基因組規(guī)模代謝模型（GSMM）中流平衡分析（FBA)運(yùn)算
????因?yàn)榍捌谧吡送Χ鄰澛返?，在?gòu)建這塊，沒有變成這些基礎(chǔ)，整個(gè)安裝起來就有點(diǎn)困難，所以就分享以下我從安裝到導(dǎo)入模型的一個(gè)過程，運(yùn)算我是按照文獻(xiàn)中的例子進(jìn)行的，如果有不專業(yè)的地方，請毫不留情的告訴我。
????前言：FBA是用于基因組規(guī)模代謝模型的一種算法，能夠預(yù)測計(jì)算模擬環(huán)境下微生物的生長速率、代謝等。FBA是通過COBRAToolbox，基于MATLAB實(shí)現(xiàn)的，通過參考文獻(xiàn)方法，本文對前期準(zhǔn)備工作進(jìn)行描述。
????需要工具：MATLAB2018b；git-bash；Gurobi 9.0.3；CobraToolbox 3.0；WIN 11
????參考文獻(xiàn)：
[1] Heirendt L ,? Arreckx S ,? Pfau T , et al. Creation and analysis of biochemical constraint-based models: the COBRA Toolbox v3.0[J]. Nature Protocol, 2017, 14(3).
[2] Orth J D, Thiele I, Palsson B ?. What is flux balance analysis?[J]. Nature biotechnology, 2010, 28(3): 245-248.
????官方教程：https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/installation.html#git
????步驟流程：
????1. ?MATLAB采用的是2018b，教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/378349402
????2. 下載git-bash（這是由于Cobratoolbox是源代碼，直接下載只能夠下載當(dāng)前分支，因此需要用git進(jìn)行克隆，能夠?qū)v史信息進(jìn)行存儲(chǔ)，這樣代碼比較完整）
????下載地址：https://git-scm.com/download/win
????注意：安裝過程有選項(xiàng)分支，請按照官方教程中的選擇（圖1）
????安裝完成后，鍵盤WIN+R，輸入cmd，隨后輸入‘ git --version ’，出現(xiàn)版本號表示安裝正確（如下圖）。
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????2. 下載Cobratoolbox 3.0，下載地址：https://github.com/opencobra/cobratoolbox
????如果github打不開，解決方法：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1747187797461817499&wfr=spider&for=pc
????下載后解壓得到cobratoolbox-master文件夾（最好是把相關(guān)文件放在一個(gè)文件夾里，最好英文命名，并且以后都不改了）
????3. 選擇Cobratoolbox所在的位置，右鍵創(chuàng)建GIT-BASH HERE，隨后在命令框輸入‘ git clone --depth=1 https://github.com/opencobra/cobratoolbox.git cobratoolbox ’，回車運(yùn)行克?。ㄈ缦聢D），這個(gè)耗時(shí)會(huì)很久，但可以通過壓縮的方式進(jìn)行解決；
????解決方法：https://blog.csdn.net/jacke121/article/details/113621811?spm=1001.2101.3001.6650.2&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-2-113621811-blog-123184844.pc_relevant_landingrelevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-2-113621811-blog-123184844.pc_relevant_landingrelevant&utm_relevant_index=5
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????4. 在matlba中運(yùn)行FBA，需要Cobratoolbox和求解器（這里用的是Gurobi，還可以用cplex等，官方教程中也有說明，下載的時(shí)候注意版本要和MATLAB對應(yīng)的上，前面安裝的是2018b對應(yīng)的Gurobi版本9.0.3），這一步下載Gurobi求解器。雖然Gurobi需要收費(fèi)，但學(xué)生信息可以免費(fèi)使用1年，需要使用郵箱申請（采用的是校園郵箱）；其次gurobi需要在MATLAB中進(jìn)一步的安裝。
????下載地址：https://www.gurobi.com/
????許可申請：http://www.gurobi.cn/NewsView1.Asp?id=4
????MATLAB中安裝教程：https://mp.weixin.qq.com/s/3v4iWwZX1csT8S4QEZKVxQ
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????5. 在matlab中運(yùn)行Cobratollbox。在前期工作的基礎(chǔ)上，進(jìn)入matlab，在命令行窗口中輸入‘testAll’對所有的工具進(jìn)行測試能夠運(yùn)行（時(shí)間很長）。
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????6. 輸入“ intiCobratoolbox ”進(jìn)行工具箱載入，每次操作都需要輸入（如下圖）。
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7. 下載已有模型，地址：http://bigg.ucsd.edu/；需要是xml文件！這里用的是參考文獻(xiàn)2中，補(bǔ)充例子用到的“e_coli_core.xml”
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8. 導(dǎo)入模型，輸入“model = readCbModel('e_coli_core.xml')”，模型即導(dǎo)入。這里需要注意，matlab所運(yùn)行的文件夾與需要當(dāng)前文件夾（放有模型的文件夾）一致，否則會(huì)出現(xiàn)找不到模型地址的情況！
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PS：雙擊工作區(qū)的model可以出現(xiàn)詳細(xì)信息，mets代表代謝物，rxns代表反應(yīng)等，文獻(xiàn)2中有詳細(xì)標(biāo)注。例子中的符號和model中的有些差異，注意根據(jù)實(shí)際model中的名字進(jìn)行運(yùn)算；退出軟件后重新計(jì)算都需要輸入‘intiCobraToolbox’初始化。
????然后就可以按照文獻(xiàn)的實(shí)例學(xué)習(xí)了
