公元2034年，帝王計(jì)劃33號(hào)前哨站被“卡瑪佐茲”襲擊。金剛奮力迎敵，打敗“卡瑪佐茲”。此刻，金剛已經(jīng)完全具有挑戰(zhàn)“阿爾法級(jí)泰坦”的資格?！扒蹪刹┦俊钡膬鹤印扒蹪缮彙币矎镊俭t島回到了文明社會(huì)。但是，神與王的第二戰(zhàn)，也即將打響！

在忙完所有工作后，“芹澤博士”帶著“娜雅”回到了老家。同時(shí)，“娜雅”和“芹澤蓮”也迎來(lái)了第一次見(jiàn)面。但是，起初，雙方都看不慣對(duì)方……

“曼陀羅”的實(shí)驗(yàn)工廠內(nèi)，一個(gè)巨大的胚胎正在慢慢孵化。“曼陀羅”的首領(lǐng)—“奧衡教授”拍著（前章）神秘人的肩膀，說(shuō)：“女兒，這一次干的不錯(cuò)。有了這個(gè)新的武器，我們很快就可以讓哥斯拉，聲名狼藉。”

兩個(gè)月后，哥斯拉突然襲擊了“帝王計(jì)劃”多個(gè)前哨站，打敗了里面的泰坦。可是，每一次，等“哥斯拉”走后，還會(huì)從另外一個(gè)方向出現(xiàn)，殺一個(gè)回馬槍。面對(duì)“哥斯拉”這種反常的表現(xiàn)，“地球防衛(wèi)軍”集體聯(lián)合聲明要除掉“哥斯拉”，“哥斯拉”的身份也從“保護(hù)者”變?yōu)椤皻缯摺薄?/p>

一天，?“哥斯拉”剛剛襲擊了“帝王計(jì)劃”68（2）號(hào)前哨站，殺死了泰坦巨獸—不滅孽蜥?！暗弁跤?jì)劃”68（1）前哨站接到了警報(bào)，立刻派出“地球防衛(wèi)軍”?？墒?，當(dāng)“地球防衛(wèi)軍”抵達(dá)68（2）前哨站時(shí)，“哥斯拉”早已潛入海中，不見(jiàn)蹤影……正當(dāng)“地球防衛(wèi)軍”準(zhǔn)備收隊(duì)的時(shí)候，哥斯拉突然從另外一個(gè)方向出現(xiàn)?！暗厍蚍佬l(wèi)軍”果斷向哥斯拉集火！但是，哥斯拉卻無(wú)視“地球防衛(wèi)軍”，順著它之前的方向去。

“芹澤蓮”在骷髏島的時(shí)間里，他們團(tuán)隊(duì)利用地震儀發(fā)現(xiàn)了一條隧道，而卡瑪佐茲就是順著這條隧道來(lái)到了骷髏島。而且，這條隧道深不可測(cè)，一直向著地心深處延伸。并且，在“卡瑪佐茲”和“金剛”的身上也發(fā)現(xiàn)了“熾熱的血液”。而“熾熱的血液”只有在少部分泰坦身上含有。這就證明，在地心深處存在著一個(gè)未知的“地心世界”。

骷髏島上，金剛也感到了一絲不安，貌似有另外一種聲音在挑釁它。而且，聲音也越來(lái)越大，是“哥斯拉”來(lái)了！

哥斯拉登陸骷髏島后，一發(fā)“原子能量波”毀滅了伊維人的營(yíng)地。金剛奮力還擊，利用地形優(yōu)勢(shì)，在戰(zhàn)斗中占據(jù)上風(fēng)。但是，最后還是被“哥斯拉”重創(chuàng)。好在，“地球防衛(wèi)軍”及時(shí)趕到，打跑了“哥斯拉”，救下了“金剛”。

“地球防衛(wèi)軍“也通知“芹澤蓮”回到骷髏島，“芹澤蓮”邀請(qǐng)“芹澤博士”和“娜雅”一起去。但是，被“娜雅”拒絕，最后在“芹澤博士”的勸說(shuō)下，還是坐上飛機(jī)，前往“骷髏島”。