要說腫瘤微環(huán)境中最火的研究方向是什么？

那腫瘤相關(guān)成纖維細胞CAF和腫瘤相關(guān)巨噬細胞TAM這對姐妹花必須高居榜首~

畢竟巨噬細胞也是連續(xù)5年登上國自然熱點top榜單的明星人物?，另一個明星方向CAF的出現(xiàn)相對晚一些，但火爆程度絲毫不遜于TAM

對CAF細胞生信分析或者其他方向有意向的小伙伴，歡迎留言或私信小云哦，總有一款創(chuàng)新性思路適合你

l?題目：癌癥相關(guān)成纖維細胞相關(guān)基因COMP是預測預后和免疫治療效果的新指標，并與結(jié)腸癌中M2巨噬細胞浸潤相關(guān)

l?雜志：Biomolecules

l?影響因子：IF=6.064

l?發(fā)表時間：2022年12月

研究背景

結(jié)腸癌的特征在于顯著的遺傳和表型異質(zhì)性，以及復雜的腫瘤微環(huán)境(TME )。癌相關(guān)成纖維細胞(CAFs)作為TME基質(zhì)細胞的主要成分，參與腫瘤的發(fā)展和免疫調(diào)節(jié)。對CAFs的進一步研究將有助于深入了解其在結(jié)腸癌TME中的作用。

數(shù)據(jù)來源

研究流程

主要結(jié)果

1. CAF亞型分析及關(guān)鍵基因獲得

利用MCP-counter算法在TCGA和GSE17536中估計CAF細胞的豐度計算評分，并根據(jù)評分中值將患者分為高/低CAFs亞組，分析兩亞型免疫浸潤情況以及與臨床特征的相關(guān)性（圖1B），在兩CAFs亞型中進行OS和DFS的K-M生存分析（圖1C,?D）。隨后在兩個亞組之間進行DEG分析（圖2A），并利用WGCNA鑒定與CAF最顯著相關(guān)的基因模塊（圖2B），DEGs和CAFs相關(guān)模塊基因的取交集獲得45個hub基因（圖2C）。基于hub基因，應(yīng)用LASSO-Cox回歸進一步篩選關(guān)鍵候選基因，兩訓練集數(shù)據(jù)取交集得到關(guān)鍵基因COMP（圖2D, E）。

圖2 關(guān)鍵基因的獲得

2. COMP預后分析和突變分析

利用GEPIA2數(shù)據(jù)集比較了COAD和READ與正常組織中的COMP表達（圖3A）。通過單因素和多因素Cox回歸分析，評估COMP的預后價值（圖3C）。整合年齡、性別、TNM分期和COMP表達構(gòu)建一個列線圖，利用校準曲線評估一致性（圖3D, E）。在TCGA隊列的低COMP和高COMP亞群中評估了體細胞突變的發(fā)生（圖4A），并比較突變top基因的預后差異（圖4C）。

3. 免疫浸潤分析

使用xCell和quanTIseq算法估計的10種免疫細胞的浸潤水平和COMP表達之間的相關(guān)性（圖5B）。比較低COMP表達亞組和高COMP表達亞組之間代表性巨噬細胞趨化因子的表達（圖5C）。隨后，研究了COMP表達與癌癥免疫周期和ICB治療相關(guān)的信號通路的關(guān)系（圖5D）。

圖5 M1極化和CAVD之間共享基因的識別和分析

4. 免疫治療反應(yīng)和藥敏性分析

分析COMP表達和TIDE評分之間的相關(guān)性，比較兩個COMP表達亞組中具有免疫治療應(yīng)答的患者的比例，以及TCGA隊列中不同應(yīng)答之間COMP表達（圖6A）。評估Wolf和Van隊列中anti-PD-L1反應(yīng)者與非反應(yīng)者的COMP表達，以及COMP表達的ROC曲線（圖6B, C）。在GDSC2數(shù)據(jù)庫應(yīng)用oncoPredict軟件包評估低COMP和高COMP亞組中化療藥物敏感性（圖6D）。

圖6 免疫治療反應(yīng)和藥敏性分析

5. COMP表達驗證

在臨床結(jié)腸癌樣本中進行了COMP、CAFs標記物ACTA2和M2巨噬細胞標記物CD206的IHC染色，以驗證COMP表達與CAFs和M2巨噬細胞浸潤水平相關(guān)性（圖7A-D）（ps：這里驗證了COMP表達與CAFs和M2巨噬細胞的相關(guān)性，又與前面免疫浸潤分析結(jié)果相呼應(yīng)上了喲）。通過IHC染色比較原發(fā)性結(jié)腸癌和鄰近正常組織中的COMP表達（圖7E, F）。

圖7?COMP表達驗證

文章小結(jié)

這篇文章利用CAF分型+WGCNA篩選CAF相關(guān)基因，獲得COMP后進行常規(guī)單基因分析（ps：如果獲得多個基因就可以建立預后模型啦），最后通過IHC實驗驗證基因表達，完美實現(xiàn)干濕結(jié)合。CAF熱點方向+新穎思路+實驗驗證，輕松拿下6分的文章，有興趣的小伙伴可以換個癌種復現(xiàn)哦！