圓形miRNA-靶基因，轉(zhuǎn)錄因子-gene網(wǎng)絡(luò)圖
網(wǎng)絡(luò)圖簡介
網(wǎng)絡(luò)圖是由節(jié)點(diǎn)（node）和邊(edge)構(gòu)成的，節(jié)點(diǎn)代表生物學(xué)實(shí)體（例如基因，蛋白質(zhì)等），邊代表實(shí)體間的關(guān)聯(lián)。網(wǎng)絡(luò)圖能夠在有限的空間內(nèi)展示不同元素間的相互關(guān)系，例如靶向關(guān)系，結(jié)合關(guān)系等。
在簡單網(wǎng)絡(luò)圖的基礎(chǔ)上，使用不同的形狀、顏色等區(qū)分不同類型的生物學(xué)實(shí)體，使用不同粗細(xì)，線型等區(qū)分強(qiáng)弱關(guān)系，甚至使用不同的布局方式，都可以使得網(wǎng)絡(luò)圖變得豐富且更具生物學(xué)意義。因此網(wǎng)絡(luò)圖越來越受到高分文章的青睞。
Cytoscape是最常用的網(wǎng)絡(luò)圖繪制軟件，功能十分強(qiáng)大。然而如果想要繪制一張精美的網(wǎng)絡(luò)圖，需要耗費(fèi)大量的時(shí)間對細(xì)節(jié)進(jìn)行調(diào)整，包括節(jié)點(diǎn)、連線、布局等等，出一張可以用的圖往往需要十幾分鐘。為了節(jié)省寶貴的時(shí)間和精力，微生信參考諸多文章，按照文章的樣式給大家預(yù)制了一些網(wǎng)絡(luò)圖，將繪圖時(shí)間壓縮到原來的幾十分之一，用戶可以在數(shù)秒內(nèi)完成網(wǎng)絡(luò)圖的繪制。今天，我們先以最簡單的靶基因網(wǎng)絡(luò)圖為例，來看看預(yù)制圖的強(qiáng)大之處。
miRNA-靶基因網(wǎng)絡(luò)圖
miRNA是一類長約22nt的非編碼小RNA，它們可以調(diào)節(jié)其他基因的表達(dá)。因此，miRNA與基因間就存在著靶向關(guān)系，而一個(gè)miRNA可以靶向多個(gè)基因，故可以形成miRNA-靶基因網(wǎng)絡(luò)圖。如下圖所示，黃色三角形表示miRNA has-let-7a-5p，周圍藍(lán)色圓形表示靶基因，以箭頭形式表示miRNA靶向這些基因，以圓形進(jìn)行布局。整幅圖形象且美觀，當(dāng)然也可以用來繪制TF-mRNA，RNA-RBP等幾個(gè)vs十幾個(gè)的調(diào)控關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。
1，打開繪圖頁面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開miRNA-靶基因繪制頁面。左側(cè)為常見作圖導(dǎo)航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。也可以在主頁搜索框中搜索network，找到繪圖頁面。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_miRNA_target_network_plot_197
圖1.可視化頁面
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括2列：
第1列是miRNA名字
第2列是基因名字
注意：需要參考示例數(shù)據(jù)，將自己的數(shù)據(jù)在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。
圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的AB兩列數(shù)據(jù)，然后粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。
圖3. 必需輸入
4，修改參數(shù)，并提交
我們設(shè)置了圖片尺寸，節(jié)點(diǎn)顏色，節(jié)點(diǎn)形狀，節(jié)點(diǎn)尺寸，連線類型，線寬等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用。如需要更高級的定制，請聯(lián)系我們。
圖4. 節(jié)點(diǎn)、線等可調(diào)參數(shù)
5，提交出圖
粘貼好輸入數(shù)據(jù)，調(diào)整好參數(shù)（或者全部默認(rèn)）后，點(diǎn)擊提交按鈕，約5秒后，會在頁面右側(cè)出現(xiàn)預(yù)覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。
圖5.預(yù)覽與下載
點(diǎn)評：這里內(nèi)圈節(jié)點(diǎn)數(shù)5個(gè)以下，外圈20個(gè)以下時(shí)，網(wǎng)絡(luò)圖才比較美觀，因此需要對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理。當(dāng)然，做網(wǎng)絡(luò)圖還是推薦cytoscape，可調(diào)元素更豐富，布局方式也更多。
沒有預(yù)覽就是沒有出圖，這時(shí)請參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。
遇到文字截?cái)?，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，使用inkscape軟件進(jìn)行操作。
