? ? ? ?數(shù)十年前，內(nèi)府進(jìn)攻葦名。護(hù)國戰(zhàn)爭開始，仙峰寺提供糖果增強(qiáng)葦名士兵戰(zhàn)力，鐵炮要塞負(fù)責(zé)炮3火支援，然而葦名終究還是不敵內(nèi)府。許多忠于葦名的武士在地牢被內(nèi)府處死，葦名嫡系葦名一心逃亡。仙峰寺破壞與外界的橋梁，只留下修煉道可以上山，以預(yù)防內(nèi)府的強(qiáng)攻。鐵炮要塞則因?yàn)榈貏蓦U(xiǎn)要，加之蛇眼一族的視力遠(yuǎn)超常人，成功阻止了內(nèi)府軍的進(jìn)軍腳步。也因?yàn)樯哐垡蛔逶诖藨?zhàn)中立功卓越，蛇眼一族逐漸取代葦名土著，成為了鐵炮要塞的實(shí)際掌權(quán)人。葦名底部則是因?yàn)槊造F，徹底阻止了內(nèi)府的進(jìn)一步進(jìn)攻。內(nèi)府出于戰(zhàn)爭需要，多方考慮之后，并沒有進(jìn)一步增兵葦名，只統(tǒng)治了葦名主城區(qū)，并下令取消原有習(xí)俗。葦名一心一邊修煉劍術(shù)提升自己，一邊不斷整合部隊(duì)，準(zhǔn)備反攻。

? ? ? ?在約二十年前，葦名一心收服葦名山賊，并聯(lián)合鐵炮要塞等，向內(nèi)府舉起反旗。以葦名一心擊敗內(nèi)府大將田村為標(biāo)志，葦名眾的盜國戰(zhàn)爭取得勝利，并開始了源水祭祀。不久，上代神子丈和仆從巴自仙鄉(xiāng)而下來訪葦名。龍胤仆從的不死性，讓盜國眾大為驚嘆，預(yù)感到有這種能力，葦名必將固若金湯。但出于道義，盜國眾并未直接研究龍胤和龍胤仆從。名醫(yī)道玄開始研究變?nèi)羲斆恍牡葹槠湓O(shè)立了地牢，專門送一些犯禁或者外地人進(jìn)去做實(shí)驗(yàn)。（變?nèi)羲妄堌仿兜味计鹪从邶堌罚颀埖难蹨I聚而不散?；诖擞袀€(gè)比較邪道的推論，變?nèi)羲疄辇堌废瘹埩粢后w（niao）的提取物，而龍胤露滴則為龍胤的汗液。）被實(shí)驗(yàn)者雖然同樣難以死去，變得力大無窮，但是無一不陷入了瘋狂?？v使險(xiǎn)些墮入修羅，佛雕師為了小女孩有個(gè)好待遇，再次自告奮勇帶隊(duì)處理這些不死人，而小女孩也積極向道玄學(xué)習(xí)醫(yī)術(shù)，并因其出色的醫(yī)術(shù)天賦被道玄收為義女，并取名永真。隨著實(shí)驗(yàn)進(jìn)行，一種莫名的咳嗽在葦名出現(xiàn)，起初并未受到重視，等到發(fā)現(xiàn)與龍胤實(shí)驗(yàn)相關(guān)的時(shí)候，龍咳已經(jīng)遍布葦名，并且就連龍胤丈都染上了龍咳。一心等盜國眾深刻體會(huì)到龍胤不死絕非能沾染之物，就停止了變?nèi)羲畬?shí)驗(yàn)，并下令銷毀所有變?nèi)羲兄葡嚓P(guān)資料。而后隨著龍胤丈以及龍咳者的死亡，這次災(zāi)難宣告結(jié)束。

? ? ? ?約十年后，新一代龍胤仆從降生于葦名庶家平田氏。一心派遣手下得力的武士、魁忍梟、蝴蝶夫人、狼以及寄鷹眾來守護(hù)九郎，以防別有用心之人。平田氏因知曉當(dāng)年的龍咳事件，在得到一心首肯后，從小開始就對九郎灌輸龍胤的潛在危險(xiǎn)，并嚴(yán)令其謹(jǐn)慎締結(jié)龍胤契約。而龍胤的再度出現(xiàn)，卻引發(fā)了仙峰寺高層的極大興趣。為了進(jìn)一步研究不死，仙峰寺開始了新一輪實(shí)驗(yàn)，即為變?nèi)糇訉?shí)驗(yàn)。既然龍胤可以再度降生，那為什么仙峰寺不可以也擁有一個(gè)龍胤呢？為了進(jìn)展實(shí)驗(yàn)，購買無盡藥材，仙峰寺將藥丸賣給了內(nèi)府，甚至將仙峰寺拳法秘笈也流傳給了內(nèi)府，并為孤影眾所用。同時(shí)仙峰寺派遣亂波眾到處擄掠兒童，最后甚至向寺院人員的后人出手，這件事也直接導(dǎo)致了亂波眾長老黑笠的貍叛逃。

? ? ? ?三年前，內(nèi)府基本平定各地，開始向葦名進(jìn)軍。葦名一心帶領(lǐng)葦名主力，迎擊內(nèi)府軍隊(duì)?？虠n因?yàn)槟隁q增長，同時(shí)出于對聲名遠(yuǎn)揚(yáng)的一心的嫉妒，開始覬覦龍胤。聽聞內(nèi)府來襲，就聯(lián)合同為薄井森林出身的蝴蝶夫人，設(shè)計(jì)了龍胤奪取計(jì)劃。內(nèi)府主力被雖然被擊敗，但由于叛忍梟和蝴蝶為了謀奪龍胤，透露平田宅密道，導(dǎo)致內(nèi)府利用稀世相撲力士蚺蛇重藏以及其手下山賊，偷襲平田宅成功。蝴蝶夫人乘機(jī)襲殺了剩下九郎近衛(wèi)武士，并利用幻術(shù)讓九郎迷失，在隱藏佛堂等待和梟一起離開。然而梟卻野心甚大，想要獨(dú)占龍胤，因而設(shè)計(jì)讓忠于九郎的狼和蝴蝶火并，并依靠偷襲，擊殺了取勝的狼。本來打算追蹤九郎，卻被內(nèi)府的正長詢問。為了避免暴露龍胤的存在，梟只能暫時(shí)和孤影眾們離開平田宅，撤離葦名。而九郎在逃離平田宅后，因?yàn)閾?dān)心狼的安全，折返回隱藏佛堂，并在廢墟下找到了瀕死的狼，與其締結(jié)了龍胤契約。內(nèi)府因被一心武力震懾，內(nèi)府延緩進(jìn)攻。但由叛忍梟處得知，一心此時(shí)已身患頑疾，必然不可能久于人世。

? ? ? ? 三年后，也就是序章開始前不久，內(nèi)府由仙峰寺的亂波眾口中得知，一心病重，命不久矣。于是，內(nèi)府再次組織部隊(duì)進(jìn)攻葦名。弦一郎深知兵力上己方并沒有優(yōu)勢，就切斷了蛇谷的橋梁，使內(nèi)府只能從正門方向進(jìn)攻。身為弦一郎師父的鬼刑部，深知正門防守的重要性，便主動(dòng)請纓帶人鎮(zhèn)守正門。內(nèi)府連續(xù)數(shù)次進(jìn)攻葦名正門（玩家剛到時(shí)，最后一波進(jìn)攻剛結(jié)束，而幻影可知，在這之前葦名士兵已經(jīng)損失極大了），但都被鬼刑部率領(lǐng)部隊(duì)擊敗。葦名與內(nèi)府的戰(zhàn)損比約為2.5:1（105:43），這對于本就人員不足的葦名而言更是雪上加霜。葦名弦一郎深知這樣下去，是無法守住葦名。這時(shí)候道玄的弟子道順向弦一郎提出變?nèi)羲挠?jì)策，身為當(dāng)年龍咳事件的親歷者之一，弦一郎深知變?nèi)羲疂撛诘奈ｋU(xiǎn)，但在此時(shí)唯有異端方能救國，顧不得許多了。雖然變?nèi)羲茏屓俗杂芰Υ蟠筇嵘词故侵旅墓?，也能活下來，但變?nèi)羲弊饔脴O大，服用者全部都陷入瘋狂狀態(tài)，不分?jǐn)澄?。只能讓囚犯服用，并用繩索束縛，壓到戰(zhàn)場上，以期對內(nèi)府部隊(duì)早場殺傷。道順為了解決變?nèi)羲谋锥?，也開始在地牢利用異地人做實(shí)驗(yàn)。實(shí)驗(yàn)過于有違天和，但為了葦名不得不做，因而分裂出了道策人格，從而使自己繼續(xù)實(shí)驗(yàn)。也因?yàn)樽內(nèi)羲弊饔脴O大，且無從改良，弦一郎更加急切想要得到龍胤，從而將九郎軟禁在觀月樓。

? ? ? ? 序章開始，弦一郎收到寄鷹眾報(bào)告，永真帶著九郎離開了觀月樓（這里是強(qiáng)行解釋，否則九郎怕不是才是游戲里真正的忍者，居然能避過那些守衛(wèi)）。弦一郎預(yù)料到九郎必然會(huì)從密道逃離葦名，就提前到達(dá)密道出口，并成功截住了九郎。弦一郎擊敗了龍胤仆從狼后，就將九郎帶回了天守閣，并勸說九郎為了葦名，締結(jié)龍胤契約。

? ? ? ? 內(nèi)府雖然戰(zhàn)敗，卻從迎擊部隊(duì)的指揮著為鬼刑部以及葦名部隊(duì)指揮方式的不同，推測出一心確實(shí)不久于人世，而且此時(shí)葦名的實(shí)際領(lǐng)導(dǎo)人應(yīng)該已經(jīng)是葦名弦一郎。在鬼刑部被殺后，為了進(jìn)一步確認(rèn)這一事實(shí)，內(nèi)府改變戰(zhàn)略，暫緩正面進(jìn)攻，轉(zhuǎn)為派遣人員潛入葦名刺探情報(bào)，搭建進(jìn)攻道路，并暗殺葦名士兵和骨干。首先，派出赤備亂波眾散布虛假信息，讓葦名人以為下一次內(nèi)府將從遺冢方向再度進(jìn)攻過來，導(dǎo)致葦名部隊(duì)主力以及寄鷹眾主力被派遣到遺冢方法鎮(zhèn)守。緊接著，因?yàn)榧您棻娭髁σ呀?jīng)被派往遺冢方向，導(dǎo)致主城守衛(wèi)出現(xiàn)了空虛。此時(shí)，內(nèi)府讓孤影眾主力和赤備亂波主力，擊殺主城剩下的寄鷹眾，控制主城寄鷹眾對信息的傳遞，同時(shí)配合同樣潛入葦名的赤備老兵，在各個(gè)地方暗殺葦名士兵和骨干，同時(shí)搭建好進(jìn)攻天守閣的道路。因?yàn)樾畔鬟f受阻，在護(hù)城河被攻破之時(shí)，部分葦名士兵甚至還根本不知道主城的戰(zhàn)斗早就打響，某些士兵卻正被獵殺。此外，孤影眾在情報(bào)方面也收獲不小，1.赤目是變?nèi)羲a(chǎn)物，可能來源于龍胤，不過因?yàn)檎偷乃劳?，并沒有傳遞出去；2.葦名的秘技赤目的弱點(diǎn)是火；3.一心確實(shí)命不久矣，即將病故。收到了這些情報(bào)之后，內(nèi)府派遣精銳赤備軍，并攜帶大量火器，開始正面進(jìn)攻，葦名遺冢方向的守衛(wèi)，因?yàn)榛鹆Φ难b備的弱勢，導(dǎo)致戰(zhàn)爭異常慘烈，即將徹底崩潰。同時(shí)由于之前搭建的道路，赤備主力也開始在主城推進(jìn)。

? ? ? ? 在人數(shù)和裝備都被碾壓的情況下，葦名開始最后的抵抗。為了減少戰(zhàn)力差，大量葦名人員服用改進(jìn)不完善的赤成珠，然而除了水生氏成以外，其余人員全都陷入瘋狂狀態(tài)，反而進(jìn)一步惡化了葦名的形式。從道順服用赤成珠的狀況看，意識(shí)能保留多少，很大概率決定于自身的意志或者執(zhí)念強(qiáng)弱，而且門檻非常高，寄鷹眾全失了智，小太郎只記得爹，道順只記得實(shí)驗(yàn)，水生氏會(huì)記得守護(hù)葦名，并且不會(huì)傷害葦名人。而獲得了不死斬的弦一郎回到葦名的時(shí)候，正面戰(zhàn)場已經(jīng)十分慘烈，就打算孤注一擲，最后再用龍胤的血一搏。從永真或者寄鷹眾口中得知，九郎再一次出逃，從而再次在那片蘆葦叢截住了九郎。最后狼擊敗了葦名弦一郎和劍圣一心，弦一郎拯救葦名計(jì)劃徹底破產(chǎn)。葦名被赤備軍徹底攻破，葦名老少無一存活（九郎或狼和永真除外）。