爾云間生信代碼│怎樣利用R"survival"package做生存分析
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1.安裝R Package: survival(藍色字體為代碼)??install.packages("survival")
2.加載library (survival)
該包可以包含以下幾個函數(shù):
Create a survival subject: Surv
Kaplan Meier Estimator: survfit
Mantel-Haenzel Test: survdiff
Cox Model: coxph
3.以包自帶數(shù)據(jù)PBC數(shù)據(jù)為例
data(pbc,package="survival")

surdays<-with (pbc, Surv(pbc$time, pbc$status==2))

Ps.+代表截尾數(shù)據(jù)
survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1)

plot(survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1))

diff<-survdiff(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)
pvalue<-1-pchisq(diff$chisq,length(diff$n)-1)
fit<-survfit(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)
plot(fit,col=c("green","red"),xlab?='Time(days)',ylab='Overall?survival'
