酵母雜交Tips6 順式作用元件怎么看?水稻擬南芥轉(zhuǎn)錄因子文庫篩選
想通過酵母單雜交篩選上游調(diào)控因子,該如何選擇單雜交誘餌序列呢?選了啟動子后,但是啟動子上元件很多,如何查詢元件功能,選擇關(guān)鍵motif?
01
酵母單雜交誘餌選擇方法(Y1HGold-pAbAi系統(tǒng))
1. 啟動子片段形式:選擇感興趣元件比較集中的區(qū)域(建議200-300bp左右);
2. motif形式:選擇感興趣motif進行串聯(lián)。
注意事項:插入序列中不要同時含有BstbI/BbsI
02
常用的啟動子預(yù)測軟件
(Plantcare順式作用元件預(yù)測結(jié)果示例)
(NEW PLACE順式作用元件預(yù)測結(jié)果示例)
溫馨提示:由于不同建庫材料基因表達的時空特異性差異,以及轉(zhuǎn)錄因子在總轉(zhuǎn)錄水平中的占比較低(約3-5%),推薦所研究的誘餌與建庫取材的表達譜相匹配,更有助于通過單雜交技術(shù)篩選上游調(diào)控因子。
水稻/擬南芥轉(zhuǎn)錄因子家族文庫篩選
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