質(zhì)譜流式細(xì)胞術(shù)應(yīng)用文章分析——癌癥:腫瘤的早期檢測(cè)和復(fù)發(fā)預(yù)測(cè)
質(zhì)譜流式技術(shù)(Mass Cytometry)在藥物開發(fā)和生物藥物表征中的潛力巨大。質(zhì)譜流式細(xì)胞術(shù)將質(zhì)譜技術(shù)與流式細(xì)胞儀相結(jié)合,能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)單個(gè)細(xì)胞的生化成分進(jìn)行深入研究,幫助我們理解疾病機(jī)制,驗(yàn)證藥物的效果,發(fā)現(xiàn)新的藥物靶點(diǎn)以及增強(qiáng)生物制藥質(zhì)量控制。這在生物藥物表征中非常有用,它可以幫助解決以下一些問題:
單細(xì)胞層次的分子表征:傳統(tǒng)的質(zhì)譜技術(shù)通常需要大量的樣本以獲取可靠的結(jié)果,而質(zhì)譜流式技術(shù)則可以分析單個(gè)細(xì)胞的生化成分,這可以幫助我們更深入地理解細(xì)胞的生物學(xué)特性。
生物分子的定量分析:質(zhì)譜流式技術(shù)可以對(duì)細(xì)胞內(nèi)的生物分子進(jìn)行定量分析,包括蛋白質(zhì)、代謝物和其他生物分子。
細(xì)胞異質(zhì)性的研究:細(xì)胞群體中的細(xì)胞并非完全相同,它們之間的差異可能影響疾病的發(fā)展和治療的效果。質(zhì)譜流式技術(shù)可以幫助我們研究這種細(xì)胞異質(zhì)性。
百泰派克生物科技BTP采用基于Fluidigm Helios流式細(xì)胞儀(Mass Cytometry System for Single Cell Analysis)用于單細(xì)胞質(zhì)譜分析,該平臺(tái)能夠完成包括單細(xì)胞捕獲、cDNA合成、實(shí)時(shí)定量PCR分析、目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增以及質(zhì)譜流式細(xì)胞分析。
癌癥是全球范圍內(nèi)人類的主要死亡原因之一。在過去 30 年中,識(shí)別驅(qū)動(dòng)基因修飾一直是癌癥研究的核心目標(biāo),從而產(chǎn)生了癌癥基因組圖譜 (TCGA)和癌癥體細(xì)胞突變目錄 (COSMIC) 等,其中包括廣泛的大規(guī)模、系統(tǒng)測(cè)序研究,這些研究構(gòu)成了主要腫瘤類型突變異常的綜合目錄。
近年來,對(duì)于癌癥的研究開始關(guān)注腫瘤-免疫過程(圖1),尤其是腫瘤微環(huán)境(TME)中的免疫狀態(tài)。免疫細(xì)胞異質(zhì)性和各種細(xì)胞亞群的存在使TME免疫分析復(fù)雜化。此外,腫瘤團(tuán)塊內(nèi)免疫的空間分布是顯著影響免疫細(xì)胞獲得促腫瘤或抗腫瘤功能的關(guān)鍵參數(shù)??紤]基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的多組學(xué)觀點(diǎn)對(duì)于揭示TME的免疫復(fù)雜性是必要的。

腫瘤和免疫系統(tǒng)這兩個(gè)交織系統(tǒng)相互作用的內(nèi)在復(fù)雜性帶來了相當(dāng)大的挑戰(zhàn),需要全面的方法來檢測(cè)腫瘤起始和進(jìn)展期間以及治療調(diào)節(jié)后的癌癥免疫。幾種已建立的新型高通量技術(shù)能夠生成必要的數(shù)據(jù),從而為機(jī)制理解提供基礎(chǔ),并最終增加受益于癌癥免疫治療的患者數(shù)量。二代測(cè)序(NGS)技術(shù)不僅提供了可以挖掘免疫相關(guān)參數(shù)的大型數(shù)據(jù)集。但也越來越多地用于臨床環(huán)境,為癌癥治療提供信息。此外,單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)和質(zhì)譜流式技術(shù)(CyTOF)等新技術(shù)已經(jīng)成熟,并首次能夠在單細(xì)胞水平上精確表征分子過程。質(zhì)譜流式技術(shù)已經(jīng)在腫瘤的早期檢測(cè),免疫圖譜繪制等多個(gè)領(lǐng)域被應(yīng)用。
惡性腫瘤其特征是起病隱匿,導(dǎo)致診斷和治療延遲。目前臨床使用的常規(guī)血清學(xué)檢測(cè)因其敏感性低或特異性低而受到限制。因此需要拓展于腫瘤篩查,早期檢測(cè)和預(yù)測(cè)復(fù)發(fā)的新型工具。
2023年,浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院團(tuán)隊(duì)在Gut上發(fā)表了基于質(zhì)譜流式技術(shù)的外周血分析作為早期檢測(cè)實(shí)體瘤的新工具。文章對(duì)來自15個(gè)中心的2348名參與者進(jìn)行了CyTOF分析,包括1131名肝病患者,584名胰腺疾病患者和633名健康志愿者。通過外周血的CyTOF分析確定了由肝細(xì)胞癌(HCC)或胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)引起的人類外周免疫細(xì)胞亞群的改變(圖2)。

文章采用隨機(jī)森林算法分別從HCC和PDAC的訓(xùn)練組中發(fā)現(xiàn)結(jié)果特征。在肝臟組中確定了7個(gè)標(biāo)志物和16個(gè)細(xì)胞亞群,有可能將HCC與非HCC受試者區(qū)分開來)。在胰腺組中獲得了8個(gè)標(biāo)記物和11個(gè)細(xì)胞亞群用于PDAC篩選。這些細(xì)胞亞群包含單核細(xì)胞、B細(xì)胞和T細(xì)胞。然后將這些標(biāo)記和細(xì)胞亞群應(yīng)用于構(gòu)建診斷模型?;趇PBIScore的模型顯示,與其他肝良性疾病的HCC分化AUC值為0.97,PDAC與其他胰腺良性疾病的分化AUC值為0.92。
同時(shí),文章也研究了腫瘤患者中的潛在亞型。分析重要的臨床病理學(xué)參數(shù),如腫瘤標(biāo)志物、腫瘤分化程度和疾病分期。我們對(duì)基于PBIScore的模型中包含的細(xì)胞亞群進(jìn)行了重新聚類,并比較了它們?cè)谶@些臨床病理學(xué)參數(shù)中的比例。確定了原發(fā)腫瘤和外周免疫狀態(tài)之間免疫細(xì)胞亞群的相關(guān)性,并定義了可能對(duì)外周免疫失衡有重要影響的一些細(xì)胞亞群(圖3)。

除了腫瘤早期檢測(cè),質(zhì)譜流式技術(shù)也可以用于預(yù)測(cè)腫瘤的復(fù)發(fā)。2022年,浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一人民醫(yī)院團(tuán)隊(duì)發(fā)表了基于質(zhì)譜細(xì)胞術(shù)的不同免疫譜預(yù)測(cè)肝移植患者腫瘤復(fù)發(fā)的研究結(jié)果。質(zhì)譜流式技術(shù)用于揭示肝移植(LT)后外周免疫系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)變化。在49個(gè)時(shí)間點(diǎn)從12名肝移植接受者那里收集了5份血液樣本:手術(shù)前(BS),肝移植后3天(D-3),肝移植后1周(W-1),肝移植后2周(W-2)和肝移植后3周(W-3)。從收集的樣品中提取含有超過3萬個(gè)CD45細(xì)胞的PBMC,并使用具有42個(gè)標(biāo)記物的定制設(shè)計(jì)的抗體組合進(jìn)行CyTOF分析(圖4)。

CyTOF分析顯示,在LT后3周,活化的免疫細(xì)胞群增加,而具有抑制功能的免疫細(xì)胞(髓源性抑制細(xì)胞)的比例減少。肝細(xì)胞癌LT患者的LT后免疫組成與肝細(xì)胞癌以外病因的LT患者有很大不同。此外,在LT后3周,與未復(fù)發(fā)的患者相比,肝細(xì)胞復(fù)發(fā)患者的兩個(gè)T細(xì)胞亞群:CD57 HLA-DR CD8和CD28γδ。CD57 HLA-DR CD8 T細(xì)胞表現(xiàn)出高水平的穿孔素、顆粒酶B和Ki-67,并顯示出高度細(xì)胞毒性和增殖性表型,而CD28γδ T細(xì)胞的IFN-γ水平降低,因此與CD28細(xì)胞相比,激活程度較低(圖5)。

基于這些發(fā)現(xiàn),文章得出結(jié)論通過CyTOF分析LT受體的PBMC可以預(yù)測(cè)LT后HCC復(fù)發(fā)。獨(dú)特的免疫特征可在 LT后3周對(duì)有肝細(xì)胞癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的患者進(jìn)行分層,這將有助于臨床醫(yī)生制定進(jìn)一步的管理計(jì)劃并改善患者的預(yù)后。
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