針對空間組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)及其在生命科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，我們通過檢索PubMed數(shù)據(jù)庫，共追蹤到2023年7月1日-31日期間發(fā)表的253文章（包括article、review等；IF≥5），按研究領(lǐng)域分類梳理，詳見下表。此外，華大時(shí)空按照影響因子排名和廣譜性遴選了30篇進(jìn)行概要解讀，供大家參考。

掃描文末二維碼，即可獲取全部253篇包含研究物種、器官/組織和疾病信息的文獻(xiàn)清單。

一、綜述/Review

1. 揭開隱藏戰(zhàn)場的面紗：剖析肝癌的浸潤區(qū)

Unveiling the hidden battlefield: dissecting the invasive zone in liver cancer

2023-07-24;?Cell Research; IF: 44.100; DOI: 10.1038/s41422-023-00855-7

內(nèi)容概要：該述評對Wu等發(fā)表的研究進(jìn)行了綜合評價(jià)，強(qiáng)調(diào)了解腫瘤生態(tài)系統(tǒng)，特別是腫瘤浸潤邊緣，對研究腫瘤進(jìn)展和轉(zhuǎn)移的重要性。指出Wu等利用納米級分辨率的空間增強(qiáng)分辨率組學(xué)測序（Stereo-seq），在肝癌患者腫瘤邊緣發(fā)現(xiàn)了一個(gè)以血清淀粉樣蛋白A1和A2過表達(dá)為特征的侵襲區(qū)，與免疫抑制和不良預(yù)后相關(guān)，這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)有可能徹底改變癌癥治療領(lǐng)域，并為未來旨在開發(fā)針對癌癥的創(chuàng)新和個(gè)性化治療方法的研究奠定基礎(chǔ)。

2. TCRward個(gè)性化移植治療

TCRward personalized transplant therapies

2023-07-07;?Science Immunology; IF: 24.800; DOI: 10.1126/sciimmunol.adj4910

內(nèi)容概要：研究針對移植排斥的個(gè)性化治療方法，通過對急性細(xì)胞排斥的腎臟活檢進(jìn)scRNA-seq和TCR-seq，發(fā)現(xiàn)T細(xì)胞克隆性有限且表現(xiàn)多樣。研究結(jié)果表明，個(gè)性化移植治療需要考慮T細(xì)胞表型的多樣性。

3. 腎素細(xì)胞發(fā)育：染色質(zhì)可及性和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)的見解

Renin cell development: Insights from chromatin accessibility and single-cell transcriptomics

2023-07-03;?Circulation Research;?IF: 20.100; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.123.322827

內(nèi)容概要：從FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎關(guān)鍵發(fā)育時(shí)期中分離出的單個(gè)腎素細(xì)胞，并聯(lián)合scRNA-seq和scATAC-seq進(jìn)行分析，描述了腎素細(xì)胞發(fā)育過程中的染色質(zhì)和轉(zhuǎn)錄組變化，確定了MEF2和NFI TF家族被富集，并可能控制腎素細(xì)胞命運(yùn)。

二、時(shí)空/單細(xì)胞技術(shù)

SpatialTemporal and?Single-Cell?Technology

4. Voltage-Seq：全光突觸后連接體引導(dǎo)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)

Voltage-Seq: all-optical postsynaptic connectome-guided single-cell transcriptomics

2023-07-20;?Nature Methods; IF: 48.000; DOI: 10.1038/s41592-023-01965-1

內(nèi)容概要：建立了基于特定的突觸后反應(yīng)類型（postsynaptic response types，PRT）獲取體細(xì)胞和后續(xù)的scRNA-seq的方法：Voltage-Seq。根據(jù)VoltView現(xiàn)場分析工具中的現(xiàn)場分類，定位中腦導(dǎo)水管周圍灰質(zhì)（periaqueductal gray，PAG）中下丘腦腹內(nèi)側(cè)（ventromedial hypothalamic，VMH）驅(qū)動(dòng)的γ-氨基丁酸能神經(jīng)元，驗(yàn)證了Voltage-Seq可成功識別VMH-PAG連接組中稀疏的GABA能神經(jīng)元，并可以提供相同神經(jīng)元的分子特征。

三、生信工具/Bioinformatics Tools

5. 基于CRISPR的條形碼技術(shù)對發(fā)育中的小鼠大腦單細(xì)胞譜系的全面時(shí)空映射

Comprehensive spatiotemporal mapping of single-cell lineages in developing mouse brain by CRISPR-based barcoding

2023-07-17;?Nature Methods; IF: 48.000; DOI: 10.1038/s41592-023-01947-3

內(nèi)容概要：介紹了一種基于CRISPR編輯的單細(xì)胞譜系追蹤方法（CREST），并使用基于CREST的兩種策略來繪制發(fā)育中小鼠中腦腹側(cè)（ventral midbrain，vMB）的單細(xì)胞譜系圖譜。CREST方法和策略允許進(jìn)行全面的單細(xì)胞譜系分析，為神經(jīng)分化的分子機(jī)制研究提供了新見解。

6. iSMOD：基于圖像的單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合瀏覽器

iSMOD: an integrative browser for image-based single-cell multi-omics data

2023-07-13;?Nucleic Acids Research; IF: 14.900 ; DOI: 10.1093/nar/gkad580

內(nèi)容概要：介紹了一種名為iSMOD的綜合瀏覽器，用于收集和瀏覽基于DNA和RNA熒光原位雜交的基因組和轉(zhuǎn)錄組圖像數(shù)據(jù)，以及與核蛋白質(zhì)相關(guān)的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，以揭示基因調(diào)控與染色質(zhì)、mRNA和關(guān)鍵蛋白質(zhì)的空間位置之間的關(guān)系。iSMOD整合了來自20,000多篇已發(fā)表論文的多組學(xué)研究，是揭示疾病分子靶點(diǎn)、探索生物現(xiàn)象背后的工作機(jī)制以及在虛擬細(xì)胞核中整合3D多組學(xué)數(shù)據(jù)的重要工具。

7. 基于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)并通過CeLEry恢復(fù)scRNA-seq數(shù)據(jù)中的細(xì)胞位置

Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry

2023-07-08;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39895-3

內(nèi)容概要：CeLEry是一種基于深度學(xué)習(xí)的算法，可以在多個(gè)層面上推斷細(xì)胞的空間位置信息，包括細(xì)胞的2D位置和空間域，并提供恢復(fù)位置的不確定性估計(jì)。通過對多個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行全面的基準(zhǔn)測試，包括來自大腦和癌癥組織的Visium、MERSCOPE、MERFISH和Xenium數(shù)據(jù)集，證明了CeLEry可以可靠地利用scRNA-seq數(shù)據(jù)恢復(fù)細(xì)胞的空間位置信息。

四、生長發(fā)育/Growth and Development

8. 單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組揭示獼猴腦皮層的細(xì)胞型組織

Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex

2023-07-12;?Cell; IF: 64.500; DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.009

內(nèi)容概要：通過對成年雄性食蟹獼猴的大腦左半球進(jìn)行冠狀切片，結(jié)合Stereo-seq和snRNA-seq，繪制了全球首個(gè)非人靈長類全腦皮層空間單細(xì)胞圖譜。在獼猴整個(gè)大腦皮質(zhì)143個(gè)區(qū)域上總鑒定出264個(gè)細(xì)胞簇。發(fā)現(xiàn)獼猴大腦皮層各細(xì)胞類型具有腦區(qū)和層依賴的定位模式，并特別指出各種細(xì)胞類型的區(qū)域分布與視覺系統(tǒng)和體感系統(tǒng)中各腦區(qū)的層級結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系。此外，通過跨物種（人、鼠）比較分析，進(jìn)一步揭示了在L4層富集的靈長類特異性細(xì)胞類型。

9. 驅(qū)動(dòng)人類星形膠質(zhì)細(xì)胞發(fā)育的配體-受體對的鑒定

Identification of ligand-receptor pairs that drive human astrocyte development

2023-07-17;?Nature Neuroscience; IF: 25.000; DOI: 10.1038/s41593-023-01375-8

內(nèi)容概要：通過使用已發(fā)表的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識別并功能性測試了五個(gè)配體-受體對（TGFβ2、NLGN1、TSLP、DKK1和BMP4），這些配體的協(xié)同作用能夠通過mTORC1信號通路，影響人類星形膠質(zhì)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和形態(tài)特征。該研究的數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)框架可以利用單細(xì)胞和bulk基因組數(shù)據(jù)來生成和測試圍繞細(xì)胞-細(xì)胞通訊調(diào)節(jié)神經(jīng)發(fā)育過程的功能假設(shè)。

10. Hnf4激活模擬細(xì)胞增強(qiáng)子以重現(xiàn)胸腺內(nèi)腸道和肝臟的發(fā)育

Hnf4 activates mimetic-cell enhancers to recapitulate gut and liver development within the thymus

2023-07-03;?The Journal of Experimental Medicine; IF: 15.300; DOI: 10.1084/jem.20230461

內(nèi)容概要：表達(dá)腸道和肝臟相關(guān)的轉(zhuǎn)錄本的模擬細(xì)胞保留了胸腺特性，主要由轉(zhuǎn)錄因子Hnf4α和Hnf4γ調(diào)控。scRNA-seq分析揭示了Hnf4缺失在模擬細(xì)胞狀態(tài)、命運(yùn)和積累方面的3種不同影響。此外，該研究還發(fā)現(xiàn)了Hnf4在腸道微褶皺細(xì)胞和IgA反應(yīng)中的作用。

五、疾病研究/Disease Research

惡性腫瘤

11. 腫瘤單核細(xì)胞含量預(yù)測食管腺癌免疫化療的療效

Tumor monocyte content predicts immunochemotherapy outcomes in esophageal adenocarcinoma

2023-07-10;?Cancer cell; IF: 50.300; DOI: 10.1016/j.ccell.2023.06.006

內(nèi)容概要：利用一項(xiàng)設(shè)計(jì)獨(dú)特的機(jī)會(huì)之窗試驗(yàn)（LUD2015-005），讓無法手術(shù)的食管腺癌（esophageal adenocarcinoma，EAC）患者接受為期四周的一線免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療（immune checkpoint inhibitors for four weeks，ICI-4W），隨后接受免疫化學(xué)療法（immunochemotherapy，ICI+CTX）治療。通過單細(xì)胞圖譜對治療前的胃食管癌轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行解卷積，發(fā)現(xiàn)高腫瘤單核細(xì)胞含量（tumor monocyte content，TMC）是一種意想不到的ICI+CTX特異性預(yù)測因子，可預(yù)測LUD2015-005患者更高的總生存期以及獨(dú)立隊(duì)列中流行的胃癌亞型的ICI反應(yīng)，可改善胃食管癌患者對新興ICI+CTX療法的選擇。

12. 清除衰老巨噬細(xì)胞可改善KRAS驅(qū)動(dòng)的肺癌的腫瘤發(fā)生

Clearance of senescent macrophages ameliorates tumorigenesis in KRAS-driven lung cancer

2023-07-10;?Cancer Cell; IF: 50.300; DOI: 10.1016/j.ccell.2023.05.004

內(nèi)容概要：通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，確定了與腫瘤相關(guān)的巨噬細(xì)胞群，發(fā)現(xiàn)在KRAS驅(qū)動(dòng)的肺癌模型中，衰老細(xì)胞的遺傳或溶解消減或巨噬細(xì)胞耗竭可顯著降低腫瘤負(fù)荷并提高存活率。該結(jié)果揭示了衰老巨噬細(xì)胞在肺癌的發(fā)生和發(fā)展過程中的重要作用，突出了潛在的治療途徑和癌癥預(yù)防策略。

13. 空間分辨的高維轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示雙相惡性胸膜間皮瘤的演變：免疫治療的新范式

Spatially resolved, high-dimensional transcriptomics sorts out the evolution of biphasic malignant pleural mesothelioma: new paradigms for immunotherapy

2023-07-17;?Molecular Cancer; IF: 37.300; DOI: 10.1186/s12943-023-01816-9

內(nèi)容概要：采用空間分辨的高維轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法對8個(gè)雙相惡性胸膜間皮瘤（Malignant Pleural Mesothelioma，MPM）中的139個(gè)區(qū)域進(jìn)行分析，揭示了MPM的轉(zhuǎn)錄可塑性和異質(zhì)性。該研究結(jié)果除了對MPM臨床演變的多維相互作用提供重要見解外，還為改善免疫治療在該疾病中的應(yīng)用開辟了新思路。

14. Siglec-9作為膠質(zhì)母細(xì)胞瘤巨噬細(xì)胞的免疫檢查點(diǎn)分子限制T細(xì)胞啟動(dòng)和免疫治療反應(yīng)

Siglec-9 acts as an immune-checkpoint molecule on macrophages in glioblastoma, restricting T-cell priming and immunotherapy response

2023-07-17;?Nature Cancer; IF: 22.700; DOI: 10.1038/s43018-023-00598-9

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究接受新輔助抗PD-1治療的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（glioblastoma，GBM）患者樣本，發(fā)現(xiàn)了獨(dú)特的單核細(xì)胞來源的腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞亞群，它們具有功能可塑性，高度表達(dá)免疫抑制SIGLEC9基因，并優(yōu)先在抗PD-1治療無反應(yīng)的患者中積累。此外，通過體內(nèi)實(shí)驗(yàn)確定了Siglec-9是巨噬細(xì)胞上的免疫檢查點(diǎn)分子，可以被靶向以增強(qiáng)抗PD-1/PD-L1治療的療效。

15. 空間細(xì)胞結(jié)構(gòu)預(yù)測膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的預(yù)后

Spatial cellular architecture predicts prognosis in glioblastoma

2023-07-11;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39933-0

內(nèi)容概要：利用scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，開發(fā)了一個(gè)深度學(xué)習(xí)模型，從組織學(xué)圖像中預(yù)測膠質(zhì)母細(xì)胞瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄亞型，并分析了410名患者的4,000萬組織spots，發(fā)現(xiàn)腫瘤結(jié)構(gòu)與預(yù)后之間存在一致的關(guān)聯(lián)。預(yù)后不良的患者表現(xiàn)出更高比例的腫瘤細(xì)胞表達(dá)缺氧誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄程序。此外，星形膠質(zhì)細(xì)胞樣腫瘤細(xì)胞的聚集模式與較差的預(yù)后相關(guān)，而星形膠質(zhì)細(xì)胞的分散和與其他轉(zhuǎn)錄亞型的連接與風(fēng)險(xiǎn)降低相關(guān)。

16. 胰腺導(dǎo)管腺癌微環(huán)境中施萬細(xì)胞調(diào)節(jié)腫瘤細(xì)胞和癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞

Schwann cells regulate tumor cells and cancer-associated fibroblasts in the pancreatic ductal adenocarcinoma microenvironment

2023-07-31;?Nature Communications; IF: 16.600；DOI: 10.1038/s41467-023-40314-w

內(nèi)容概要：通過對胰腺導(dǎo)管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）組織進(jìn)行scRNA-seq和基于微陣列的空間轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)施萬細(xì)胞可能驅(qū)動(dòng)腫瘤細(xì)胞和癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs）向更惡性的亞型：基底樣和炎性CAFs（inflammatory CAFs，iCAFs）轉(zhuǎn)換。體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)表明，施萬細(xì)胞通過Midkine信號通路促進(jìn)PDAC細(xì)胞的增殖和遷移，并通過白細(xì)胞介素-1α促進(jìn)CAFs向iCAFs的轉(zhuǎn)換。

非癌疾病

17. 兒童白血病中與持續(xù)存在的CD19 CAR-T細(xì)胞相關(guān)的轉(zhuǎn)錄特征

Transcriptional signatures associated with persisting CD19 CAR-T cells in children with leukemia

2023-07-06;?Nature Medicine; IF: 82.900; DOI: 10.1038/s41591-023-02415-3

內(nèi)容概要：通過高通量單細(xì)胞基因表達(dá)和T細(xì)胞受體測序，系統(tǒng)分析10例復(fù)發(fā)難治性兒童急性B淋巴細(xì)胞白血?。╮elapsed and refractory childhood pre-B cell acute lymphoblastic leukemia，R/R B-ALL）患者接受CD19 CAR-T細(xì)胞治療后5年內(nèi)的血液和骨髓樣本，發(fā)現(xiàn)長壽命CAR-T細(xì)胞具有CD4/CD8雙陰性表型和疲勞樣記憶狀態(tài)，并具有獨(dú)特的轉(zhuǎn)錄特征。這種持久性特征在所有長期治療反應(yīng)良好的兒童中占主導(dǎo)地位，并在兩名慢性淋巴細(xì)胞白血病成年患者中檢測到。這些發(fā)現(xiàn)提出了一種可能性，即臨床有效的、持久的CD19 CAR-T細(xì)胞存在通用的轉(zhuǎn)錄特征。

18. 募集的巨噬細(xì)胞引發(fā)心房顫動(dòng)

Recruited macrophages elicit atrial fibrillation

2023-07-14;?Science; IF: 56.900; DOI: 10.1126/science.abq3061

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)了心房顫動(dòng)中炎性單核細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞的擴(kuò)增。結(jié)合細(xì)胞-細(xì)胞相互作用分析，發(fā)現(xiàn)SPP1是一種多效信號，其通過與局部免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的串?dāng)_促進(jìn)心房顫動(dòng)，并確認(rèn)SPP1+巨噬細(xì)胞可作為心房顫動(dòng)免疫治療的靶點(diǎn)。

19. 人類腎臟中健康和受傷細(xì)胞狀態(tài)及生態(tài)位圖譜

An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney

2023-07-19;?Nature; IF: 49.962; DOI: 10.1038/s41586-023-05769-3

內(nèi)容概要：將多種單細(xì)胞和單核檢測方法和空間成像技術(shù)應(yīng)用于廣泛的健康腎臟和患病腎臟，確定了與損傷時(shí)間過程和生態(tài)位相關(guān)的生物通路，包括預(yù)測與腎功能下降相關(guān)的不適應(yīng)狀態(tài)的上皮修復(fù)特征。該健康和患病人類腎臟的綜合多模態(tài)空間細(xì)胞圖譜是細(xì)胞狀態(tài)、鄰域、結(jié)果相關(guān)特征和公開可用的交互式可視化的綜合基準(zhǔn)。

20. 通過scRNA-seq評估心臟非編碼轉(zhuǎn)錄組并鑒定了一種保守的促纖維化長鏈非編碼RNA?FIXER

Assessment of the cardiac noncoding transcriptome by single-cell RNA sequencing identifies?FIXER, a conserved profibrogenic long noncoding RNA

2023-07-10;?Circulation; IF: 37.800; DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析梗死后心臟非肌細(xì)胞中的非編碼轉(zhuǎn)錄組（long noncoding RNAs，lncRNAs），發(fā)現(xiàn)lncRNA表達(dá)足以識別構(gòu)成哺乳動(dòng)物心臟的各種細(xì)胞類型。專注于心臟成纖維細(xì)胞及其衍生物，鑒定了lncRNA?FIXER，它可作為心臟纖維化的新治療靶點(diǎn)。

21. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示肝衰竭小鼠腸道細(xì)胞異質(zhì)性并確定Ep300為潛在治療靶點(diǎn)

Single-cell transcriptomics reveals intestinal cell heterogeneity and identifies?Ep300?as a potential therapeutic target in mice with acute liver failure

2023-07-25;?Cell Discovery; IF: 33.500; DOI: 10.1038/s41421-023-00578-4

內(nèi)容概要：利用D-GALN/LPS (D/L)誘導(dǎo)的急性肝衰竭（acute liver failure，ALF）模型，對33,216個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析，生成了小鼠ALF腸道細(xì)胞圖譜，揭示了腸上皮細(xì)胞的異質(zhì)性，并發(fā)現(xiàn)ALF誘導(dǎo)腸干細(xì)胞的細(xì)胞周期停滯和激活特定的腸上皮細(xì)胞和腺細(xì)胞簇。此外，發(fā)現(xiàn)并證實(shí)Ep300是ALF的新型治療靶點(diǎn)，這為未來的ALF病理生理學(xué)研究鋪平了道路。

22. 整合空間和單核轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)闡明具有抑郁樣行為的雌性獼猴的小膠質(zhì)細(xì)胞特異性反應(yīng)

Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors

2023-07-13;?Nature Neuroscience; IF: 24.884; DOI: 10.1038/s41593-023-01379-4

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析有社會(huì)壓力相關(guān)抑郁樣行為的雌性獼猴的背外側(cè)前額葉皮層，發(fā)現(xiàn)與蜷縮和獨(dú)坐行為相關(guān)的基因模塊在皮層淺層的神經(jīng)元和少突膠質(zhì)細(xì)胞中表達(dá)，而與運(yùn)動(dòng)和友好行為相關(guān)的基因模塊則富集在皮層中深層的小膠質(zhì)細(xì)胞和星形膠質(zhì)細(xì)胞中，與抑郁樣行為相關(guān)的小膠質(zhì)細(xì)胞亞群富集在皮質(zhì)深層。該研究結(jié)果顯示了細(xì)胞類型和皮質(zhì)層特異性基因表達(dá)變化，并確定了一個(gè)與雌性非人靈長類動(dòng)物抑郁樣行為相關(guān)的小膠質(zhì)細(xì)胞亞群。

23. 特發(fā)性肺纖維化中免疫細(xì)胞對成纖維細(xì)胞作用的空間解碼

Spatial decoding of immune cell contribution to fibroblastic foci in idiopathic pulmonary fibrosis

2023-07-24;?American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine; IF: 24.700; DOI: 10.1164/rccm.202303-0372LE

內(nèi)容概要：采用數(shù)字空間分析（digital spatial profiling，DSP）來獲得免疫細(xì)胞相互作用和肺纖維化病變調(diào)節(jié)的空間信息。在鄰近CD45+細(xì)胞普遍存在的“熱”病變中發(fā)現(xiàn)了與先天免疫細(xì)胞和適應(yīng)性免疫細(xì)胞募集相關(guān)的富集通路，表明這些病變中細(xì)胞類型的活躍多樣化。此外，還觀察到與晚期/進(jìn)展性基因特征相關(guān)的“冷”病變由驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)化和分化的典型促纖維化途徑主導(dǎo)。

24. 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)相關(guān)電子顯微鏡揭示大腦損傷的轉(zhuǎn)錄和超微結(jié)構(gòu)反應(yīng)

Spatial transcriptomics-correlated electron microscopy maps transcriptional and ultrastructural responses to brain injury

2023-07-11;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39447-9

內(nèi)容概要：介紹了一種新的方法，通過在相鄰組織切片上集成MERFISH和大面積體積電子顯微鏡（electron microscopy，EM）技術(shù)，將單個(gè)細(xì)胞的空間定位基因表達(dá)與其超微結(jié)構(gòu)形態(tài)聯(lián)系起來，以研究腦損傷后膠質(zhì)細(xì)胞和浸潤性T細(xì)胞的反應(yīng)。通過該方法繪制了脫髓鞘腦損傷后單細(xì)胞的空間、超微結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄重組的綜合視圖。

25. 人類腎乳頭的空間錨定轉(zhuǎn)錄組圖譜識別結(jié)石患者的顯著免疫損傷

A spatially anchored transcriptomic atlas of the human kidney papilla identifies significant immune injury in patients with stone disease

2023-07-19;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-38975-8

內(nèi)容概要：通過整合snRNAseq和空間轉(zhuǎn)錄組（spatial transcriptomic，ST），創(chuàng)建腎乳頭的空間錨定轉(zhuǎn)錄組圖譜，確定了人類腎乳頭特定細(xì)胞亞型的空間定位及其隨結(jié)石病發(fā)生的變化。研究發(fā)現(xiàn)，礦物質(zhì)沉積區(qū)域是免疫活躍區(qū)，由免疫損傷和基質(zhì)重塑基因組成，這些基因會(huì)影響礦化周圍區(qū)域以外的多種細(xì)胞類型。此外，MMP7和MMP9是與結(jié)石病及其活動(dòng)相關(guān)的潛在尿液生物標(biāo)志物。

26. 人類炎性腸病中單細(xì)胞空間分辨率下的巨噬細(xì)胞和中性粒細(xì)胞異質(zhì)性

Macrophage and neutrophil heterogeneity at single-cell spatial resolution in human inflammatory bowel disease

2023-07-26;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40156-6

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq探究人類炎性腸道，發(fā)現(xiàn)患者之間最大的差異出現(xiàn)在髓細(xì)胞區(qū)，包括巨噬細(xì)胞和中性粒細(xì)胞。利用單細(xì)胞分辨率的人體組織空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（CosMx空間分子成像）進(jìn)一步揭示巨噬細(xì)胞的多樣性。scRNA-seq與單細(xì)胞空間分析相結(jié)合，體現(xiàn)了涉及巨噬細(xì)胞和炎性成纖維細(xì)胞的強(qiáng)大通訊網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)而展示了人類炎性腸病的細(xì)胞復(fù)雜性，并指出髓細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞是了解患者間異質(zhì)性的重要細(xì)胞亞群。

27. 單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定與骨骼肌纖維化相關(guān)的巨噬細(xì)胞群

Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis

2023-07-07;?Science Advances; IF: 13.600; DOI: 10.1126/sciadv.add9984

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq研究健康和肌萎縮癥肌肉中巨噬細(xì)胞的分子特征，發(fā)現(xiàn)肌萎縮癥肌肉中主要的巨噬細(xì)胞特征是高表達(dá)纖維化因子、半乳糖凝集素-3（galectin-3，gal-3）和骨鈣蛋白?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)、計(jì)算推斷和體外實(shí)驗(yàn)表明，巨噬細(xì)胞來源的Spp1調(diào)節(jié)基質(zhì)祖細(xì)胞分化。gal-3+巨噬細(xì)胞在肌萎縮癥肌肉中長期激活，并在多種人類肌病中升高。這些研究深化了對肌萎縮癥中巨噬細(xì)胞的認(rèn)識，揭示了gal-3+作為巨噬細(xì)胞和基質(zhì)祖細(xì)胞相互作用的主要調(diào)節(jié)因子。

六、其他研究/Other Research?

28. 人類母體-胎兒界面的空間分辨時(shí)間軸

A spatially resolved timeline of the human maternal-fetal interface

2023-07-19;?Nature; IF: 49.962; DOI: 10.1038/s41586-023-06298-9

內(nèi)容概要：采用多組學(xué)方法，結(jié)合空間蛋白質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的優(yōu)勢，構(gòu)建了妊娠前半期人類母體-胎兒界面的時(shí)空圖譜，發(fā)現(xiàn)妊娠年齡極大地影響了母體免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的頻率，螺旋動(dòng)脈重塑（spiral artery remodelling，SAR）的進(jìn)展與滋養(yǎng)外細(xì)胞（extravillous trophoblasts，EVT）的侵襲有優(yōu)先相關(guān)性，為闡明妊娠并發(fā)癥中母胎耐受性和特異性妊娠反應(yīng)的病因?qū)W干擾提供一個(gè)規(guī)范性框架。

29. 小鼠器官發(fā)生的三維分子結(jié)構(gòu)

Three-dimensional molecular architecture of mouse organogenesis

2023-07-31;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40155-7

內(nèi)容概要：通過整合空間圖譜和相應(yīng)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，展示小鼠胚胎13.5天的所有主要器官的空間轉(zhuǎn)錄組圖譜，并通過堆疊切片三維呈現(xiàn)了胚胎形態(tài)的分子調(diào)控。該研究還提供了哺乳動(dòng)物器官發(fā)育動(dòng)態(tài)性質(zhì)、空間細(xì)胞相互作用、胚胎軸和細(xì)胞命運(yùn)分化的詳細(xì)分子注釋，這將為精確的器官工程和基于干細(xì)胞的再生醫(yī)學(xué)奠定基礎(chǔ)。

30. 單堿基分辨率的多重酶合成DNA

Multiplex enzymatic synthesis of DNA with single-base resolution

2023-07-07;?Science Advances; IF: 13.600; DOI: 10.1126/sciadv.adi0263

內(nèi)容概要：介紹了一種多重酶合成DNA的方法，該方法使用溫和的水性條件和酶代替溶劑和磷酸二酰胺。該研究使用一種合成周期，包括第一步的特定位點(diǎn)硅微機(jī)電系統(tǒng)噴墨分配末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶和3' 阻斷核苷酸，以及第二步的批量玻片清洗以去除3' 阻斷基團(tuán)。通過在固定的DNA引物基板上重復(fù)周期，展示了微觀空間控制核酸序列和長度的可能性，這里通過雜交和凝膠電泳進(jìn)行了檢測。這項(xiàng)工作在高度并行的情況下以單個(gè)堿基控制的方式酶促合成DNA，具有獨(dú)特性。

掃描下方二維碼，查閱2023年7月追蹤到的253篇文獻(xiàn)。

*文獻(xiàn)追蹤由時(shí)空團(tuán)隊(duì)聯(lián)合國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺完成。