最全最細致的circRNA數(shù)據(jù)庫使用指南,學完秒變circRNA研究達人
CircRNA紅透天際,引得一眾科學家競相追逐。然而眼下cirRNA研究的一個巨大挑戰(zhàn)就是,可參考信息不多,數(shù)據(jù)庫建設相比其他非編碼(miRNA,lncRNA)相對稚嫩。
而數(shù)據(jù)庫使用教程更是稀少,質(zhì)量參差不齊,細致清晰可重復簡直就是奢望,學習成本很高。
解螺旋的單元課一直秉承“喂到嘴邊”的傻瓜教程理念,精心挑選cirRNA研究7大數(shù)據(jù)庫,從基礎研究到臨床樣本,涉及腫瘤和非腫瘤疾病數(shù)據(jù),全方位武裝頭腦,讓你對circRNA了如指掌!
circRNADisease數(shù)據(jù)庫
表達有差異是功能意義的前提,如何挑選出文章主變量是研究的第一步。說到如何挑選主變量,怎能跳過circRNADisease?
circRNADisease數(shù)據(jù)庫基于800多篇報道circRNA與疾病相關的文獻,收集了330個circRNA與48種疾病之間的354對相互聯(lián)系,其中腫瘤相關疾病占54%,心血管和腦血管相關疾病占27%。


circBase數(shù)據(jù)庫
尋找到研究主變量后,查詢其詳細信息,在不同物種中的表達情況,是circRNA研究必需環(huán)節(jié),此時circBase就派上用場了。它收集和整合基于測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)的circRNA,目前包含人類、小鼠、秀麗線蟲、黑腹果蠅、矛尾魚和腔棘魚等物種的circRNA信息,是circRNA研究比較基礎和老牌的數(shù)據(jù)庫。

CircInteractome數(shù)據(jù)庫
CircRNA因其環(huán)狀的特殊性,使其在引物設計,機制的探索研究中比其他的非編碼RNA都難度更高。
CircRNA目前報道的機制多為ceRNA和cicRNA與蛋白結合。circinteractome數(shù)據(jù)庫是circRNA機制研究集大成者,它整合了109個RNA-bindingproteins(RBPs)數(shù)據(jù)集并預測了circRNA與RBP結合的位點,此外該數(shù)據(jù)庫還整合了TargetScan數(shù)據(jù)庫信息。
它的主要優(yōu)勢在于預測circRNA與RBP或miRNA的結合情況,設計DivergentPCR引物,設計circRNA特異性的siRNA。


Tissue-Specific CircRNA Database(TSCD)數(shù)據(jù)庫
TSCD是檢索人和小鼠中組織特異性的circRNA信息的數(shù)據(jù)庫,包括成人和胚胎的不同組織。
它基于ENCODE數(shù)據(jù)庫和NCBIGEO數(shù)據(jù)庫的RNA-seq數(shù)據(jù),收集了成年人類16個組織,人類胚胎15個組織,小鼠9個組織中特異性表達的circRNA。


MiOncoCirc數(shù)據(jù)庫
MiOncoCirc數(shù)據(jù)庫是首個以臨床腫瘤樣本為基礎的circRNA數(shù)據(jù)庫,包含了2000多個臨床腫瘤樣本中的circRNA表達信息,收集了豐富的原位癌、轉移癌及一些罕見癌癥類型的circRNA表達數(shù)據(jù)。
由于其中的circRNA數(shù)據(jù)來源于臨床腫瘤樣本,因此能夠更好地表征與癌癥相關的真實的circRNA特征。

Cancer-Specific CircRNA Database(CSCD)數(shù)據(jù)庫
CSCD也是一個腫瘤特異的circRNA數(shù)據(jù)庫,由87個腫瘤細胞系中獲得的228個RNA-seq數(shù)據(jù)整合而成,并整合了4種常用的circRNA分析算法的結果,目前包含272152個腫瘤特異性表達的circRNA信息。
該數(shù)據(jù)庫主要優(yōu)勢在于circRNA數(shù)據(jù)量更加豐富,可根據(jù)腫瘤細胞系,基因名或亞細胞定位定向檢索circRNA。也可獲取檢索到的與circRNA結合的miRNA,RBP及ORF(開放閱讀框)等相關信息

exoRBase數(shù)據(jù)庫
exoRBase數(shù)據(jù)庫基于外周血中外泌體的RNA-seq數(shù)據(jù)庫和已報道的相關文獻資料中的數(shù)據(jù),收集了包括circRNA,lncRNA和mRNA的表達數(shù)據(jù),包括正常個體和多種疾病患者的RNA-seq數(shù)據(jù)。它可以檢索多種疾病中分析人血液外泌體中某種circRNA,lncRNA或mRNA的表達水平,并獲得可視化圖形。

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