溴化乙錠簡介：
? ? ? ?溴化乙錠(1239-45-8,Ethidium bromide,EB)簡稱EB,是用于凝膠中DNA和RNA檢測的最常用染料。溴化乙錠是一種DNA嵌入劑，可將自身插入雙螺旋的堿基對之間。溴化乙錠在300和360nm處具有最大的UV吸收，在590nm處具有最大的發(fā)射紅橙信號。溴化乙錠（EB）也是一種嵌入藥物，已顯示可阻止雌激素受體（R）與DNA的體外相互作用。
? ? ? ?溴化乙錠是一種敏感、易染色的 DNA。它產(chǎn)生低背景和 1-5 ng/band 的檢測限。溴化乙錠的主要缺點是它是一種有效的誘變劑。解決方案必須極其謹(jǐn)慎地處理，并在處置前進行凈化。盡管如此，溴化乙錠染色的敏感性、簡單性（如果需要，染料可以在凝膠中與 DNA 一起運行，消除了單獨的染色/脫色過程）和非破壞性特性，使其成為雙鏈 DNA 的標(biāo)準(zhǔn)染色劑。
? ? ? 重要的是要注意，天然 DNA 的雙鏈結(jié)構(gòu)強烈增強了乙錠染色。變性、ssDNA 或 RNA 的染色相對不敏感，需要大約 10 倍的核酸才能進行等效檢測。另一個限制是乙錠的熒光被聚丙烯酰胺淬滅，在 PAGE 凝膠中靈敏度降低了 10-20 倍。

使用溴化乙錠檢測 DNA/RNA
注意：溴化乙錠是一種強誘變劑，只能使用手套和適當(dāng)?shù)念A(yù)防措施進行處理。
方法 I - 在凝膠和緩沖液中加入溴化乙錠
※ 凝膠制備
-- 根據(jù)制備瓊脂糖凝膠的標(biāo)準(zhǔn)方案將瓊脂糖溶解在緩沖液中。
-- 讓凝膠冷卻至 60-70°C。
-- 添加 EtBr 至 0.5 μg/ml 最終濃度。 （原液一般為 10 mg/ml，需要 5μl 原液/100ml 凝膠）。
-- 倒入凝膠并照常放置。
※ 緩沖液準(zhǔn)備
-- 準(zhǔn)備足夠的緩沖液（TBE 或 TAE）來填充設(shè)備。
-- 添加 5μl/100ml EtBr 原液。
※ 運行凝膠
運行完成后，將凝膠置于 UV 燈箱上的保鮮膜中。在微弱的橙色背景上，條帶將顯示為亮橙色。
這種方法將檢測大約 5ng 的 DNA。可能需要在水中或 1 mM MgSO4 中脫色以達到完全靈敏度。
作為替代方案，乙錠可以包含在凝膠中，但不包含在緩沖液中。乙錠帶正電荷，會從 DNA 向相反的方向遷移。通常，即使在 DNA 凝膠的陰極端，仍有足夠的乙錠與 DNA 結(jié)合。這種凝膠將具有高背景區(qū)域，其中乙錠尚未遷移出凝膠。然而，它們足以滿足多種用途，并且不會產(chǎn)生那么多的乙錠廢物（您的安全辦公室會知道什么水平的乙錠會導(dǎo)致緩沖液被宣布為危險品）。

二、方法 II - 運行后染色
※ 在水或緩沖液中準(zhǔn)備足夠的 0.5μg/ml EtBr 以完全浸沒凝膠。該溶液在室溫下避光保存 1-2 個月。
※ 運行后將凝膠浸入染色溶液中 15-30 分鐘（取決于凝膠厚度）。
※ 將凝膠放在 UV 燈箱上的保鮮膜上，并在 300nm 照明下觀察。條帶將在淡橙色背景上顯示為亮橙色。
【注意事項】：
※ 該方法最大限度地減少了每次凝膠運行產(chǎn)生的溴化乙錠廢物量。
※ 靈敏度與方法 I 相同，可能需要在水中或 1mM MgSO4 中脫色以達到最佳靈敏度。
※ 在這種方法中，隨著染料擴散到基質(zhì)中，從凝膠的頂部和底部可以看到條帶。通過浸泡凝膠直到條帶的頂部和底部出現(xiàn)，然后將凝膠從染色溶液中取出 15-30 分鐘，通?？梢栽诓幻撋那闆r下獲得高對比度結(jié)果。在此期間，染色劑將繼續(xù)擴散到凝膠中，以犧牲游離染料為代價與 DNA 結(jié)合。結(jié)果是沒有脫色的較低背景。
※ 始終在乙錠染色凝膠下使用保鮮膜，以避免陽光照射損壞透照器表面。