03-4 再次質(zhì)量評估

fastqc, multiqc

最后得到clean Data，用于后續(xù)分析，如SNV calling

對germline變異，現(xiàn)在最常用的是GATK的best practice流程。如果是癌癥樣本，GATK有對應(yīng)的流程，也有其他的軟件，如Varscan等，不在本文討論范圍內(nèi)。

04 SNV calling