馬耳他大學在不同的領(lǐng)域建立學科學院，其中包括工業(yè)學院安格魯意大利語研究學院、巴洛克時期建筑研究學院、能量技術(shù)學院、國際關(guān)系學、健康學院、島嶼與各個大洲學院、語言學院、馬耳他研究學院、石工和建筑研究學院、公共管理學院、體育教育學院、地中海學院和用于設(shè)計和構(gòu)思發(fā)展的愛德華學院。

馬耳他大學的中心區(qū)包括:交流技術(shù)中心、歐洲老人醫(yī)學中心、地中海教育研究中心、環(huán)境教育研究中心、地中海海島海岸動力學研究中心、人力資源研究中心、文化教育中心、歐洲文化研究中心、另外還有學生和公眾資源中心。

文化遺產(chǎn)保護管理學院是馬耳他遺產(chǎn)教學和研究部門。它協(xié)調(diào)各個專業(yè)、技術(shù)學科之間的關(guān)系，并負責文化遺產(chǎn)保護管理在各個層面上的發(fā)展。該學院利用馬耳他遺產(chǎn)保護區(qū)的設(shè)施進行教學，為學習者提供由馬耳他大學授予的學位課程。

目前，馬耳他大學與中國多所大學建立了合作關(guān)系。其中海洋管理研究生項目，受到中國海事與海洋專業(yè)學生的青睞。1年研究生學位的學習，幫助中國學生在國內(nèi)讀研期間取得兩個研究生學位，同時該項學習，還得到國際海洋學院的大力支持，并對學歷給予認證。