1954年，隨著核彈喝彩城堡的爆炸 ，兩頭巨獸橫空出世 ，一頭是穆托，另外一頭是哥斯拉！

在之后，哥斯拉不斷的追蹤穆托的行徑，一個神秘的組織，帝王組織同樣也在追蹤著哥斯拉，他們的領(lǐng)導(dǎo)人一一芹澤豬四郎，帝王組織的第三任領(lǐng)導(dǎo)人 ，同時熱愛自然 ，與哥斯拉的關(guān)系非常親近......

哥斯拉在2014年的時候，登陸了舊金山……雌雄穆托正在不斷破壞城市，見到了哥斯拉的到來，想解決眼前的這個麻煩······不過實力懸殊，哥斯拉殺死了它倆······芹澤博士‘‘自然對人類的反抗開始了。’’

不久后，至尊穆托也跟著蘇醒了，還帶著女王穆托一同蘇醒······芹澤博士指出，哥斯拉與穆托自古以來就是對手，至尊穆托會利用哥斯拉體內(nèi)的輻射能源與本身能源來孵化后代······

至尊穆托與女王穆托引出來了哥斯拉后，暴揍了一頓······軍方為了消除巨獸，發(fā)射了研究多年的氧氣破壞者，至尊丟下女王逃跑，哥斯拉卻為女王穆托擋下了致命一擊，哥斯拉有一點關(guān)心其它巨獸們······似乎很莽，不會多思考該站的立場······

女王與哥斯拉共同對抗至尊，最終把至尊給干掉了······它們間產(chǎn)生了一種莫名的感情······哥斯拉在霧中即將離去的身影，好似在警示著什么······

嗎