總是借著愚人節(jié)的理由說一些別人不敢說的話！愚人節(jié)快樂！

鐵死亡自2012年首次提出后,研究數(shù)量一路突飛猛進(jìn),2021年又是鐵死亡的一個大豐收年,穩(wěn)居國自然研究熱點(diǎn)前列。

其中，鐵死亡相關(guān)的生信分析類文章又是鐵死亡研究的排頭兵，發(fā)展勢頭很猛，基于這類文章研究周期較短的優(yōu)勢，每年發(fā)表的文章數(shù)量也比較多。

近日小編在查閱鐵死亡的純生信文獻(xiàn)時發(fā)現(xiàn)了一個奇怪現(xiàn)象，鑒于疾病方向、分析內(nèi)容和結(jié)果質(zhì)量的差異，純生信文獻(xiàn)的分值差異會比較大，大部分集中在3-4分區(qū)間，但是在眾多期刊中發(fā)現(xiàn)1個“Frontiers”系列5+雜志獨(dú)占鰲頭。

這里說的 “獨(dú)占鰲頭”不只是說分?jǐn)?shù)，更是文章接受數(shù)量，也就是上面提到的奇怪現(xiàn)象——大量的鐵死亡純生信分析在2021-2022年扎堆發(fā)表于Frontiers in Cell and Developmental Biology雜志，這到底是“中獎”還是“踩坑”呢？

帶著疑問咱們先來看幾個文章示例。

發(fā)現(xiàn)這種情況之后小編看了部分近期發(fā)表文章的內(nèi)容，意料之中的是這些稿件的質(zhì)量參差不齊，我把這些文章歸為3大類，先帶大家看一下這3類文章的差距在哪里。

第1類：分析思路過于簡單

這篇文章使用 GEO2R 工具對來自GEO數(shù)據(jù)庫的 GSE5406數(shù)據(jù)集進(jìn)行差異表達(dá)分析和鐵死亡相關(guān)基因的功能注釋。

然后，構(gòu)建了PPI網(wǎng)絡(luò)，并使用 Cytoscape 確定了中樞Hub基因。

最后通過 cMap數(shù)據(jù)庫篩選靶向hub基因的藥理靶點(diǎn)和推薦用于特發(fā)性/缺血性心肌病的藥物。

文章里的分析方法非常簡單和基礎(chǔ)，數(shù)據(jù)量也比較少，這種分析思路是幾年前比較常用的思路，放在2022年的話基本是2分左右的水平，但冠上“鐵死亡”的名頭就投到了這個雜志上。

第2類：常規(guī)思路＋熱點(diǎn)方向

這篇文章從兩個在線數(shù)據(jù)庫（zhounan.org/ferrdb 和 autophagy.lu/）獲得鐵死亡和自噬基因，從CGGA數(shù)據(jù)庫獲得RNAseq數(shù)據(jù)和臨床信息。

基于單因素、多因素、lasso和Cox回歸分析篩選出預(yù)后相關(guān)基因，并構(gòu)建風(fēng)險模型。

利用ROC曲線分析評估了模型的預(yù)測效率，最后，構(gòu)建列線圖以更準(zhǔn)確地預(yù)測膠質(zhì)瘤的預(yù)后。

這類文章分析方法比第1類復(fù)雜一些但還是屬于常規(guī)思路，數(shù)據(jù)量比第1類要充實(shí)，本身屬于3分左右的水平，加上鐵死亡和自噬這兩個熱點(diǎn)的buff加成沖擊一下5分還是可以的。

第3類：創(chuàng)新思路＋多熱點(diǎn)聯(lián)合

這篇文章基于TCGA數(shù)據(jù)庫和3個GEO數(shù)據(jù)集對膀胱癌中鐵死亡相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行了綜合分析，并確定了與膀胱癌預(yù)后密切相關(guān)的差異表達(dá)的鐵死亡相關(guān)基因。

基于這些差異基因構(gòu)建了一個預(yù)測風(fēng)險模型并利用ROC曲線驗(yàn)證了模型的預(yù)后準(zhǔn)確性。

此外，還進(jìn)行了體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)的分析和GSEA富集分析（功能富集分析和潛在機(jī)制通過體外實(shí)驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證），并且針對來自 TCGA-BLCA 隊(duì)列的轉(zhuǎn)錄譜用于通過 TIMER、quantTIseq、TIP 和 ssGSEA 算法評估腫瘤免疫浸潤細(xì)胞。

最后，提取臨床特征和風(fēng)險特征以構(gòu)建預(yù)后列線圖，使用DCA評估風(fēng)險模型的臨床實(shí)用性。

這類文章是真正符合5分+分析思路和滿足數(shù)據(jù)量要求的，分析思路有所創(chuàng)新并且與多熱點(diǎn)聯(lián)合分析（比如鐵死亡與腫瘤免疫等），有些文章還會加一點(diǎn)簡單驗(yàn)證以增加分析結(jié)果的可靠性。

雖然文章質(zhì)量良莠不齊，但是其實(shí)也有規(guī)律可循，就是近期發(fā)表的有些文章質(zhì)量出現(xiàn)了滑坡，雜志前兩年發(fā)表的文章質(zhì)量還是可以的，也就是說灌水越來越嚴(yán)重了，那它會不會步PLoS One的后塵成為又一大“水刊”呢？

隨后小編就去查了一下這個雜志，發(fā)現(xiàn)它在2021年12月31日登上了中科院期刊預(yù)警名單

所以說，灌水的后果很嚴(yán)重啊，再這么放肆地灌著灌著容易把自己灌沒。

對于第1類文章，蹭上了期刊灌水期審稿松懈、分?jǐn)?shù)高的紅利，但可能也只是一時的紅利，后面如果發(fā)展成水刊那么文章的可信度可能就會面臨質(zhì)疑。

如果文章質(zhì)量與第3類類似或者超出這個水平，那么選刊一定要慎重，避免這類預(yù)警雜志，以防竹籃打水一場空。