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原創(chuàng)?小果?生信果

小伙伴們，大家好呀，很高興和大家見面，最近看到有果粉提問關(guān)于WGCNA分析中的module_dendrogram圖譜的問題，之前呢有寫過關(guān)于WGCNA分析中的一些專業(yè)術(shù)語基礎(chǔ)知識以及power，module-triats圖譜解讀的推文，如果有小伙伴需要，可直接在往期里面查找就可以了，今天呢我們來聊聊關(guān)于如何進(jìn)行cluster?dendrogram讀圖。

內(nèi)容分為兩部分：

一是介紹什么是cluster?dendrogram

二是cluster?dendrogram圖解讀。

走神的，還沒有準(zhǔn)備好的小伙伴快來看這吧。

一、介紹cluster dendrogram

cluster?dendrogram：聚類樹狀圖產(chǎn)生用于層次聚類的樹狀圖(也稱為聚類樹)，樹狀圖以圖形的方式展示了觀察結(jié)果在不同(不)相似程度上被分組在一起的信息。

二、解讀cluster dendrogram圖譜

1.在這里小果以tp35基因進(jìn)行數(shù)據(jù)集的查詢，首先我們進(jìn)入到Genecard數(shù)據(jù)庫的首頁，在Search?GeneCards中輸入tp53基因名，也就是小果在下圖中紅色標(biāo)出tp53基因的地方，然后點(diǎn)擊放大鏡進(jìn)行搜索，達(dá)到數(shù)據(jù)查詢的目的。

小伙伴看這個(gè)圖的時(shí)候把這個(gè)圖可以分為兩部分看：上半部分是基因的層次聚類樹狀圖，下半部分是基因模塊，也就是網(wǎng)絡(luò)模塊。上下對應(yīng)，可以看到距離較近的基因（聚類到同一條分支）被劃分到了同一模塊。其中上半部分的height稱為高度軸，一般表示的表示觀測值和/或簇之間的距離。在當(dāng)前的樹狀圖中，y軸代表的是簇之間距離度量的值。

如果小伙伴們看到上圖中兩個(gè)集群在高度?處合并，那么就表示這些簇之間的距離為?就是對y軸做垂線的值。小伙伴們再來看下圖的下部分，Dynamic?Module是動態(tài)的模塊，與上面的height相對應(yīng)，即不同的高對應(yīng)不同的模塊，就是用不同的顏色標(biāo)記出來的部分，小伙伴可以看到在動態(tài)模塊中的顏色比較豐富，模塊比較多。Merged Module是合并后的模塊，

如果小伙伴們仔細(xì)觀察的話就會發(fā)現(xiàn)合并后的基因模塊明顯減少了，只有灰色、黑色和藍(lán)色模塊，也就說明聚類近的基因被劃到了同一模塊。

到這里呢，小果的分享就到此結(jié)束了，小伙伴有什么問題可以私信小果哦。

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