要去管；

指定下載該軟件的舊版本就可以完成該軟件的降級(jí)。

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