1898年，在慈禧默許下，光緒帝任用康有為、梁?jiǎn)⒊韧菩凶兎?，擬仿照西方制度，因守舊派反對(duì)，變法操之過急，光緒帝急于變法的成功，采納康有為、梁?jiǎn)⒊庖?，跳過慈禧任命袁世凱，并要求袁世凱派新軍圍頤和園，被慈禧得知，發(fā)動(dòng)戊戌政變囚禁光緒帝，并打算廢光緒帝另立新帝；列強(qiáng)多支持光緒帝，而日本、英國甚至協(xié)助康、梁等人逃離中國，他們?cè)谌毡咎油鰰r(shí)仍在繼續(xù)進(jìn)行反慈禧活動(dòng)。事后，慈禧軟禁光緒帝于中南海瀛臺(tái)。當(dāng)時(shí)，慈禧太后一改過去對(duì)洋務(wù)運(yùn)動(dòng)與戊戌變法的開放態(tài)度，信任閉塞愚昧的守舊大臣，竟聽信毓賢之言，相信團(tuán)民能“神靈附體”、“刀槍不入”、“槍炮不傷”，欲借助義和團(tuán)之力排外；她派軍機(jī)大臣剛毅往涿州視察，剛毅回奏稱：“天降義和團(tuán)，以滅洋人”。在部分朝廷親貴支持下，義和團(tuán)開始以“扶清滅洋”為口號(hào)，大舉進(jìn)京勤王，到處殺害外國人及中國的基督徒，燒教堂、拆電線、毀鐵路，搗毀一切外國來的東西，對(duì)任何使用“洋物”的中國人都冠以“二鬼子”的稱呼，抓住就殺。各國公使要求清廷取締義和團(tuán)的反西方殖民者的行為，但未獲回應(yīng)。1900年5月31日，北京東交民巷外國使館要求加強(qiáng)保護(hù)。清廷要求使館人員離京暫避，各使館聞之均感不耐，不但不允反而要求直接在北京駐軍，清廷最終同意英、俄、法、美、意、日六國從天津派水兵及海軍陸戰(zhàn)隊(duì)349人登岸，乘火車于當(dāng)晚抵北京控制治安。6月3日，德、奧又派兵83人抵京。北京東交民巷各使館筑起防御工事，由英國全權(quán)公使竇納樂負(fù)責(zé)指揮抵抗。使館區(qū)內(nèi)被圍者約3000人，當(dāng)中2000人為尋求保護(hù)之華人，外國男性400人，女性147人，兒童76人。保護(hù)使館的包括409名外國水兵及陸戰(zhàn)隊(duì)員，配備三支機(jī)關(guān)槍及四門小火炮。使館內(nèi)有足夠水井及糧食。6月10日，北京使館對(duì)外通訊斷絕。各國駐天津領(lǐng)事及海軍將領(lǐng)召開會(huì)議后，決定組成2000人聯(lián)軍趕往搶救，未經(jīng)清廷允許，由英國皇家海軍中將西摩爾于次日乘火車前往北京。此事釀成開戰(zhàn)的導(dǎo)火線。6月11日，日本駐清使館書記杉山彬被剛調(diào)入京的清兵甘軍所殺。6月11日，西摩爾率領(lǐng)之聯(lián)軍二千馀人，從大沽出發(fā)，經(jīng)天津向北京推進(jìn)。團(tuán)民拆毀天津到北京的鐵路，又設(shè)下埋伏，在廊坊和楊村之間包圍擅闖的聯(lián)軍。數(shù)千團(tuán)民及二千名清軍（聶士成指揮之武衛(wèi)前軍）在廊坊襲擊聯(lián)軍，西方聯(lián)軍死傷近四百人，只得就地防守。清廷將此役稱為“廊坊大捷”。6月12日，義和團(tuán)拳民400人攻進(jìn)天津租界紫竹林。6月14日，德國駐華公使克林德率士兵攻擊圍聚在使館周圍的義和團(tuán)拳民，下令見義和團(tuán)民殺無赦，打死約30個(gè)中國人。6月15日，慈禧以光緒帝名義下旨，令在任兩廣總督李鴻章，以及山東巡撫袁世凱速入京；兩人均未赴召。6月16日，天津租界之對(duì)外電報(bào)中斷。各國海軍將領(lǐng)會(huì)議，決定占領(lǐng)大沽口炮臺(tái)。同日，慈禧召開御前會(huì)議后，發(fā)出解散拳民的上諭。6月17日，大沽炮臺(tái)陷落。據(jù)惲毓鼎記載，此時(shí)慈禧太后收到一則洋人照會(huì)，內(nèi)容包括要求她歸政光緒帝（此事真?zhèn)未嬉桑?；于是太后態(tài)度一百八十度轉(zhuǎn)變，命載勛任步軍統(tǒng)領(lǐng)九門提督，會(huì)剛毅、載漪、載濂、載瀾等親貴統(tǒng)領(lǐng)義和團(tuán)。6月20日，德使克林德代表各國前往總理衙門要求保護(hù)，途中被清軍神機(jī)營章京恩海伏擊殺死。6月21日，慈禧太后以光緒帝的名義公布《宣戰(zhàn)詔書》，號(hào)召全國軍民抵抗英國、美利堅(jiān)、法蘭西、德意志、義大利、日本、俄國、奧匈帝國、西班牙、比利時(shí)、荷蘭等十一國；同時(shí)，還懸賞捕殺洋人：“殺一洋人賞五十兩、洋婦四十兩、洋孩三十兩”。義和團(tuán)及官軍（主要為榮祿手下之甘軍）開始圍攻使館區(qū)。6月23日，聯(lián)軍自大沽登陸，解西摩爾之圍。6月25日，清廷當(dāng)權(quán)派載漪、載勛、載濂、載瀅等率拳民六十多人奔瀛臺(tái)欲弒光緒帝，為慈禧太后所阻而未果。慈禧太后諭榮祿停攻使館，并送蔬果食物等往使館慰問。6月27日，300多名威海衛(wèi)華勇營代表英軍對(duì)華作戰(zhàn)，攻占了北洋軍的軍火庫，并在7月9日攻占了海關(guān)署的軍火庫；7月13、14二日與聯(lián)軍會(huì)合占領(lǐng)了天津城，隨后又直撲北京，隨聯(lián)軍參加了解救公使館區(qū)的一系列戰(zhàn)斗。6月28日，清軍復(fù)攻使館。7月9日，聶士成于天津城南戰(zhàn)死。14日，聯(lián)軍占領(lǐng)天津；直隸總督裕祿兵敗自殺。7月14日，天津城失守，八國聯(lián)軍占領(lǐng)天津后成立天津地區(qū)臨時(shí)軍政府，管理天津。由此，天津經(jīng)歷了長(zhǎng)達(dá)兩年的外國軍隊(duì)占領(lǐng)時(shí)期（直到1902年8月15日，清政府代表袁世凱接管天津政權(quán)為止）。7月16日，俄軍于黑龍江海蘭泡越境，悉數(shù)屠殺清民六千多人，史稱海蘭泡慘案。7月26日，慈禧太后以李秉衡掌京郊武衛(wèi)軍，防守京畿。7月28日，主和的大臣許景澄及袁昶被處死。8月2日，聯(lián)軍集兵二萬自天津沿運(yùn)河兩岸進(jìn)發(fā)；4日進(jìn)逼北京，盡管當(dāng)時(shí)京津之間的清軍及拳民合計(jì)有15萬之多，但聯(lián)軍沿途并未遭遇強(qiáng)力抵抗。不過時(shí)值仲夏，氣候炎熱潮濕，加上沿途濃密的玉米田地形成天然屏障，為聯(lián)軍進(jìn)軍增添了困難。8月11日，清廷處死主和的大臣聯(lián)元、立山及徐用儀。李秉衡兵敗退于通州自殺。8月14日凌晨，聯(lián)軍英、美、法、俄、日五國來到北京城外，發(fā)起總攻擊——俄軍攻東直門，日軍攻朝陽門，美軍攻東便門。俄軍與日軍面對(duì)的城墻較高，且遭遇的抵抗較強(qiáng)，各自陣亡了約100人；而美軍進(jìn)攻的東便門城墻較低，且離清軍火力較遠(yuǎn)。上午11時(shí)，美軍使用云梯，讓第九步兵隊(duì)帶著星條旗爬上城墻，成為最先攻入外城的部隊(duì)；美軍雖入外城，但被清軍的炮火壓制，難以繼續(xù)前進(jìn)。英軍中午始達(dá)北京，攻廣渠門，至下午2時(shí)許攻入。晚上9時(shí)，俄、日軍分由東直、朝陽二門突入。15日，聯(lián)軍逐步攻占北京各城門，與清軍在城內(nèi)展開巷戰(zhàn)；至當(dāng)晚，聯(lián)軍已基本占領(lǐng)全城。慈禧太后、光緒帝和親貴大臣倉皇離京，珍妃遭投井溺斃。慈禧太后等人先逃至懷來縣，又輾轉(zhuǎn)逃亡至大同、太原，最后來到西安；在西安，太后以皇帝名義下詔罪己，召慶親王奕劻和兩廣總督李鴻章與聯(lián)軍議和。并于翌年簽訂《辛丑條約》，得以返回北京。8月17日，八國聯(lián)軍的代表見面，認(rèn)為聯(lián)軍應(yīng)該繼續(xù)戰(zhàn)斗直到把北京乃至全國的反抗力量粉碎。8月28日，八國聯(lián)軍行軍穿越紫禁城，象征性地展示聯(lián)軍完全占領(lǐng)北京，清廷對(duì)此提出抗議，聯(lián)軍承諾不會(huì)占領(lǐng)紫禁城，但如果行軍穿越遭到抵抗的話，可能會(huì)摧毀紫禁城，后清廷屈服開門。9月，德國陸軍元帥阿爾弗雷德·馮·瓦德西被推為聯(lián)軍總司令來清。德軍在北京陷落之后兩個(gè)月才到達(dá)中國。德皇威廉二世7月2日發(fā)布的命令：“你們知道，你們?cè)诿鎸?duì)一個(gè)狡猾的、勇敢的、武備良好的和殘忍的敵人。假如你們遇到他，記住：不要同情他，不要接收戰(zhàn)俘。你們要勇敢地作戰(zhàn)，讓中國人在一千年后還不敢窺視德國人?！蓖赖倪@段講話是對(duì)5世紀(jì)匈人入侵歐洲的回憶。后來這段話也在第一次世界大戰(zhàn)中被英國人借用來貶損他們的德國敵人。此后聯(lián)軍陸續(xù)增兵至十萬，由京津出兵，分攻山海關(guān)、保定、正定等地，甚至進(jìn)入山西境內(nèi)。同時(shí)，俄國單獨(dú)調(diào)集步兵、騎兵十七萬，分六路進(jìn)占南滿洲。八國聯(lián)軍之行動(dòng)，以清政府與十一個(gè)國簽訂《辛丑條約》告結(jié)；條約正文及附件十九項(xiàng)，于1901年9月7日正式簽署，規(guī)定清政府賠款白銀四億五千萬兩（以當(dāng)時(shí)中國人口每人一兩計(jì)），年利息4厘，分三十九年付清，本利合計(jì)共九億八千二百多萬兩，以中國關(guān)稅和鹽稅作擔(dān)保，此即“庚子賠款”；此外，清廷承諾毀棄大沽口炮臺(tái)，允許列強(qiáng)在北京、天津、山海關(guān)等地駐軍，造成京師門戶洞開，亦是1937年盧溝橋事變，日軍出現(xiàn)在平津一帶的原因。和約締結(jié)后，八國聯(lián)軍除留一部常駐京津、津榆兩線外，其馀撤退，但因不包括俄國獨(dú)自出兵的部分，造成1904年日俄戰(zhàn)爭(zhēng)爭(zhēng)奪滿洲。戰(zhàn)后由于這筆巨款償還困難，西方各國幾經(jīng)考慮中國經(jīng)濟(jì)衰落以及人口極度貧困等因素，陸續(xù)退還庚子賠款用于西方列強(qiáng)在中國的投資。這個(gè)做法由美國總統(tǒng)老羅斯福開始，美國獲賠款2444萬；它將尚未支付的1078萬從1909年1月起退還中國，用于教育層面，例如成立清華大學(xué)。其它各國（日本、俄國除外）紛紛效仿美國，退還賠款并用于西方列強(qiáng)加強(qiáng)在中國的存在的其他用途。華北大亂之際，東南各省督撫自行宣布中立；從此清中央政府權(quán)威低落，漢族有力疆臣抬頭。慈禧太后發(fā)動(dòng)第三波政治變革清末新政（1901-1908）：建立36個(gè)師團(tuán)新軍，新設(shè)商部（商工業(yè)?。?jiǎng)勵(lì)實(shí)業(yè)；設(shè)置學(xué)部（教育部），改革教育，公布學(xué)制與設(shè)立學(xué)校，派遣留學(xué)生到日本，廢止科舉考試，1906年答應(yīng)模仿日本實(shí)施憲政，1908年宣布模仿日本明治憲法的大綱，并在各省成立諮議局（地方議會(huì)）建立以日本為范本的主權(quán)國家。俄國除了與隨聯(lián)軍進(jìn)攻北京外，更另外從南北兩路派二十馀萬人進(jìn)占滿洲。北路俄軍8月攻占黑龍江將軍駐地齊齊哈爾，至9月占領(lǐng)吉林烏拉駐地吉林；南路8月占據(jù)營口，10月占領(lǐng)盛京，10月6日兩軍會(huì)師，占據(jù)了南滿全境。1902年，英國為防范俄國南下，圖以日本作為牽制，乃與日本締結(jié)英日同盟。日俄兩國圍繞著朝鮮王朝歸屬及南滿洲利權(quán)等問題角力，終于引爆1904-1905年間的日俄戰(zhàn)爭(zhēng)。