關(guān)于基因功能注釋（GO和KEGG之類的）已有介紹，大概大家最常用的工具是DAVID，但其更新速度一直被吐槽，太慢了~，今天給大家介紹一個(gè)非常好用的網(wǎng)站Metascape(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)，更新更快，效果更好！

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Metascape的數(shù)據(jù)不僅更新快，其覆蓋面也相當(dāng)廣泛。從數(shù)據(jù)庫(kù)種類來(lái)說(shuō)，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個(gè)權(quán)威的數(shù)據(jù)資源，使其不僅能完成通路富集和生物過(guò)程注釋，還能做基因相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析，致力于為科研工作者提供每個(gè)基因全面而詳細(xì)的信息。

下面我們來(lái)介紹常用到的Metascape的基礎(chǔ)用法——Express Analysis

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第一步：提交基因列表

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首先上傳基因list，可以是文件，也可以直接復(fù)制粘貼到下面的框里，Metascape支持3種gene list提交格式，分別是Excel表格，CSV格式與TXT文本格式。（注意：如果想將不同的list分別進(jìn)行分析，則一定要勾選最上方的【Multiple Gene List】選項(xiàng)，否則Metascape會(huì)將多個(gè)list整合成一個(gè)list一起分析。）

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第二步：選擇物種信息

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第三步：點(diǎn)擊【Express Analysis】，在Analysis Report Page查收結(jié)果。

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基因功能富集分析

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基因信息注釋

基因功能聚類網(wǎng)絡(luò)圖

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靈活的進(jìn)階用法-Custom Analysis

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前兩個(gè)步驟和Express Analysis是一樣的，只有在第三個(gè)步驟的時(shí)候，換成點(diǎn)擊右邊的Custom Analysis即可。

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首先，第一個(gè)步驟是進(jìn)行g(shù)ene ID的轉(zhuǎn)換。雖然在輸入時(shí)，Metascape支持用戶以多種gene ID進(jìn)行數(shù)據(jù)輸入，但是在實(shí)際處理過(guò)程中，不論用戶輸入什么類型的ID，都要先經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)化變成相應(yīng)的Entrez Gene ID，才能進(jìn)入后續(xù)的分析步驟。在這一步，用戶可以根據(jù)自己的需求，對(duì)提交的基因進(jìn)行初步篩選。

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第二個(gè)步驟Annotation，用戶可以根據(jù)自己的需要，選擇自己感興趣的，想在結(jié)果中體現(xiàn)的基因注釋項(xiàng)目來(lái)進(jìn)行勾選。勾選完成之后，點(diǎn)擊左上角的Apply按鈕運(yùn)行。

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第三步Membership，支持用戶自行選擇通路富集、生物過(guò)程富集、功能相關(guān)和產(chǎn)物分析等每一個(gè)注釋步驟所用到的數(shù)據(jù)集，并可以在搜索框中輸入感興趣的字段，比如GO中的某一個(gè)或某幾個(gè)term，或者一些功能性的描述，以便進(jìn)行更有針對(duì)性地分析。

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輸入完成感興趣的字段之后，點(diǎn)擊左側(cè)的Search按鈕進(jìn)行查找，之后點(diǎn)擊左上方Apply生成這一步驟的結(jié)果。

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最后一個(gè)步驟Enrichment，則支持用戶選擇通路和功能富集過(guò)程中的各項(xiàng)指標(biāo)，以及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)形成過(guò)程中的各項(xiàng)指標(biāo)。用戶可以根據(jù)自己的需求，來(lái)設(shè)定顯著性閾值，網(wǎng)絡(luò)中包含元素的最大或最小值，以及分析步驟中想用到的數(shù)據(jù)集等參數(shù)。