一天，哥斯拉踏上了香港，肆意摧殘這一切 ，地球防衛(wèi)隊出擊，也就在這時，另一頭哥斯拉突然出現，與先出現的那一頭哥斯拉展開大戰(zhàn)。娜拉在發(fā)現了不對勁，用帝王平板偵查著，發(fā)現了先出現的那頭哥斯拉的波動時而流動與下降，明顯，是不對勁······

在哥斯拉的猛烈進攻下，那一頭哥斯拉狼狽逃離。而，芹澤博士帶領著大部隊來到了海底中廢棄的亞特蘭蒂斯，準備尋找到一件東西······此時，一個物體正在以極快的速度沖向地球。

此時，哥斯拉與克隆體哥斯拉一起在海底打斗，這回是兩者不相上下。這時，娜拉與另外一位人員一起駕駛著機甲危險流浪者協(xié)助哥斯拉大戰(zhàn)克隆體哥斯拉，直接就取得了上風。哥斯拉還將克隆體哥斯拉用力一推，直接推上了海面上，拉開距離，兩方同時使用原子光線對波，造成巨大的能源反應爆炸。

這時，娜斯駕駛能源戰(zhàn)機朝克隆體哥斯拉身上打上了太空結源，‘‘計劃完成了，不過差抽取，以完成我的最終計劃?！槿⊥戤吅?，離開了戰(zhàn)斗現場。克隆體哥斯拉也變成了太空哥斯拉，并直接抓起哥斯拉飛向了俄羅斯扔下去，展開大戰(zhàn)。太空哥斯拉利用太空結晶來攻擊哥斯拉，哥斯拉企圖破壞，卻又被纏住。

此時，外太空，那個巨大的物體進入了大氣層，此前，甚至一劃過時，幾臺衛(wèi)星瞬間毀滅。那一降落的一瞬間，打亂了哥斯拉與太空哥斯拉間的大戰(zhàn)，毀掉了俄羅斯局部面積。

廢墟中，哥斯拉與太空哥斯拉同時起身，娜拉與大部隊停下看著，這時，一團團黑霧開始不斷蔓延，遠在之外的芹澤博士、芹澤蓮以及娜斯也看到了一切，這一大團黑霧甚至沒有任何質量，如同虛無一樣。黑霧中，無數的怪鳥佐加與不知名的怪獸不斷向世界發(fā)動攻擊，黑霧還在一直蔓延。

黑霧中，一聲可怕詭異的叫聲，血紅的眼睛，觸手漫天，全部向哥斯拉與太空哥斯拉伸去，纏住它們。哥斯拉不斷亂扯，太空哥斯拉一直不斷掙脫，但哥斯拉已經有些看穿了，決定與太空哥斯拉共同迎敵······太空哥斯拉也是不計前嫌，甚至與兄弟般深情，原本是BOW的它，卻是有了感情。

兩位巨獸躲避與攻擊觸手，還有娜拉他們的支援，但在加坦杰厄的漫天觸手與黑霧的光線與腐蝕等，根本難以戰(zhàn)勝······

哥斯拉在受到了各種攻擊后，終于是，細胞與計劃一樣，哥斯拉變成了超狀態(tài)，全身釋放了巨大無比的原子光線將加坦杰厄打飛天上，遠在外的太空哥斯拉與戰(zhàn)艦的光線也全部擊中了它，加坦杰厄終于是死亡了······太空哥斯拉去到了月球······帝王航空母艦這個也成為了這艘戰(zhàn)艦的名稱，卻還被聯合國與地球防衛(wèi)隊列為武器······

此時，撒耶加總部中，娜斯展示著有著四種基因的設計圖，娜斯看著，發(fā)出了冷笑。