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如果我想突變氨基酸殘基，我應(yīng)該遵循什么程序？

您可以通過右鍵單擊工作區(qū)中的殘基并選擇 Mutate Residue →?new-residue?（在 2016-4 版本之前突變 → new-residue）來突變氨基酸殘基。如果要保留原始結(jié)構(gòu)，可以在項目表中復(fù)制它，然后對復(fù)制的結(jié)構(gòu)進(jìn)行變異。要在工作區(qū)中查找殘基，鍵入 CTRL+F 以顯示查找工具欄，從選項菜單中選擇殘基編號，然后在文本框中鍵入殘基編號（例如 A:167），然后單擊 N（下一步）按鈕.

您還可以使用 3D Builder 面板來改變殘基：選擇 Other Edits → Mutate Residue →?new-residue。（在 2016-4 版本之前，在“構(gòu)建”面板中，從“片段”選項菜單中選擇“氨基酸”，選擇“突變”，然后選擇突變體并單擊要在工作區(qū)中突變的殘基。）

如果您想將殘基突變?yōu)榉菢?biāo)準(zhǔn)殘基，您可以通過突變?yōu)橄鄳?yīng)的標(biāo)準(zhǔn)殘基，然后將額外的片段構(gòu)建到突變的標(biāo)準(zhǔn)殘基上來實現(xiàn)。Fragments 面板（2016-4 之前的 Build 面板的 Fragments 選項卡）中有一些修改的殘基可用，您可以使用上述方法對其進(jìn)行變異。從片段選項菜單中選擇非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸（2016-4 之前的修飾氨基酸）以使用這些殘基。

完成突變后，您應(yīng)該檢查側(cè)鏈?zhǔn)欠裉幱诤线m的構(gòu)象中。如果不是，您可以右鍵單擊殘基并選擇 Select Rotamer (Rotamers before 2016-4)，從常見的側(cè)鏈旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體中進(jìn)行選擇?；蛘?，您可以手動調(diào)整側(cè)鏈。

要放松突變周圍的結(jié)構(gòu)，請選擇突變殘基及其鄰居，然后按 CTRL+M 進(jìn)行短暫的最小化。

如果您已經(jīng)使用蛋白質(zhì)制備向?qū)е苽淞嗽冀Y(jié)構(gòu)，則可能沒有必要再次這樣做；然而，優(yōu)化氫鍵網(wǎng)絡(luò)和運行受限最小化可能很重要。

如果原始?xì)埢托職埢g的大小差異很大，或者側(cè)鏈的方向不正確，您可能需要使用 Prime 側(cè)鏈預(yù)測來為新殘基及其鄰居找到良好的構(gòu)象。

如果您預(yù)計突變后受體或配體位姿會發(fā)生更大的變化，您可能需要運行 IFD 以生成一些替代的受體構(gòu)象和配體結(jié)合模式。

我們的Biologics Suite提供了多種工具用于突變殘基和分析突變結(jié)構(gòu)。