第一部分：潛入計(jì)劃

特遣隊(duì)乘坐列車試圖追趕逃跑的人們的列車，但最終跟丟了。幸存者們在數(shù)據(jù)中心放下了加納利和3606，隨后乘坐列車準(zhǔn)備為兩人吸引火力。

加納利和3606兵分兩路，準(zhǔn)備潛入核心機(jī)房盜取相關(guān)的關(guān)鍵數(shù)據(jù)資料。然而雅各布早有準(zhǔn)備，并組織無鬼瞼進(jìn)入數(shù)據(jù)中心內(nèi)部的預(yù)設(shè)陣地阻止兩人接近機(jī)房。

加納利第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)，只好邊躲避邊調(diào)查如何才能擊敗雅各布。隨后他發(fā)現(xiàn)了數(shù)據(jù)中心深處一份陳舊的有關(guān)神秘研究設(shè)施科學(xué)家雅尼·克蘭迪·安森（Yani Clande Ansenn）的筆記，得知雅各布所擁有的避開傷害的超能力需要一種藥物維持。

第二部分：搶奪數(shù)據(jù)

此時(shí)3606同樣被發(fā)現(xiàn)，并和無鬼瞼爆發(fā)了正面沖突，然而無鬼瞼的防線在3606面前沒有任何作用，很快3606就突破了防線并接近了機(jī)房。雅各布雖然非常吃驚，但還是決心放兩人進(jìn)入機(jī)房，然后自己親自阻攔。

趁著雅各布忙于應(yīng)付3606的時(shí)候，加納利利用自己基地安全部干員身份，操作數(shù)據(jù)中心安全系統(tǒng)偷偷掉包了雅各布存放的抑制藥，并前往機(jī)房和3606會(huì)合。

兩人進(jìn)入機(jī)房并拷貝數(shù)據(jù)的時(shí)候，雅各布出現(xiàn)并試圖消滅他們，可隨后他發(fā)現(xiàn)了自己的藥物已經(jīng)無效的事情，不得不撤退。他留下了已經(jīng)變異成為怪物的特雷爾阻攔兩人，自己跑到直升機(jī)降落地點(diǎn)準(zhǔn)備拿抑制藥。

加納利意識(shí)到此時(shí)正是消滅雅各布的最佳時(shí)機(jī)，于是讓3606前去追趕雅各布，自己留下來對(duì)付怪物特雷爾。而雅各布在前往地面的過程中，突然得知自己的手下被特遣隊(duì)攻擊。憤怒的他質(zhì)問特遣隊(duì)指揮官希羅，卻得到了要求交出所有基地資料的威脅。

而此時(shí)希羅為了滿足地下社會(huì)組織“夜門幫”的要求，無所不用其極地想辦法奪取波索維納基地的一切。趁無鬼瞼混亂之際，搶奪基地的研發(fā)生產(chǎn)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)核心只是其中一步。與此同時(shí)，希羅還派出了手下列揚(yáng)·卡特（Lejean Carter）進(jìn)攻被無鬼瞼保護(hù)的財(cái)閥聯(lián)合會(huì)，活捉了首席執(zhí)行官阿貝萊奇納。

第三部分：正面沖突

雅各布無法接受希羅借助他們的力量掌控特遣隊(duì)后趁火打劫的事實(shí)，在攜帶抑制藥的直升機(jī)被希羅擊落后，他釋放了一直壓制著的力量，成為巨大的怪物。然而他依然敗給了趕來的3606。

雅各布被擊敗后，加納利趕到停機(jī)坪，并將奪得的數(shù)據(jù)資料交給了3606，而為了幫助3606逃離特遣隊(duì)在數(shù)據(jù)中心正門的封鎖，加納利自己回到數(shù)據(jù)中心內(nèi)，啟動(dòng)安全防衛(wèi)系統(tǒng)打亂了特遣隊(duì)的部署。

正當(dāng)攜帶數(shù)據(jù)資料的3606逃脫數(shù)據(jù)中心時(shí)，特遣隊(duì)的武裝直升機(jī)趕來將吊橋打斷，3606墜入谷底。而加納利也未能逃脫，被沖進(jìn)數(shù)據(jù)中心的士兵們抓住。

可是希羅雖然攻占了基地?cái)?shù)據(jù)中心，卻面臨著所有數(shù)據(jù)都被加密的尷尬局面。他當(dāng)面審問加納利，沒有得到任何有用的情報(bào)。直到阿貝萊奇納說出他曾和扶風(fēng)將軍的線人瓦妮婭一同行動(dòng)過的事實(shí)。希羅得知加納利是從瓦妮婭那里得來的資料加密方法，于是打算將加納利送走處決，自己派人直接去抓瓦妮婭。

然而此時(shí)瓦妮婭和克勞德的列車已經(jīng)被無鬼瞼俘獲。面臨特遣隊(duì)的圍追堵截，無鬼瞼此時(shí)也悉數(shù)逃進(jìn)V區(qū)。希羅決定先鏟除外圍的基地?fù)?jù)點(diǎn)，將所有知情人全部消滅，徹底掌控局勢(shì)后再攻擊陌生的V區(qū)。

第四部分：V區(qū)與λ（Lambda）計(jì)劃

3606在谷底進(jìn)入了一片嚴(yán)禁入內(nèi)的研究設(shè)施，里面充斥著各種各樣在外界公認(rèn)的不被允許的實(shí)驗(yàn)。這些實(shí)驗(yàn)包括了異世界異形、材料、能源的研究，異形人體實(shí)驗(yàn)改造計(jì)劃以及前往異世界采礦的傳送門等，它們被統(tǒng)稱為λ計(jì)劃，是財(cái)閥聯(lián)合會(huì)掌權(quán)后開始進(jìn)行的項(xiàng)目。

同時(shí)，被特遣隊(duì)擊潰的無鬼瞼也紛紛逃進(jìn)這座設(shè)施當(dāng)中。然而，他們?cè)诜馑浪谐鋈肟诤?，一個(gè)人形的怪物出現(xiàn)并開始追殺他們。所有無鬼瞼都驚恐地發(fā)現(xiàn)自己的武器對(duì)這個(gè)追殺他們的瘋子沒有任何作用。被殺死的無鬼瞼也紛紛變成了怪物，讓剩余的人們陷入了絕望。

3606在V區(qū)遇見了自稱為政府調(diào)查員的弦歌，并在使用短程傳送門離開時(shí)遇到了危險(xiǎn)。而馬特已經(jīng)掌握了短程傳送技術(shù)，此時(shí)在遠(yuǎn)方通過傳送救下了3606。

但是馬特的真正目的是3606手中的數(shù)據(jù)資料，原來他真的是整起事故的始作俑者。馬特為了擴(kuò)大事故造就的傳送門，需要更多的關(guān)鍵技術(shù)文件，而這一切的動(dòng)機(jī)，都是為了報(bào)復(fù)肆意妄為的財(cái)閥聯(lián)合會(huì)。隨后，3606被馬特傳送了回去，并陷入昏迷。