常見(jiàn)Q&A

1.細(xì)胞通訊分析對(duì)細(xì)胞數(shù)的要求是什么？

答：每種細(xì)胞類型建議細(xì)胞數(shù)不少于50個(gè)，如果是細(xì)胞數(shù)過(guò)少，可能找不到我們關(guān)注的配體受體，或者是我們關(guān)注的信號(hào)通路。

2.細(xì)胞通訊分析只能分析配體受體嘛，一氧化氮這種信號(hào)有沒(méi)有細(xì)胞通訊分析？

答：細(xì)胞通訊分析只能分析配體受體，一氧化氮這種是沒(méi)有的，因?yàn)橐谎趸⒉皇怯衜RNA編碼的，因此單細(xì)胞測(cè)序檢測(cè)不到，然后配體受體也就沒(méi)法分析。

3.請(qǐng)問(wèn)單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合整合現(xiàn)在主流的是用什么軟件？

答：主流的是MIA以及spotlight或者RCTD。

4.如果想找兩個(gè)蛋白，是否存在配體受體關(guān)系能從單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)找規(guī)律嗎？

答：單細(xì)胞測(cè)序看的是mRNA的表達(dá)水平，可以依據(jù)RNA去推測(cè)配體受體的表達(dá)，如果兩個(gè)蛋白并不是配體受體，那其實(shí)也是找不到的。

5.如果做共病研究，是不是可以將兩個(gè)器官的數(shù)據(jù)結(jié)合在一起分析呢？

答：如果是把兩個(gè)器官的數(shù)據(jù)全部放在一起的話，那實(shí)際上做出來(lái)的配體受體并不一定能夠反映真實(shí)情況。所以在分組上咱們可以考慮把兩個(gè)器官分成兩組，然后分別去比較兩個(gè)器官，在配體受體或者說(shuō)細(xì)胞通訊上存在什么差異。

6.互作強(qiáng)度是所有關(guān)系的基因表達(dá)加和嗎？

答：互作強(qiáng)度在cellchat里面是指的是所有細(xì)胞之間配體受體表達(dá)概率的累加值，但是不同的分析方法所代表的意思可能不一樣。

7.很多細(xì)胞通訊方法應(yīng)該怎么選呀？

答：是取決于老師想要獲得什么樣的數(shù)據(jù)，例如cellchat里面可以做兩組之間的比較，NicheNet可以看下游靶基因的一個(gè)變化等等；如果老師沒(méi)有特定要求的話多個(gè)分析方法都是可以做的，我們可以通過(guò)使用多種方法，然后再看哪種分析方法出來(lái)的數(shù)據(jù)結(jié)果比較好。

8.細(xì)胞通訊能預(yù)測(cè)上下游關(guān)系嗎？

答：細(xì)胞通訊分析，可以做配體受體對(duì)應(yīng)的靶基因以及下游信號(hào)通路，但是像上游的轉(zhuǎn)錄因子的變化，或者說(shuō)下游的蛋白代謝物的變化，細(xì)胞通訊是沒(méi)法分析的。

9.有沒(méi)有植物領(lǐng)域做細(xì)胞通訊分析？

答：目前基于五個(gè)模式物種大量高置信度的配體受體互作對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件包已經(jīng)有文獻(xiàn)發(fā)表，公司在測(cè)試是可行的，后續(xù)流程上線之后可以與銷售或技術(shù)支持同事進(jìn)行咨詢。

10.如何確定數(shù)據(jù)庫(kù)中包含關(guān)注的受配體關(guān)系對(duì)？

答：我們可以根據(jù)分析軟件的官方網(wǎng)站去查看它的數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容，網(wǎng)站支持篩選查找，可以去查看數(shù)據(jù)庫(kù)中是否包含我們關(guān)注的受配體關(guān)系對(duì)。也可以在分析時(shí)提取并查看背景數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容。

11.做細(xì)胞通訊分析細(xì)胞類型有要求嗎？比如就2類或者3類 。

答：對(duì)于細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)推斷分析來(lái)說(shuō)，對(duì)細(xì)胞類型的多少?zèng)]有具體要求，但是在可視化時(shí)細(xì)胞類型較多可能會(huì)出現(xiàn)難以分辨的結(jié)果。就需要進(jìn)行指定受配體關(guān)系對(duì)或者細(xì)胞類型互作對(duì)來(lái)進(jìn)行可視化。

12.請(qǐng)問(wèn)如何理解通訊的weights或strength呢？

答：在cellchat分析結(jié)果中，weights和strength是用來(lái)量化細(xì)胞之間通訊強(qiáng)度，是根據(jù)細(xì)胞群在每個(gè)受配體關(guān)系對(duì)中的通訊概率進(jìn)行匯總整合后得到的結(jié)果。

13.想問(wèn)下多組比較是要怎么比較呢？是只能比較兩個(gè)分組嗎？?

答：對(duì)于cellchat軟件進(jìn)行多組比較，其實(shí)是可以不只限于兩個(gè)分組，我們可以創(chuàng)建多個(gè)cellchat對(duì)象的list集合,之后進(jìn)行mergeCellchat合并分析，通過(guò)指定我需要對(duì)比的分組去進(jìn)行可視化。

14. 細(xì)胞通訊數(shù)據(jù)庫(kù)中有雞的嗎？沒(méi)有的話用鼠類的去分析雞，能發(fā)文章嗎?？

答：目前動(dòng)物的數(shù)據(jù)庫(kù)物種大多為人和小鼠這類模式物種，雞、猴、豬等物種與人的基因同源性較高，是可以同源轉(zhuǎn)換為人的基因之后進(jìn)行細(xì)胞通訊分析的。

15.細(xì)胞數(shù)過(guò)多怎么處理?？

答：細(xì)胞數(shù)目過(guò)多時(shí)可以根據(jù)我們的需求，針對(duì)挑選某些細(xì)胞類型進(jìn)行互作分析，或者根據(jù)每類細(xì)胞群的細(xì)胞數(shù)按比例進(jìn)行降采樣處理。

以上就是我們對(duì)于各位老師問(wèn)題答疑的文字版，供大家參考，再次感謝各位老師的支持。如果還有其他問(wèn)題的話，可以聯(lián)系您的銷售提問(wèn)，我們也會(huì)給出解答。

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