1.C值：是指一個(gè)單倍體基因組中DNA的總量，一個(gè)特定的種屬具有特征的C值。

2.C值悖理：生物種屬所具有的基因數(shù)目與其生物結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性不成比例的現(xiàn)象.

3.N值悖理：基因數(shù)目與進(jìn)化程度或生物復(fù)雜性的不對(duì)應(yīng)性，稱(chēng)之為N值悖理（N所表示的是基因數(shù)目）。

4.基因家族:來(lái)自一個(gè)共同的祖先, 因基因加倍和趨異產(chǎn)生許多在DNA序列上基本一致而略有不同的成員。

1）大部分擔(dān)負(fù)類(lèi)似的生物學(xué)功能.

2）比較各個(gè)成員間的序列差異，可追蹤基因的演變軌跡。

5.假基因：來(lái)源于功能基因但已失去原來(lái)功能的DNA序列.包括重復(fù)假基因、加工假基因、殘缺假基因。

6. DNA標(biāo)記

->限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（ RFLP）

同一物種的亞種、品系或個(gè)體間基因組DNA 受到同一種限制性?xún)?nèi)切酶作用而形成不同的酶切圖譜的現(xiàn)象

->簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性（SSLP）

可變排列的簡(jiǎn)單重復(fù)序列, 即重復(fù)次數(shù)不一,在染色體的同一座位重復(fù)序列拷貝數(shù)不同;

包括倆種類(lèi)型：小衛(wèi)星序列（VNTR）、微衛(wèi)星序列(SSR）

->單核苷酸多態(tài)性（SNP）

SNP是指同一物種不同個(gè)體基因組DNA的等位序列上單個(gè)核苷酸存在差異的現(xiàn)象。其中最少一種在群體中的頻率不小于1％；如果出現(xiàn)頻率低于1％，則視作點(diǎn)突變。

7.序列間隙： 因覆蓋率的原因而留下的未能測(cè)序的序列，仍存在于克隆文庫(kù)中, 這類(lèi)間隙稱(chēng)為序列間隙。

物理間隙：因克隆載體自身的限制或DNA順序特殊的組成等原因造成某些序列丟失或未能克隆, 這類(lèi)間隙稱(chēng)為物理間隙。

8. 表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）：基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的一段cDNA序列。

9. 轉(zhuǎn)座因子：原核生物與真核生物基因組中廣泛存在的一類(lèi)可以移動(dòng)位置的遺傳因子。

10. CpG島:基因組中富含GC堿基的DNA區(qū)段。

滿(mǎn)足CpG島的條件為:

1) 連續(xù)500 bp的DNA順序;

2) C+G含量大于55%;

3) 觀測(cè)到的CpG雙堿基數(shù)目與預(yù)期的數(shù)目之比大于0.65.

11. 位置效應(yīng):由于基因變換了在染色體上的位置而引起表現(xiàn)型改變的現(xiàn)象。

12. 順式作用元件：轉(zhuǎn)錄上游區(qū)與轉(zhuǎn)錄相關(guān)的具有調(diào)控作用DNA序列。

13. 反式作用因子：能夠直接或間接辨認(rèn)、結(jié)合轉(zhuǎn)錄上游的調(diào)控區(qū)段DNA的蛋白質(zhì)。

14. RNA編輯：某些RNA，特別是mRNA的一種加工方式，它導(dǎo)致了DNA所編碼的遺傳信息的改變，因?yàn)榻?jīng)過(guò)編輯的mRNA序列發(fā)生了不同于模板DNA的變化。 包括：?jiǎn)螇A基突變

和尿苷酸的缺失和添加 。

15. 大分子DNA克隆載體構(gòu)建:

酵母人工染色體（YAC）： 是利用釀酒酵母的染色體的復(fù)制元件構(gòu)建的載體，其工作環(huán)境在釀酒酵母中。它可以克隆和分析大片段的染色體DNA，并且可以分離那些在大腸桿菌中不可能得到的序列。將來(lái)自其他物種的較大片段DNA連接到酵母DNA上，在宿主細(xì)胞中外來(lái)DNA能隨著酵母細(xì)胞中的其他染色體一起復(fù)制。

細(xì)菌人工染色體（BAC）：以細(xì)菌F因子為基礎(chǔ)，人工構(gòu)建的環(huán)狀的DNA分子?？梢詳y帶大于100-350Kb的外源DNA片段。

16. 表觀遺傳：DNA序列不發(fā)生改變但基因表達(dá)卻發(fā)生了變化的一種有別于傳統(tǒng)遺傳學(xué)的遺傳方式。

17. 絕緣子：可以阻止鄰近位置激活或失活效應(yīng)的順序現(xiàn)在稱(chēng)之為絕緣子（insulator）。

簡(jiǎn)答題：

一． 簡(jiǎn)述原核生物基因組和真核生物基因組的特點(diǎn)和差異

真核生物基因組的特征：

1)結(jié)構(gòu)松弛2)大量重復(fù)序列3)由線性DNA與蛋白質(zhì)組成染色體結(jié)構(gòu)4)含有細(xì)胞器基因組

1.多個(gè)染色體（酵母除外），基因數(shù)相對(duì)較多，在染色體上分布不均勻

2.功能相關(guān)的基因大多分散在不同的染色體上。即使成簇排列也不存在操縱子結(jié)構(gòu)。轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為單順?lè)醋?/p>

3.非編碼序列遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于編碼序列

4.含有大量重復(fù)序列

5.真核基因是斷裂基因

6.相關(guān)的基因構(gòu)成各種基因家族

原核生物基因組的特征：

1)結(jié)構(gòu)緊湊2)大小在5 Mb以下3)缺少重復(fù)序列4)很少非編碼序列

1.單一染色體、單一DNA復(fù)制起點(diǎn)，基因數(shù)量較少.

2.功能相似的基因往往定位在同一區(qū)域。操縱子是原核生物基因組的特征。

3.多為單拷貝基因（單一序列基因）

4.絕大多數(shù)基因都是可表達(dá)的, 非表達(dá)基因少

5.轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為多順?lè)醋觤RNA

6.編碼序列一般不重疊

7.基因序列是連續(xù)的，無(wú)內(nèi)含子。

二． 第一、二、三代測(cè)序技術(shù)的代表及其基本原理

第一代測(cè)序技術(shù)

1.鏈終止法：合成與單鏈DNA互補(bǔ)的多核苷酸鏈，由于合成的互補(bǔ)鏈可在不同位置隨機(jī)終止反應(yīng)，產(chǎn)生只差一個(gè)核苷酸的DNA分子，從而來(lái)讀取待測(cè)DNA分子的序列。

2.化學(xué)降解法：將一個(gè)DNA片段的一端作放射性標(biāo)記，再分別采用不同的化學(xué)方法修飾和裂解特定堿基，從而產(chǎn)生一系列長(zhǎng)度不一的片段，這片段群通過(guò)凝膠電泳分離，確定各片段末端堿基

第二代測(cè)序技術(shù)

3.自動(dòng)化測(cè)序：（1）熒光染料標(biāo)記，由于每種ddNTP帶有各自特定的熒光顏色，而簡(jiǎn)化為由1個(gè)泳道同時(shí)判讀4種堿基。

（2）毛細(xì)管電泳：毛細(xì)管裝置有96個(gè)泳道，每次可同時(shí)進(jìn)行96次測(cè)序

4.焦磷酸測(cè)序：脫氧三磷酸核苷酸連接到DNA 3’-末端時(shí)會(huì)釋放1個(gè)焦磷酸(PPi) ，焦磷酸在磷酸化酶的作用下轉(zhuǎn)化為化學(xué)能，并發(fā)出光亮。

5.循環(huán)陣列合成測(cè)序

6.芯片測(cè)序：雜交測(cè)序方法，即通過(guò)與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行核酸序列測(cè)定的方法。在一塊基片表面固定了已知序列的八核苷酸的探針，當(dāng)溶液中帶有熒光標(biāo)記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對(duì)應(yīng)位置的核酸探針產(chǎn)生互補(bǔ)匹配時(shí)，通過(guò)確定熒光強(qiáng)度最強(qiáng)的探針位置，獲得一組序列完全互補(bǔ)的探針序列。據(jù)此可重組出靶核酸的序列。

第三代測(cè)序技術(shù)（單分子測(cè)序，直接測(cè)序）

單分子測(cè)序儀、SMRT技術(shù)和納米孔單分子技術(shù)。

三． 作圖法測(cè)序與鳥(niǎo)槍法測(cè)序的區(qū)別

序列組裝原理:直接從已測(cè)序的小片段中尋找彼此重疊的測(cè)序克隆，然后依次向兩側(cè)鄰接的序列延伸。

1.全基因組鳥(niǎo)槍法是一種快速獲得真核基因組的方法。

“由下而上”測(cè)序。

此測(cè)序方法繞過(guò)分離基因的難關(guān)，在基因組DNA文庫(kù)中篩選出目的基因。且不需背景信息，時(shí)間短，需要大型計(jì)算機(jī)，得到的是草圖(Draft)，但最終排序結(jié)果的拼接組裝不容易。

2.克隆重疊群法，又稱(chēng)作圖法測(cè)序，限制測(cè)序。

“由上而下”測(cè)序。

項(xiàng) 目

策 略

全基因組霰彈法

逐步克隆法

遺傳背景

不需要

需要（需構(gòu)建精確的物理圖譜）

速度

快

慢

費(fèi)用

低

高

計(jì)算機(jī)性能

高（以全基因組為單位進(jìn)行拼接）

低（以BAC為單位進(jìn)行拼接）

適用范圍

工作框架圖

精細(xì)圖

代表測(cè)序物種

果蠅、水稻

人、線蟲(chóng)

這種逐步測(cè)序的方法花時(shí)間多，但可以得到精確圖譜。

四． 基因功能檢測(cè)的方法

答：

1． 基因失活是基因功能分析的主要手段

方法：基因剔除

2． 基因的過(guò)量表達(dá)用于基因功能預(yù)測(cè)

技術(shù)：增加拷貝數(shù)，提供強(qiáng)啟動(dòng)子

3． 高通量基因功能的研究方法

1）．突變庫(kù)構(gòu)建

2）．RNA干擾與基因功能檢測(cè)

3）．蛋白質(zhì)互作

五． mRNA如何進(jìn)行加工與修飾

答： 1）mRNA的5’端加帽

帽子結(jié)構(gòu)：7-甲基鳥(niǎo)苷三磷酸

功能：在翻譯過(guò)程中起識(shí)別作用，以及對(duì)mRNA起穩(wěn)定作用

2）mRNA的3’端多聚腺苷酸化（加尾）

尾部結(jié)構(gòu)：3’端的polyA

功能：對(duì)mRNA的成熟是必要的，防止核酸外切酶對(duì)mRNA信息序列的降解

3）修飾（對(duì)某些堿基進(jìn)行甲基化）

甲基化：m6A（N6_甲基腺嘌呤）

功能：可能對(duì)mRNA前體加工起識(shí)別作用

4）mRNA的剪接，即剔除內(nèi)含子，連接外顯子形成成熟的mRNA

5）RNA編輯

mRNA由于堿基的插入，缺失或置換而改變DNA模板來(lái)源的遺傳信息，引起編碼信息的改變，翻譯出多種氨基酸序列不同的蛋白質(zhì)，是基因調(diào)控的重要方式。

六． 序列間隙與物理間隙

答：序列間隙：因覆蓋率的原因而留下的未能測(cè)序的序列，仍存在于克隆文庫(kù)中，這類(lèi)間隙稱(chēng)為序列間隙。

解決方法：通過(guò)相鄰已知序列作為探針篩選已有的基因組文庫(kù)。

物理間隙：因克隆載體自身的限制或DNA順序特殊的組成等原因造成某些序列丟失或未能克隆，這類(lèi)間隙稱(chēng)為物理間隙。

解決方法：利用其它宿主菌與載體重新構(gòu)建文庫(kù)。