2022年1月，美國加州大學(xué)河濱分校賈震宇教授課題組已畢業(yè)博士生李瑞東博士在國際著名期刊Nucleic Acids Research發(fā)表腫瘤miRNA組學(xué)數(shù)據(jù)庫CancerMIRNome（http://bioinfo.jialab-ucr.org/CancerMIRNome/）。CancerMIRNome是一個綜合數(shù)據(jù)庫，其中包含來自癌癥基因組圖譜 (TCGA)的33種癌癥類型的人類miRNome譜，以及來自NCBI基因表達(dá)綜合 (GEO) 和ArrayExpress的40個公共癌癥循環(huán)miRNome圖數(shù)據(jù)集。

數(shù)據(jù)庫介紹：

CancerMIRNome中包含了一系列生物信息學(xué)工具和功能，可以對多種癌癥類型的感興趣的miRNA進(jìn)行泛癌分析，并對癌癥miRNome譜進(jìn)行綜合分析。支持許多高級可視化方法。此外，存儲在CancerMIRNome 中的所有已處理數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)分析的輸出（包括表格和高分辨率圖形）以及用于生成圖形的數(shù)據(jù)都可以從CancerMIRNome數(shù)據(jù)庫中輕松下載。CacnerMIRNome 的 Web 界面使用起來非常直觀，并為用戶提供了分步教程。

數(shù)據(jù)庫使用方法：

我們在該數(shù)據(jù)庫查詢感興趣的 miRNA 時，默認(rèn)自動生成泛癌分析結(jié)果，包括基于 TCGA 項目差異表達(dá) (DE) 分析、ROC分析、生存分析、miRNA-靶標(biāo)相關(guān)性分析和功能富集，以及公共循環(huán)miRNA數(shù)據(jù)集中循環(huán)miRNA表達(dá)譜的分析。

方法一：單個miRNA分析

用戶可以通過在“Query—Search a miRNA”字段中輸入 miRNA 登錄號、最新miRBase 版本的 miRNA ID 或以前的 miRNA ID并從下拉列表中選擇此miRNA來查詢感興趣的miRNA，可以對選定的感興趣的 miRNA執(zhí)行一套高級分析。

單個 miRNA 分析模塊包括：

(1)???? TCGA中的泛癌差異表達(dá)(DE)分析、ROC分析和Kaplan Meier(KM)生存分析；

(2)???? 選定TCGA項目的DE分析、ROC分析、KM生存分析；

(3)???? miRNA-靶點相關(guān)性分析；

(4)? ? ?miRNA靶點的功能富集分析；

(5)? ? ?循環(huán)miRNA表達(dá)分析

方法二：TCGA miRNome分析

CancerMIRNome可以為 33 個 TCGA癌癥項目中的每一個癌種中執(zhí)行癌癥 MiRNome 的全面數(shù)據(jù)集級分析。

TCGA miRNome分析模塊包括：

(1) 高表達(dá)miRNA的鑒定

(2) 兩個用戶自定義子組之間的DE分析

(3) 腫瘤與正常樣本的ROC分析

(4) 診斷性miRNA標(biāo)志物的選擇

(5) 主成分分析

(6) 預(yù)后miRNA生物標(biāo)志物的鑒定和預(yù)后模型的構(gòu)建

TCGA miRNome 分析結(jié)果示例：

寫在文末：

如果您近期正在研究miRNA方向，強(qiáng)烈建議大家可以動手學(xué)習(xí)該數(shù)據(jù)庫的用法

如果您對腫瘤生信分析其他領(lǐng)域也感興趣，但又不知道如何來入手生信分析，可以關(guān)注我們宮主好：eryunjian2014，我們一直在推出相關(guān)實用技巧，歡迎查看！