宏基因組學(xué)習(xí)日志—2022.7.3
宏基因組學(xué)習(xí)日志—2022.7.3
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常用命令—cut
cut:按指定條件從文件的每一行提取字符、字段
-d：自定義分隔符（默認(rèn)制表符）
-f:與-d一起使用，指定顯示區(qū)域
eg:$cut -f 2 test.txt(提取該文件的第二列信息）
???$cut -f 3 -d ‘_’ test.txt（以“_”為分隔符，查看第三列信息）
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常用命令—特殊符號
|：管道符，將左邊命令的標(biāo)準(zhǔn)輸出傳遞給右邊命令作為其標(biāo)準(zhǔn)輸入
>：重定向（把左邊所有內(nèi)容輸出給右邊）
&：后臺符，將一個命令直接放到后臺運(yùn)行
nohup:不掛斷的運(yùn)行命令，與&配合使用，運(yùn)行程序可以在終端關(guān)閉后繼續(xù)運(yùn)行
所有輸出重定向到nohup.out文件中
>>:表示往現(xiàn)有文件中追加內(nèi)容
eg:$cut -f 2 test.txt | head >a.txt(若a.txt為新文件，則左邊內(nèi)容加到a.txt中，若a.txt之前已存在，則a.txt原有內(nèi)容會被左邊覆蓋）
$cut -f 2 test.txt | head >> a.txt
$cat stat.txt snpEff_genes.txt >b.txt(合并文件）
$less b.txt
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常用命令—sort
sort：將文本文件內(nèi)容進(jìn)行排序
-n:按照數(shù)值大小進(jìn)行排序（從小到大）
-r:按相反的順序排序
-t:指定分隔符
-k：指定區(qū)域
eg:$sort -k 2 test.txt（對該文件的第二列進(jìn)行排序）
$sort -k 2 test.txt |head(顯示前10行）
??$sort -k 2 test.txt | head -n 20（顯示前20行）
??$sort -nk 2 test.txt | head -n 20（前20行按從小到大排序）
??$sort -rnk 2 test.txt | head -n 20（前20行按從大到小排序）
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常用字符—uniq
uniq:處理重復(fù)行（去重）
不加任何參數(shù)，去除重復(fù)行
-c:顯示每行連續(xù)出現(xiàn)的次數(shù)
-d:僅顯示連續(xù)重復(fù)出現(xiàn)的行
-u:僅顯示沒有連續(xù)出現(xiàn)的行
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常用命令—awk
AWK是一種用于處理文本的編輯語言工具
awk [F] ‘(condition){operete}’<filename>
-F:指定分隔符
awk默認(rèn)域分隔符：空格或Tab;$0表示所有域（整行內(nèi)容）；$1表示第一個域，$n表示第n個域（第n列）
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if(條件）{print“1”}else{print“2”}
if(3<2){print“1”}
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eg:$awk ‘($2>1000){print$0}’?test.txt（$2>1000時，輸出整行）
???$awk ‘{if($2>1000){print$0}else{print$1}}’?test.txt
???$sort -nk ?2 test.txt | awk ‘{if($2>1000){print$0}else{print$1}}’（右邊因?yàn)槲募c左邊一致，故不需要加）
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常用命令—sed
sed:可依照指令來處理、編輯文本文件
sed [i] ‘{command}’?<filename>
參數(shù)：-i 直接在原文件中修改
?????sed -n ‘1,5p’?text（顯示1-5行）
????sed ‘2,5d’?test.txt #（刪除文件中的第二行到第五行）
???sed ‘s/_//g’?test.txt #（刪除文件中的下劃線）
???sed ‘s/bmk/biomarker/g’?test.txt（將該文件中的bmk替換為biomarker）
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$nohup sleep +10 &(運(yùn)行10秒）
2858（代表pid）
Jobs（查看命令運(yùn)行狀態(tài)）
&kill -2 2858（結(jié)束進(jìn)程，非強(qiáng)制），等同于$^c
$kill -9 2858（強(qiáng)制結(jié)束）
$kill -15 2858（正常結(jié)束）
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常用命令—進(jìn)程控制
top:
Top -u user:只顯示某一賬號的進(jìn)程
ps:
ps -ef:顯示所有賬號的進(jìn)程詳細(xì)列表
bg/fg 將正在運(yùn)行的命令轉(zhuǎn)后臺或前臺
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常用命令—統(tǒng)計(jì)命令
wc 統(tǒng)計(jì)文件的行數(shù)、字?jǐn)?shù)、字節(jié)數(shù) wc-l 統(tǒng)計(jì)行數(shù)
df 磁盤空間統(tǒng)計(jì)
df -h
du 文件大小統(tǒng)計(jì)
du -sh dir
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常用命令—其它命令
find [path] [expression]
-name 按文件名查找
-mtime 按文件更改時間查找，-n表示更改時間距現(xiàn)在n天以內(nèi)，+10表示距現(xiàn)在n天以外
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In [source] [file or dir]
-s 對源文件建立符號連接（軟鏈接）
-i 覆蓋既有文件之前先詢問用戶
$find /share/home/guoyy -name test.txt
$find /share/home/guoyy -mtime +10
$In -s /share/home/guoyy/stat.txt
