1. 2018年12月28日，崇明巴士新辟城橋5路，起訖站為西門(mén)汽車(chē)站——鼓浪嶼路陳海公路。

   城橋5路（南門(mén)水陸換乘中心港東公路(凱農(nóng)服務(wù)中心)）

   
   

2.2014年07月11日，配合北沿公路興谷路至新海鎮(zhèn)政府門(mén)口路段、宏海公路新海橋維護(hù)大修，崇明巴士南躍線(xiàn)臨時(shí)分段行駛，線(xiàn)路拆分為南門(mén)汽車(chē)站北沿公路興谷路與新海農(nóng)場(chǎng)躍進(jìn)農(nóng)場(chǎng)。（計(jì)劃至2014年10月30日恢復(fù)，實(shí)際2014年09月18日恢復(fù)）

南躍線(xiàn)（南門(mén)水陸換乘中心——躍進(jìn)農(nóng)場(chǎng)）

3.2017年09月08日，崇明巴士南同專(zhuān)線(xiàn)、南躍線(xiàn)、南風(fēng)線(xiàn)始發(fā)站由南門(mén)汽車(chē)站搬遷至南門(mén)水陸換乘中心。

南同專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)水陸換乘中心——花博園）

4.無(wú)歷史沿革

南堡專(zhuān)線(xiàn)（堡鎮(zhèn)汽車(chē)站——南門(mén)水陸換乘中心）

5.2010年04月10日，崇明巴士南新專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站——躍進(jìn)農(nóng)場(chǎng)）調(diào)整運(yùn)營(yíng)模式，僅保留早晚單向五個(gè)全程班次，其余時(shí)段全部為南門(mén)汽車(chē)站新海農(nóng)場(chǎng)區(qū)間。

南新專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站——新海農(nóng)場(chǎng)）

6.2009年11月01日，崇明大眾（由巴士集團(tuán)托管）南裕專(zhuān)線(xiàn)區(qū)間（南門(mén)汽車(chē)站陳家鎮(zhèn)）線(xiàn)路延伸，起訖站調(diào)整為南門(mén)汽車(chē)站陳家鎮(zhèn)（長(zhǎng)江大橋）。

南裕專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站——裕安鎮(zhèn)）

7.2020年04月11日，崇明巴士南建專(zhuān)線(xiàn)臨時(shí)改道，橋鼻港橋至三星鎮(zhèn)各車(chē)站不再停靠，同步新辟南建專(zhuān)線(xiàn)短駁（新建水閘——協(xié)進(jìn)村）

8.2019年06月01日，崇明巴士南海線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站北新橋）線(xiàn)路延伸，起訖站調(diào)整為南門(mén)汽車(chē)站——新海農(nóng)場(chǎng)。

9.2010年09月25日，為配合道路施工，崇明巴士南堡二支線(xiàn)、新橋線(xiàn)臨時(shí)停運(yùn)。（至2011年01月01日恢復(fù)）

南堡二線(xiàn)（南門(mén)水陸換乘中心——堡鎮(zhèn)汽車(chē)站）

10.2023年07月20日，配合林風(fēng)公路道路全封閉翻修施工，崇明巴士南東專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站前衛(wèi)村）臨時(shí)縮線(xiàn)行駛，起訖站調(diào)整為南門(mén)汽車(chē)站——東風(fēng)新村。

南東專(zhuān)線(xiàn)（前衛(wèi)村——南門(mén)汽車(chē)站）

11.2003年06月12日，崇明大眾堡新線(xiàn)線(xiàn)路延伸并更名為南堡支線(xiàn)。

南堡支線(xiàn)（南門(mén)水陸換乘中心——堡鎮(zhèn)汽車(chē)站）

12.2018年07月09日，崇明巴士新辟城橋4路，起訖站為西門(mén)汽車(chē)站——西門(mén)汽車(chē)站。

城橋4路（南門(mén)水陸換乘中心——南門(mén)水陸換乘中心）

13.2020年04月11日，配合星村公路三號(hào)橋橋梁改造工程，崇明巴士南紅專(zhuān)線(xiàn)臨時(shí)拆分為南紅專(zhuān)線(xiàn)區(qū)間（南門(mén)汽車(chē)站——新村鎮(zhèn)）、南紅專(zhuān)線(xiàn)短駁（新海農(nóng)場(chǎng)——新洲不銹鋼廠）。（至2020年09月01日再次調(diào)整）

南紅專(zhuān)線(xiàn)（南門(mén)汽車(chē)站——新洲不銹鋼廠）

14.2014年10月20日，崇明巴士城橋1路（南門(mén)汽車(chē)站——海島星城）臨時(shí)縮線(xiàn)行駛，起訖站調(diào)整為南門(mén)汽車(chē)站——綠海路翠竹路。（至2015年12月31日恢復(fù)）

城橋1路（南門(mén)水陸換乘中心——海島星城）

15.2015年06月01日，崇明巴士1701路（南門(mén)汽車(chē)站——崇明縣圖書(shū)館）更名為城橋2路，起訖站調(diào)整為南門(mén)水陸換乘中心——壽安寺。

城橋2路（南門(mén)水陸換乘中心——壽安寺）

16.2017年08月01日，崇明巴士新辟城橋3路，起訖站為西門(mén)汽車(chē)站——喬松路寶島路。

城橋3路（南門(mén)水陸換乘中心——海天路喬松路）