《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教團(tuán)內(nèi)部通常分為五個(gè)教階：

第一，十二慕she，譯云承法教道者（使徒）；

第二，七十二薩波塞，譯云持法者，亦號(hào)拂多誕（主教）；

第三，三百六十默奚悉德，譯云法堂主（長老）；

第四，阿羅緩，譯云一切純善人（選民即僧尼）；

第五，耨沙yan，譯云一切凈信聽者（俗信者）。

這些名稱的音譯，出自中古波斯文，同時(shí)，這些教階也能在希臘文和拉丁文史料中得到印證。摩尼設(shè)十二個(gè)使徒的做法，顯然模仿耶蘇的十二使徒。將信徒分為僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影響而形成的。

《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教寺院中有“經(jīng)圖堂一，齋講堂一，教授堂一，病僧堂一?！坏脛e立私室廚庫。每日齋食，儼然待施；若無施者，乞丐以充。唯使聽人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，詮簡三人：第一，阿拂胤薩，譯云贊愿首，專知法事；第二，呼lu喚，譯云教道首，專知獎(jiǎng)勸；第三，遏換健塞波塞，譯云月直，專知供施。皆須依命，不得擅意。”

這套寺院制度，可能是摩尼在印度觀察了佛教寺院以后，加以模仿而形成的。僧侶過的生活相當(dāng)儉樸，主要靠施舍乞討為生，沒有奴婢、牲畜等私有財(cái)產(chǎn)，共同生活，沒有個(gè)人的私室、廚房、倉庫。

根據(jù)帕提亞文摩尼教傳教史殘片，阿馱曾在羅馬帝國建立一批摩尼教寺院。有的學(xué)者認(rèn)為，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的發(fā)展。

摩尼教傳入回鶻后，借其勢(shì)力得以發(fā)展，唐大歷三年（768）在京師長安立寺。以后陸續(xù)在荊、揚(yáng)、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至?xí)辏?43）被禁斷。

在查禁時(shí)，唐政府沒收了摩尼寺的錢物，并嚴(yán)加看守，以防“諸色人及坊市富人影占”。這說明這些寺院已經(jīng)擁有相當(dāng)財(cái)產(chǎn)，可能曾被粟特或回鶻商人用作貨棧和錢莊。

唐季摩尼教受迫害以后，轉(zhuǎn)為秘密宗教，向華南發(fā)展，建立了一些寺院，如宋紹興年間（12世紀(jì)）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世紀(jì)在浙江四明有一座，后改名為崇壽宮，貌似道教寺院，但是仍然承認(rèn)摩尼教苦行主義的戒律；元代在福建泉州府晉江縣華表山建立過一座草庵，祭祀摩尼佛；在溫州平陽有一座潛光院，為明教寺院。

1954年刊布的《回鶻文摩尼寺院文書》提到高昌、交河、唆里迷等三處寺院。由愛吾赤（管事）、慕she、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷實(shí)的經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)，擁有土地，征收租金、布匹、糧食、水果，飼養(yǎng)家畜，使用各種工役。高級(jí)僧侶豐衣足食，處于特權(quán)地位，別居一室，下屬不能隨便晉見，吃飯有人侍候，可以對(duì)下屬施行肉刑。

這些與《儀略》的規(guī)定都有了很大不同。摩尼教從未成為居于統(tǒng)治地位的宗教，唯一的例外是在回鶻統(tǒng)治下，它取得了崇高的政治地位，有了經(jīng)濟(jì)特權(quán)，因此難免發(fā)生深刻的變化。