堆肥實際上是廢物穩(wěn)定的一種形式，但它需要特殊的濕度、通風(fēng)條件和微生物來產(chǎn)生合適的溫度。這個溫度被認(rèn)為高于45℃，保持這個高溫可以滅活致病菌并殺死雜草種子。合理堆肥后，殘留有機(jī)質(zhì)分解率低，相對穩(wěn)定，容易被植物吸收。堆肥后可大大降低異味。

　　在堆肥過程中有許多不同種類的微生物。由于原料和條件的變化，各種微生物的數(shù)量是不斷變化的，所以在堆肥過程中沒有一種微生物是永遠(yuǎn)占主導(dǎo)地位的。

　　每個環(huán)境都有自己特定的微生物群，而微生物群的多樣性使堆肥即使在外部條件發(fā)生變化時也能避免系統(tǒng)崩潰。

　　堆肥過程主要由微生物進(jìn)行，微生物是堆肥發(fā)酵的主體。堆肥中涉及的微生物有兩種來源:一種是有機(jī)廢物中大量的微生物;另一種是人工添加微生物接種劑。

　　這些菌種在一定條件下對某些有機(jī)廢棄物具有較強(qiáng)的分解能力，具有活性強(qiáng)、繁殖快、有機(jī)質(zhì)分解快等特點，可加快堆肥反應(yīng)過程，縮短堆肥反應(yīng)時間。

　　堆肥一般分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。好氧堆肥是有機(jī)物在好氧條件下分解的過程，其代謝產(chǎn)物主要是二氧化碳、水和熱。厭氧堆肥是有機(jī)物在厭氧條件下的分解過程。厭氧分解的最終代謝產(chǎn)物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產(chǎn)物，如有機(jī)酸。

　　參與堆肥過程的主要微生物種類是細(xì)菌、真菌和放線菌。這三種微生物有中溫菌和高溫菌。

　　在堆肥過程中，隨著溫度的變化，微生物種群發(fā)生交替變化:低溫、中溫菌群變?yōu)橹懈邷鼐?，中高溫菌群變?yōu)橹械蜏鼐?。隨著堆肥時間的延長，細(xì)菌逐漸減少，放線菌逐漸增加，霉菌和酵母菌在堆肥結(jié)束時顯著減少。